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晋安帝因刘裕诛除叛党有功，授封刘裕为太傅扬州牧，赐给他羽葆鼓吹二十人。刘裕还是只接受了羽葆鼓吹，其他官职封赏都坚决地推辞了。于是，安帝又赐封刘裕的二儿子刘义真为桂阳县公。一门显赫，父子同荣，就不细说了。这时，司马休之的儿子司马文思入继谯王，司马文思性情残暴凶悍，滥结党徒，平日里无法无天，他的行为惹得刘裕很是嫉恨。司马文思又捶杀京中一个小官，有官员上书弹劾他，于是晋安帝下诏诛杀司马文思的党羽，却赦免了司马文思的死罪。司马休之在江陵得知此事后，便上书请罪。刘裕命人将司马文思押到江陵，交由司马休之自己处置，司马休之只上表废黜司马文思，并写信给刘裕，信中意思明为道谢，实则饱含讥讽。刘裕因此很不高兴，于是他命令江州刺史孟怀玉管理豫州六郡，顺便监视司马休之。
第二年，刘裕又奏请晋安帝拘捕司马休之的次子司马文质、侄子司马文祖，并全部赐死。刘裕亲自兼任荆州刺史，出兵征讨司马休之，他命弟弟刘道怜留在军中镇守，刘穆之作为副手，无论事情大小，都由刘穆之决定。事情安排妥当后，刘裕便率领大军离开京都，溯江而上。
司马休之因上书之事得罪了刘裕，他便联合雍州刺史鲁宗之和其儿子竟陵太守鲁轨，共同抵御刘裕的军队。刘裕想招降司马休之的录事韩延之，被韩延之回信拒绝。于是，刘裕派参军檀道济、朱超石率领步骑出击襄阳，又给江夏太守刘虔之发文书，命他筹备军粮。檀道济等人还没拿到粮草，刘虔之已被鲁轨杀死。刘裕再指派女婿振威将军徐逵之带领蒯恩、王允之、沈渊子等人出兵江夏口，和鲁轨对战。鲁轨用伏兵诱击徐逵之，刘允之、沈渊子赶去援救，也都战死，只有蒯恩把持重兵没有行动，全军退还。
刘裕听到女婿阵亡的消息大怒，亲自率领将士渡江。鲁轨和司马文思统兵四万列阵在陡峭的岸边，江岸高达数丈，士兵彼此相望，无人敢登岸。刘裕怒不可遏，他披上盔甲，冲到前面想要跳上岸去，众将苦苦谏言，刘裕也听不进去。主簿谢晦将刘裕拽住，气得刘裕青筋暴涨、瞋目扬须，他拔剑指向谢晦说道：“你若是再敢阻拦，我便先杀了你！”谢晦从容不迫地说道：“天下可以没有我谢晦，但是不能没有主公您！”谢晦想必是留刘裕篡位晋廷啊！
刘裕还想往上跳，将军胡藩用刀在岸上挖凿，凿出一个个小坑，然后脚踩着小坑悄悄上岸，士兵们也紧随其后。刘裕率领大军登岸，大刀阔斧地杀向敌军，鲁轨和司马文思抵挡不住，立即溃败逃到江陵城下。司马休之与鲁宗之、韩延之等人一起弃城而逃，只留下鲁轨率军守在石头城。刘裕命令阆中侯赵伦之、参军沈林子继续攻打鲁轨，另外派遣王镇恶率领水军去追赶司马休之等人。司马休之听到石头城被攻克的消息后，他正准备和鲁宗之收军前去援救，不料走到半道，便遇到鲁轨狼狈地逃回，向他们报告石头城失守。于是一行人又跑到襄阳，偏偏襄阳的参军紧闭城门不肯接纳，司马休之等人无奈之下只能继续往西，逃到后秦。
这时，司马休之的亲属司马道赐和裨将王猛子密谋刺死青、冀二州的刺史刘敬宣，刘敬宣府上的官兵立即起兵攻打司马道赐，把他击毙，就连王猛子也被剁成肉泥，青、冀二州得以平定。
刘裕奏凯班师，安帝仍下诏封刘裕为太傅扬州牧，让他剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名。刘裕仍辞去太傅扬州牧的职位，其他封赏暂时接受了。不久，朝廷又加封刘裕为平北将军，掌管南秦二十二个州郡，随后，又加封他为中外大都督。刘裕的长子刘义符被任命为兖州刺史，兼豫章公，三儿子刘义隆为北彭城县公，其弟刘道怜为荆州刺史。
