巴尔博亚持续不断地为他的宏伟计划做准备,然而正是他的丰功伟绩给他带来了危机,因为佩德拉里亚斯一直没有轻敌。或许是有人将他的野心告知了佩德拉里亚斯,或许只是佩德拉里亚斯出于嫉恨,担心这个叛徒再一次夺得殊荣。总而言之,他派人给巴尔博亚送去了一封看似态度无比诚恳的信件,希望他在出征之前,能够先回达连附近的城市阿克拉进行一番洽谈。巴尔博亚希望他的舰队能够得到佩德拉里亚斯的支援,于是应了他的邀请,立刻返程。到了阿克拉城门前面,有一小支看似在迎接他的部队迎面朝他走来,他急忙朝他们跑过去,想要去拥抱他多年的战友、密友,也是当初一起发现南海的伙伴弗朗西斯科·皮萨罗。
然而,皮萨罗这一趟过来并不是来迎接他,他重重地把手按在巴尔博亚的肩膀上,宣告他已经被逮捕了。皮萨罗也是渴望能够立下丰功伟绩的人,如今能够除掉眼前这个拦路人未尝不是一件好事。总督佩德拉里亚斯开庭审判这名叛徒,并且快速地做出了不公平的判决。没过几天,巴尔博亚和他那几个忠实的伙伴便走上了断头台。刽子手手起刀落,很快结束了他们的生命。是的,不到一秒钟的时间,那个同时看到大西洋和太平洋的第一个地球人,永远闭上了双眼。