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在企业中，最了解某部门或某岗位工作成效的单位，往往不是人力资源部，而是其直接主管单位或直接授受其工作成果的单位。在这种情况下，人力资源部间接发力的话，难免会剑走偏锋。那么，企业绩效管理究竟应该由谁来负责呢？要想弄清这个问题其实并不难，首先要分析绩效管理的目的和目标，因为不同的目的和目标会要求不同的管理结构和管理模式。通常，绩效管理的目的有两个：一是用于指导企业内部利益分配；二是指引和修正企业日常工作和员工行为，使企业能够顺利实现战略目标。
在实践中，企业首先关注的是绩效考核成果指导企业利益分配的价值，而绩效管理的战略导向和纠偏价值，常常居于次要地位。因而会出现各部门绩效考核结果都很优秀，而企业的经营业绩平平的状况。其原因就在于绩效管理过程流于片面，绩效指标不能真实、全面地分解企业战略目标，也不能真实度量各部门及员工对企业的真实贡献。按照平衡记分卡等绩效管理思想，绩效管理的首要目的是实现企业对经营管理过程的高效控制，实现企业整体绩效的持续改善与提升，然后才是将绩效考核结果用于员工晋升、奖惩和利益分配。
明确上述原理，就会发现：从企业经营目标这一源头出发，总体负责组织各单位实现企业目标的单位就是绩效管理的首要负责部门。在企业中，这样的部门通常是综合管理部、企划部、企业管理部等综合性管理部门，不是人力资源部。那么，企业绩效管理是否只需要由综合管理部门来完成呢？考核关系需要与管理关系保持一致，因为不同的绩效指标的信息需要从不同的主体处获得，只有让对该项指标最有发言权的主体对其进行评价才是最为高效的。