后来，刘裕因后秦多次接纳晋廷的逃将，便下定决心讨伐后秦。后秦从姚苌继位后，传位给儿子姚兴，歼灭前秦，降服西凉，在位二十二年，颇是强盛。姚兴死后，长子姚泓继位，骨肉相争，关中大乱。刘裕乘机西征，又被任命为征西将军，兼司、豫二州刺史，其长子刘义符为中军将军，留在府内监管事务；任命刘穆之为左仆射，率领监军、中军二府的军队，入居东府，总管内外所有事务；任命司马徐羡之为副将，左将军朱龄石守卫殿省，徐州刺史刘怀镇守卫京都。
刘裕即将启程，将大军分成几路：龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济从淮水、沔水进攻许洛；新野太守朱超石、宁朔将军胡藩赶往阳城；振武将军沈田子、建威将军傅弘之赶往武关；建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军从石门出发，自汴州乘船到达黄河。刘裕又任命冀州刺史王仲德为征虏将军，率领先锋队从巨野进入黄河，刘穆之对王镇恶说道：“主公委派你讨伐后秦，你要竭尽全力，千万不要辜负主公所托！”王镇恶说道：“我如果不攻下关中，誓死不回济江！”于是，刘裕与各路兵马离开京都，向西行进，大军浩浩荡荡，抵达彭城。
王镇恶、檀道济率先驰入后秦境内，他们每场战役都取得胜利。后秦将士王苟生举漆邱城投降王镇恶，刺史姚掌举项城投降檀道济。晋军所到之处，后秦将领都效仿他们二人交城投降，只有新蔡太守董遵坚守城池不肯投降。檀道济一鼓作气，率军攻入城内，擒住董遵，立即将其斩首。随后，檀道济又攻破许昌，活捉秦颍川太守姚垣和大将杨业。
沈林子从汴州进入黄河，襄邑人董神虎前来归降，他跟随沈林子进军仓垣，收降了秦刺史韦华，董神虎因擅自回到襄邑，而被沈林子所杀。
王仲德率领水军渡过黄河，途经滑台。滑台属于北魏的领土，滑台的守将尉建胆小怯懦，他还以为晋军前来攻打北魏，吓得立即弃城而逃。王仲德进入滑台后宣布：“我军备下七万匹布帛，想从北魏借道，不料北魏守将弃城逃跑，我此次进城只为安抚百姓，大家不必惶恐，我们将自行退去。”北魏主接到军报后，立即派部将叔孙建、公孙表等人领兵到达济河，他们在途中遇到逃将尉建，便将他绑到滑台城下，投尸河中。然后，叔孙建便抬头询问城上的晋兵，问他为何无故侵犯滑台？王仲德派人回复道：“刘太尉派王征虏将军从黄河进入洛阳，清扫山陵一带，并不敢侵略北魏边境，是魏守将自己放弃滑台，留下一座空城。王征虏将军只是借城休整军队，秋毫未犯，不久便会向西离去。晋魏两国一直谨遵约定，互不侵犯，请将军千万不要误会！”叔孙建无话反驳，便立即派人报告魏主。魏主又命叔孙建写信给刘裕，刘裕婉言回复道：“洛阳是我晋国的旧都城，祖先的陵墓都在那里，如今被西羌占领，致使所有陵寝就变成废墟。而且羌人收留我朝的罪犯，我朝因此发兵征讨。我军想从贵国借道，想来与贵国相交以深，喜恶相同，贵国定然不会反对。滑台的军队我自会命他们西行，望贵国不要担心。”于是，魏主嗣命令叔孙建暂时按兵不动，等到王仲德领兵退去后，便重新收回滑台。
