最幸运的莫过于,人到中年能够找到自己人生的目标和使命。巴尔博亚赌得很大,要么死在刑场,要么名扬后世。他要做的第一件事,是花大钱与王室和解,将他从前犯下的过错合法化。于是,过去的造反者如今变成了最忠诚的臣子,不但把柯马格莱赠予的黄金的五分之一贡献给了在伊斯帕尼奥拉岛上的朝廷财务大臣帕萨蒙特,还私下送给了帕萨蒙特大笔钱财,请求其确认他是这片殖民地的长官。帕萨蒙特自然没有这种权力,但是在黄金的吸引下,他发给了巴尔博亚一份临时文件,其实是一份没有任何效力的文件。不仅如此,为了保险起见,巴尔博亚在这之前已经委派自己最信任的手下前往西班牙,向王室报告他立下的功勋,以及从酋长口中得知的重要线索。巴尔博亚派人告知,他只需要一千兵力,就可以完成一件西班牙人从来没有完成过的大事。他觉得,他有责任也有能力去发现这一片新的海洋,并且占领哥伦布说过的但是从来没有找到过的黄金国。哥伦布做不到的事情,他巴尔博亚即将要做到了。
然而,事情似乎没有好转。来自西班牙的下一艘船带来了坏消息,他委派去西班牙朝廷报告的一名帮手回来说,事情不好了,他可能会有生命危险。恩西索已经向西班牙法庭控告他的罪行,而法庭也判决了巴尔博亚应当赔偿他的损失。相反,南海就在附近的好消息并没有顺利地被带到西班牙。也就是说,下一艘船将带来一名法官,他或许将被其套上镣铐,带回西班牙,或许将就地被处决。
巴尔博亚的处境非常危险,西班牙那边没有获知他发现南海和黄金海岸的消息,已经事先对他做出了裁决。也就是说,即将有人在他被裁决以后,替他去完成那个梦寐以求的大业;他也不用指望能够从西班牙获得什么东西了。谁都知道,他一手赶跑了行政长官,还逼得国王派来的总督溺死了,如果没有对他处以极刑,大概已经是对他最大的宽恕了。他也无法求助于有权势的朋友,因为他已经失去任何权力了,而他能够贡献的黄金,也失去了意义,已经不能使他免于刑罚了。如今,只有唯一一个方法能够救自己,那就是在法官到达捕捉他之前,去发现另一片海洋,发现新俄斐。只有这样,他才能得救。只有去完成这一项伟大的事业,才能挽救他的罪大恶极。
于是,巴尔博亚做出了一个决定,他不再恳求西班牙为他派来一千兵力,也不再等待法官到来,他决定带领和他一样拥有决心的一个小团队去完成这件大事!与其眼睁睁地等待自己被裁决的日子到来,不如为了这一改变世界的举动光荣牺牲!巴尔博亚把殖民地所有的人召集在一起,向他们坦陈穿越地峡的目的和可能遇到的困难,询问他们是否愿意跟随他前往。他的果敢带动了不少人,一共是一百九十个士兵,几乎是殖民地的所有人,都愿意追随他。因为这些人一直都在战争中生活,所以他也不需要为装备过多担忧。一五一三年九月一日,为了摆脱裁决,集勇敢与叛乱于一身的努涅斯·德·巴尔博亚开始逃亡,朝着他伟大的事业出发。