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细针穿刺主要用于浅表及深部组织肿块性质的鉴别判断，首先要鉴别肿块属于肿瘤性还是非肿瘤性。局部炎症、感染及代谢物沉积等都可以造成非肿瘤性肿块。如属于肿瘤性，在大多数情况下细针穿刺技术还能对肿瘤的良恶性及肿瘤的类型进行判断。此外，细针穿刺还有助于对恶性肿瘤进行分级及分期。
在一些特定情况下，细针穿刺还可以用于弥漫性病变的诊断。如在腹部皮下脂肪组织进行细针穿刺采集到的脂肪血管组织可用于淀粉沉积症的诊断。
肝包虫病可能是细针穿刺的极少数的禁忌证之一。所以如临床上有怀疑肝包虫病的病例应避免进行穿刺，因为有可能会造成过敏性休克。
细针穿刺还有一些相对的禁忌证，如颈动脉体瘤和肾上腺嗜铬细胞瘤 ［ 8 ］ 。对此类的病变穿刺要非常慎重，因为有可能会发生一过性高血压甚至昏厥。深部的肿块如怀疑是血管性病变，因无法有效地控制出血也不宜穿刺。如患者有肺动脉高压或严重的肺气肿也应尽量避免对肺部病变的穿刺。但这些都是相对禁忌证，最终是否采用细针穿刺还需根据诊断的需要与危险性权衡之后作出判断。
细针穿刺比较安全，并发症不多见且不严重，发生率估计在0.03%左右 ［ 9 ］ ，其中最常见的是出血。对于浅表的肿块来说，即使有出血只要局部加压即可止血。如有必要可加压10多分钟。但对深部组织来说，出血可能会有一定危险性。因而对有凝血功能障碍的患者，要慎用细针穿刺。如确需要做细针穿刺，在操作时也要尽量轻巧些，以减少出血机会。对服用阿司匹林的患者，应在进行深部细针穿刺前一周停用阿司匹林而改用短效的肝素，并在穿刺的当天停用肝素。
穿刺造成的感染很少见，但操作时仍要注意消毒。穿刺浅部肿块一般只要对穿刺部位用70%酒精进行消毒即可。对经皮的深部组织穿刺，应按照小手术的要求用碘酊与酒精消毒，并进行铺巾。
细针穿刺造成的疼痛比较轻。大部分浅表细针穿刺时不需要麻醉剂。如需要的话，可喷些表面麻醉剂或局部注射麻醉剂。经皮深部组织穿刺因为操作过程较长，一般需要使用局部麻醉剂。如细针穿刺后疼痛较重或持续较久，也可以口服一些镇痛药。
其他少见的并发症包括气胸和腹膜炎。
关于细针穿刺是否会造成肿瘤种植和扩散的问题，现有的资料提示细针穿刺确有可能造成肿瘤在穿刺针道的种植，但发生的机会极低，仅有一些个别的案例报告。也可能跟使用穿刺针的粗细大小有关，穿刺针越粗相对来说肿瘤种植发生的机会越高。但即使出现此类并发症，一般也不会对患者的自然病程造成太大的影响。而关于肿瘤扩散的问题，曾有两个长期随访的研究认为细针穿刺不会对患者的长期存活率造成影响 ［ 10 , 11 ］ 。有一点必须要指出，与其他样本采样方式如粗针活检相比，细针穿刺造成此类并发症的机会要低得多。