晋将军檀道济领兵先行，接连攻下秦阳、荥阳二城，然后率兵抵达成皋。后秦征南将军陈留公姚洸驻扎洛阳，他们急忙向关中求救。后秦主姚泓派武卫将军姚益男、越骑校尉阎生率领一万三千人援救洛阳，又命令并州牧姚懿往南出兵陕津，从远处赶去声援。姚益男等人尚未到达洛阳，晋军已经攻占成皋，开始进攻柏谷。姚洸的部下赵玄劝他据险死守，等待援兵。偏偏司马姚禹暗中与晋军通信，他催促姚洸出兵迎战。因此，姚洸即刻命赵玄领兵一千，从南边出柏谷坞，迎击晋军。赵玄哭着对姚洸说道：“我蒙受三主厚恩，绝不怕死，但您误听谗言，将来必定后悔！”说完，他便举旗出战，和行军司马蹇鉴赶往柏谷。赵玄迎面遇到晋龙骧司马毛德祖带兵前来，两人没有对话便立即开战，这场厮杀从中午持续到傍晚，一直胜负未分。晋军人马越来越多，赵玄的人马越拼越少，赵玄也身受多处刀伤，他体力透支，口吐鲜血地倒在地上。司马蹇鉴抱着赵玄泪流不止，赵玄凄凉地说道：“我伤得很重，必死无疑了，你赶紧走吧！”司马蹇鉴哭着说道：“将军都杀不退晋军，我又能逃到哪儿去呢？”随后，赵玄吐血身亡，司马蹇鉴又挥刀死战，杀死数名晋兵后，便挥刀自杀了。毛德祖杀光赵玄的兵，便直接杀到洛阳，檀道济也赶到这里，他们开始四面围攻洛阳。洛阳司马姚禹抵挡不住，出城投降晋军，姚洸无计可施，也只能把城池拱手送上。檀道济抓获四千多名秦兵，有人劝他将俘虏全部活埋，筑成“京观”，檀道济说道：“今天我讨伐有罪之人，慰问受苦的百姓，实在不用杀死那么多人！”于是，他下令松绑，将后秦的俘兵遣送回去，后秦百姓非常高兴，一起归附了晋国。
后秦将军姚益男、阎生等人听闻洛阳已经沦陷，便不敢进兵，他们退回到关中，致使秦廷惶恐不安。这时，并州牧姚懿到了陕津后，他听从司马孙畅的计谋，调头反攻长安。后秦主姚泓急忙命令姚绍等人去抗击姚懿，姚懿被擒，司马孙畅也被杀。不久，征北将军齐公姚恢又自称大都督，扬言入清君侧，便进入关中向西杀来。后秦主又急忙命姚绍等人去阻击姚恢，姚恢也败死。听说，这姚懿本是秦主姚泓的舅舅，姚恢也是秦主姚泓的伯父，他们本是荣辱相连的至亲，在国家危难时不去援救，反而倒戈相向，试想姚氏一族还能保全国家吗？姚恢、姚懿虽然伏法，但秦兵也死伤过半。
晋太尉刘裕率水军从彭城出发，留下三儿子刘义隆驻守彭城，兼掌管徐、兖、青、冀四州军务，自己则亲率大军西征。
王镇恶进入渑池，赶到潼关，檀道济、沈林子从陕北渡过黄河，进攻蒲阪。后秦东平公姚绍升任鲁公，加封太宰，督武卫将军姚鸾等人率五万步骑援助潼关，另外派遣副将姚驴营救蒲阪。檀道济与沈林子久攻蒲阪，始终没能攻克，沈林子对檀道济说道：“蒲阪城墙坚固、兵马众多，短时间很难攻破，我们不如去与王镇恶会合，合力攻打潼关，潼关得手，蒲阪也就不攻自破了。”檀道济听了他的建议，便率领大军赶往潼关，与王镇恶会师合力进攻。姚绍打开关门前来迎战，檀道济、沈林子等人奋勇拼杀，打败姚绍的部队，斩杀俘获数千人。姚绍退兵屯守定城，据险固守，他命令姚鸾屯兵大路，堵截晋军的粮道。晋将沈林子乘夜率领精锐士兵，杀入姚鸾的军营，姚鸾措手不及，被晋军所杀。余下的几千人马很快就被消灭了。姚绍又派遣东平公姚赞出师黄河之上，阻断晋军的水道，又被沈林子击败，姚赞逃回定城。
秦军接连战败，急得后秦主姚泓不知该如何是好，他连忙派人向魏国求援。姚泓有一个妹妹西平公主，曾嫁到北魏做夫人。北魏主拓跋嗣正要发兵，碰巧刘裕沿黄河西上，也有借道的书信传到北魏，搞得北魏主左右为难，他不得不召集群臣商议。左右齐声说道：“潼关号称天险，刘裕用水军攻打潼关，必定难以如愿。若是登岸北侵，便比较容易。况且，刘裕虽然声称讨伐后秦，但他的用心无法预测，今天攻打后秦，怎知日后他不会攻打我北魏？我国与后秦因亲结盟，更应该发兵去援救，可以切断黄河上游的通道，阻止刘裕西进。”