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胜利来得如此之快，战果如此之大，进程如此之顺利，都是日本始料未及的，反倒让日本在突如其来的胜利面前有些手足无措了。
对下一步的战略行动，日军高层出现了各种意见，有的觉得应该转攻为守，巩固占领区；有的则要求继续乘胜进军，进一步扩大占领区。如果要继续进攻，又要向哪里进攻，也有不同意见。海军军令部的胃口最大，竟然提出要进攻澳大利亚，这可把陆军参谋本部吓坏了，进攻澳大利亚了至少需要10个师团，陆军现在哪里还抽得出这么多部队？而且运送进攻部队和补给物资的船只也至少需要300万吨，这也是根本无法实现的。军令部只好退而求其次，改为占领斐济、萨摩亚和新科里多尼亚，切断美国和澳大利亚之间的联系，这样需要的地面部队最多也就两个师团，陆军才勉强同意。
但海军联合舰队则坚决要求以消灭美军太平洋舰队为首要目标，主张进攻夏威夷和中途岛，引诱美军太平洋舰队出动，再一举歼灭。
就在日军高层还在为下一步战略方向争执不下之时，战场形势的发展却瞬息万变，根本容不得慢慢讨论。为了确保西南太平洋重镇拉包尔的安全态势，同时也对澳大利亚北部形成威慑，并进一步压缩盟军海空力量在西南太平洋地区的活动范围，联合舰队抽调了第5战队、第5航空战队和第27驱逐舰大队给南洋部队，于5月初发起新几内亚岛莫尔兹比港的登陆行动。
美军通过破译日军密码，掌握了日军进攻莫尔兹比港的情报，立即派出由弗莱彻海军少将指挥，以2艘航母为核心的第17特混编队前往迎战。
5月7日和8日，双方都以舰载机展开对攻，史称“珊瑚海海战”，最终美军“列克星顿”号（USS Lexington，舷号CV-2，标准排水量3.8万吨）航母、1艘驱逐舰和1艘油船被击沉，“约克城”号（USS Yorktown，舷号CV-5，标准排水量2万吨）航母受伤，损失飞机74架。日军“祥凤”号（标准排水量1.1万吨）轻型航母被击沉，“翔鹤”号（标准排水量2.5万吨）航母受伤，损失飞机100架。
从纸面上看，双方基本打个平手，美军的损失还略大一些，但是日军进攻莫尔兹比港的企图被挫败，登陆编队不得不放弃原计划后撤。这也是日军在太平洋战争开始以来第一次进攻被击退，日军此前势如破竹如入无人之地的嚣张气焰被遏制了。
美军的反击其实比珊瑚海海战还要早就开始了，对日本最有力的反击莫过于对日本本土的袭击了，但由于当时日军进展很快，轰炸机从任何一处盟军控制下的机场起飞都无法到达日本本土，而使用航母舰载机的话，因为舰载机的航程较小，航母必须要进入日本近海并停留到舰载机返航，这段时间里完全可能遭到日本海军优势兵力的攻击，美军太平洋舰队主力已经在珍珠港遭到重创，现在是再也承受不了大的损失了。所以最后美军极富创造性地想出了一个妙计——使用航母搭载陆军航空兵的B-25“米切尔”轰炸机，航母在起飞B-25之后就立即掉头返航，B-25完成轰炸任务后则直接飞往中国浙江沿海机场降落。
▲ 珊瑚海海战中的美军航母。
▲ 杜立特驾驶B-25从航母上起飞。
1942年4月18日，美军最优秀的飞行员詹姆斯·杜立特中校率领16架B-25从“大黄蜂”号（USS Hornet，舷号CV-8，标准排水量2万吨）航母上起飞，对东京、名古屋和神户进行了轰炸，投弹量总共只有14.5吨，对日本造成的物质损失微乎其微，而16架B-25除了1架因故障飞往苏联海参崴迫降并被扣留外，其余15架B-25都在中国沿海地区坠毁，75名空勤人员中3人在跳伞或迫降时死亡，8人被俘（其中3人被日军枪决，1人病死在日军监狱，最后只有4人活到了战争结束），其余64人都得到中国军民的全力救助，最后都辗转回到了大后方。
虽然杜立特的空袭造成的损失很小，但是对日本上下的震动却是极其惊骇的，联合舰队司令长官山本五十六海军大将为此还亲自向天皇请罪。这场空袭终于使日军高层对于下一步行动目标的争论就此平息，一致同意进攻美军航母在太平洋上最重要的基地——中途岛，以此彻底解除日本本土遭到空袭的威胁。