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在地球被认为只有几千年历史的时候，人们以为各种动植物从创造出来的那一刻起就像今天一样，没有发生过任何变化。但自从人类发现了“岩石记录”并对其进行研究以后，人们就放弃了这种观点。人们开始怀疑，许多物种都是经过久远的年代慢慢发展进化而来的，正是这一怀疑最终导致了生物进化论的产生。这一理论认为地球上的一切生物，无论是动物还是植物，都是从无生代海洋中一些极其简单的原始生物、一些几乎没有组织的生物体，经过缓慢而持续的演化而形成的。
就像地球的年龄这个问题一样，生物进化论这个问题在过去也是一直引发争执矛盾的话题。曾经有一段时间，生物进化的理论因为一些莫名其妙的原因，被认为是与完美的天主教、犹太教、伊斯兰教等教义格格不入的异端邪说。当然那个时代已经过去了。现在，大多数正统的天主教、基督新教、犹太教和伊斯兰教的教徒们，都自愿地接受了这种更新更宽泛的万物同源的思想。看起来，没有什么生物是突然出现在地球上的，无论是哪一种生物都是逐渐发展起来的。在意识仍处于混沌状态的久远的年代里，生物经过了一代又一代，终于从潮水涨落处的泥沙中产生了蠕动的生命，并逐渐进化成了拥有自由、力量并具有意识的生命。
生命是由许多个体组成的。这些个体是确定的东西，而不是块状或团状的非生物体，也不是无界限、无运动的结晶体。它们具有非生物体所没有的两种特性：一是它们能把其他物体摄入体内，使之变成自身的一部分；二是它们能够再生。它们能够吃东西，能够繁殖，能够产生大部分与自己相似但通常又与自己有某些细微差别的新个体。在每个生命体与其后代之间，存在着某些种族相似性，也存在着个体的差异。这是不同物种、不同时代的生物所具有的共同情况。
现在，科学家无法向我们解释为什么生物与后代既有相似性又会存在差异。由于我们经常会看到后代与亲代之间存在的相似性或差异性，因此，这个问题与其说是科学知识，不如说是常识。如果一个物种生存的环境发生变化了，这个物种也会发生相关的变化。因为物种的每一代中总有许多个体的特性使它们能够更好地适应所处的新环境，也总有一些个体的特性使它们在新环境中难以生存。总体而言，前者比后者更长寿，繁殖力也更强。这样一代代下去，这个物种的平均水平就会向更有利的方向发展。这个过程，就是所谓的“自然选择”。自然选择既不是按照繁殖与个体差异推论出来的必然结论，也不是科学的理论，因为很有可能还有许多科学不能明确解释的其他力量在改变、破坏或者保护着物种。不过，如果有人否认这种从生物出现以来就存在的自然选择作用，那么他要么无视有关生命的基本事实，要么就是缺乏基本的思维能力。
许多科学家都思考过生物起源的问题。他们的见解通常生动有趣，可是至今也没有关于生命起源方式的明确的知识或令人信服的推测。但是几乎所有的权威学者都一致认为，生命可能起源于温暖阳光照耀下的微咸浅水浸泡下的泥沙中，然后，又随着潮起潮落播撒到海岸和大海深处。
在最初的世界上，潮汐的活动相当剧烈。这些生命个体很容易因为被冲向海岸而被烤干；或者被冲进大海深处，因为缺乏空气和阳光而死去。这种生存环境促使生物向着生根固定的方向发展，也促使某些个体生成外壳以免脱水晒干。最初，生物体依靠对敏感的味觉寻找食物，依靠对光线的敏感从黑暗的深海和洞穴中出来，或者从因过度明亮而险象环生的浅滩逃离而去。早期生物身上的贝壳和甲胄，与其说是为了抵御外敌，还不如说是为了防止干燥。但是牙齿和爪子早就出现了。
我们在前面曾经讲过古代海蝎的大小，在很长一段时间里，这种动物都是生物界的霸主。之后，在古生代岩石中有一段时期，现在许多地质学家认为是5亿年前的志留纪。地球上出现了一种有眼睛、牙齿、会游泳、更强大的新型动物。这是我们已知的最早的脊椎动物，也是最原始的鱼类。
在下一岩层中，也就是泥盆纪的岩石层中，这种鱼类有了明显的增加。正因为这一时期鱼类是地球上最繁盛的生物，所以在岩石记录中，这一时期被称为“鱼类时代”。当然，如今这类鱼已经从地球上消失了。它们和今天的鲨鱼、鲟鱼相似，都喜欢在水中穿梭、在水面飞跃、在海藻间觅食，互相追逐，弱肉强食，给远古的海洋世界增添了不少生机。从我们现在的标准来看，这些鱼类算不上很大，长度达到两三英寸（五六十厘米）以上的就已经很少了，当然也有例外，有一种鱼类长达20英寸（0.5米）。
我们无法从地质学上获得任何关于这些鱼类始祖的有价值的线索，它们看上去和以前在地球上生存的生物没有任何关系，动物学家们虽然对它们的始祖有过很多有趣的见解，但是大多都是通过对它们现存近亲的卵的进化及其他一些资料的考察推演出来的结论。很明显，脊椎动物的祖先是软体动物，很有可能是从嘴或嘴的四周长出牙齿般硬物的小型水生动物。鳐鱼和角鲨的牙齿遮住了上下腭，并且从嘴边开始，全身长满了平坦的齿状鳞。当地质记录中出现这一类齿状鳞的时候，鱼类也就从以前深藏的黑暗中游到明亮的地方，最早的脊椎动物也就出现在地质记录中了。