唯独博士祭酒崔浩看法不同，说道：“不可不可！刘裕早有伐秦的想法，如今姚兴已死，他的儿子姚泓懦弱，国内战乱频发，国势岌岌可危，刘裕率领大军入秦是志在必得，我们若堵截他上游的通道，引发刘裕的愤恨，他必定会上岸北侵，这样我们就代秦受敌了！如今之计，不如让他借道西进，然后派兵堵住东路。刘裕若是取胜，定会感谢我们借道，断然不会与我们为敌，如此一来，我们便有了援救后秦的美名，这才是一举两得的好办法。况且，南北民俗相差很大，就算刘裕占据我北魏恒山以南的土地，刘裕也驱使不了吴、越的士兵来和我们争夺河北的地界，可见是不足以为患啦！”
魏主始终犹豫，他见大臣都不赞成这个决定，而夫人拓跋氏又在内堂呼请，于是他派遣司徒长孙嵩督率山东各路兵马，同将军娥清、刺史阿薄干屯兵黄河北岸，遇到晋军的战船漂流而过，就一律诛杀掠夺。
刘裕派兵回击，魏兵便退去，等晋兵往后一退，魏兵又再次袭来。因此，刘裕派亲军队长丁旿率领七百勇士、一百辆战车渡往北岸，在岸边列好战车，每辆战车内有七名勇士，车上都竖着一面旌毛装饰的白旗。魏兵看到都很莫名其妙。忽然，白旗高举，晋将军朱超石领着两千人过来，还带来一百多张连臂弓，他们分别登上车，每辆战车增加二十人。魏都督长孙嵩担心晋军逼近，于是先发制人，他率领三万骑兵来攻打战车。晋军连续射箭，伤毙许多魏兵，但魏兵抵死不肯后退，又从四周猛扑，顿时血肉齐飞。这时，晋军取出两样武器，迎面痛击魏军——一件是数十斤重的大锤，一件是三四尺长的短槊。大锤能将头颅砸碎，短槊能将脊胸刺穿，再加上晋军的战车居高临下，容易击人，魏兵开始招架不住，纷纷后退。不料，战车从四面碾压而来，魏兵若是跑得慢，便被撞倒，碾入车轮之下，肠破血流而死。长孙嵩和娥清骑马逃脱，阿薄干迟了一步，他的坐马因受惊而摔倒在地，眨眼间他就被踩死。魏军这时才知道晋军车阵的厉害。还有晋将军胡藩、刘荣祖等人也赶来接应朱超石，他们追击魏兵到数十里外，斩获数千人，直到魏兵退到平城，他们才收兵返回南部。魏主接到战败的消息，这才后悔没有听从崔浩的建议，但已无济于事了。
只是王镇恶等人驻扎潼关，他们的粮食已吃尽，士兵们吵着要退兵，沈林子拔剑击案说道：“如今许洛已经平定，关右也即将平复，这时候怎能自丧锐气，尽弃前功呢？况且前锋部队是全军之耳目，前锋部队一后退，后面部队必然倒下，我军怎能获胜？”于是，王镇恶派人禀告刘裕，请求粮草支援。刘裕原本命令王镇恶驻守洛阳，和大军一同前进，但王镇恶贪利邀功，不顾军令擅自进入潼关，刘裕已经有些介意，况且他正和魏军交战，无暇顾及王镇恶。王镇恶派去的人回来报告，说没有粮食可以救济，他就亲自去劝说百姓，让他们无偿捐粮给晋军，百姓听命献粮，王镇恶的军队才得以填饱肚子，军心方才安定。这时，沈林子击败河北的秦军，斩杀秦将姚洽、姚墨蠡、唐小方，于是他派人飞报刘裕道：“姚绍过去气盖关中，如今一蹶不振，命不久矣，根本无须动兵了。只要姚绍一死，关中无人，夺取长安便易如反掌了！”果然不到数日，姚绍便忧愤成疾、吐血而死，他把军事交给东平公姚赞。姚赞领兵乘夜偷袭沈林子，沈林子早有预料，他提前设下伏兵将秦军击退。
随后，沈田子和傅弘之来到武关，领兵进入青泥，后秦主姚泓亲率几万大军来攻打沈田子。沈田子的麾下不是晋军主力，他们只是凭借几千游骑才攻破武关，当他得知姚泓亲率大军前来时，并没有害怕，反而准备出兵迎战。傅弘之劝说沈田子寡不敌众，暂时避退，沈田子却说道：“用兵不在多少，而在于如何出奇制胜，如今双方兵力悬殊，倘若待他结营既固来围困我，我们又能逃到哪去？不如趁他刚到，阵营尚不稳定，先杀过去，才能有一线生机。”说完，他便策马先行，傅弘之也紧跟其后。大约走了半里路，他们便看见满山遍野的秦军，徐徐而来。沈田子朝麾下士兵呼喊道：“大家冒险远道而来，就是为了今日这一战，若有幸取得胜利，各位拜将封侯的日子便到了！”于是，士兵们踊跃争先，都手持兵器站在阵前，呐喊声震天。古人说得好，一夫拼命，万夫莫当，何况沈田子还有数千勇士，一当十，十当百，横扫数万秦军。秦主姚泓从未遇过这般劲敌，突然见到晋军如此凶悍，吓得魂飞魄散，竟然调头往回奔逃。秦主一走，秦军自然溃散，反倒被沈田子追杀好一阵，杀死一万多人，就连秦王乘舆以及法物也一并夺来。
刘裕率大军抵达潼关，他正担忧沈田子兵力不足，急忙命沈林子带领数千兵马从秦岭赶去救援。到了青泥，沈林子见秦主已经败退，他和沈田子合兵追击，关中各郡见势都投降了。沈田子陆续报捷，刘裕甚是欢喜。
将军王镇恶请求统领水军从黄河进入渭水，直捣长安，刘裕同意了。王镇恶行军抵达泾水之上，正好遇上秦恢武将军姚难和镇北将军姚强，两军会战，王镇恶派毛德祖出击，秦军大败，姚强被杀，姚难逃走。秦主姚泓驻守逍遥园，他命姚赞屯兵灞东，胡翼度屯兵石积，姚丕屯兵渭桥。王镇恶沿渭河直上，乘坐的都是小船，水手都藏在船舱内，秦兵见小船飞速行驶，又没有水手，感到非常惊讶，还以为他们有神明帮助。不久，王镇恶便到达渭桥，他命令士兵饱食一顿，然后持械登岸，谁落后就斩谁。霎时间，士兵登岸完毕，小船就顺水漂走，不知所向。王镇恶对士兵说道：“我们祖辈都居住在江南，今天到了长安北门，离家已有一千多里，船只和粮食都随水漂走了，如果此去得胜，就功名显赫，否则连尸骨都回不了江南！我愿意和各位共同努力，一决生死。”众人齐声呼应，士气如雷。王镇恶冲到队伍前面，持槊向前挺进，众将士奋勇跟随，全力攻打姚丕。姚丕的军队大败，向西边窜逃。
那冒冒失失的秦王姚泓这时才领兵前来支援，恰巧姚丕战败逃跑，和后面支援的秦军自相踩踏。王镇恶率军追杀过来，乱杀乱砍，像是砍断小草一般容易。秦将姚谌、姚烈等人全部战死，秦主姚泓单骑逃回都城。王镇恶追杀到平朔门，姚泓领着妻儿逃到石桥。姚赞率兵去营救姚泓，他的部下都害怕而逃，胡翼度向晋军投降。晋军赶到石桥，将姚泓围住；姚泓束手无策，只好送上金银乞求归降。姚泓的儿子姚佛念年仅十二岁，他哭着对父亲说道：“父皇您今天归降晋国，就算晋人答应，日后也会将您杀死，倒不如自己自裁！”姚泓不肯答应，姚佛念便登上城楼纵身一跃，脑裂身亡。姚泓带着妻子和群臣到王镇恶的军前请降，王镇恶把他们暂时收押，等刘裕进城后再行处置。随后，王镇恶张贴告示安抚城中居民，军令严整，全城都很安稳。
几天后，刘裕率大军进入长安，王镇恶到灞上迎接，刘裕当面慰劳道：“卿助我成就霸业，当属第一功臣。”王镇恶拜谢道：“这都是仰仗主公您的威风，和将士们的共同努力才一举成功的，我并无功劳！”刘裕笑着说道：“卿也想学汉朝的冯异吗？”说完，他便和王镇恶一同入城。入城后，刘裕得知王镇恶私自盗取库房财物时，并没有过问，他只是收集秦军的彝器浑仪、土圭、记里鼓、指南车等物送往京师，其余的金银财宝全部分给将士。
秦镇东将军姚璞与并州刺史尹昭在蒲阪投降晋军，抚军将军姚赞也率领一百多名姚氏子弟来到军门投降，刘裕不肯赦免他们，将他们全都处死，并且押送姚泓回都城，将他斩首于市集。姚泓死时年仅三十岁。正是：
嗣祚关中仅二年，东师一入即颠连。
河山破碎头颅陨，弱主由来少瓦全。