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为了对生态补偿本质进行剖析，构建生态补偿的政治经济学系统分析理论框架，本书前后共安排了六章内容，依次论述了生态补偿概念的提出、相关理论基础、政治经济学的界定、具体的实现形式、进一步完善的建议等内容，以政治经济学为指导方法论，同时采用规范和实证分析方法、比较分析方法完成对上述内容的阐述。
本书在逻辑结构上分为三个部分。
第一章是导论，主要阐述全书的写作背景、选题意义、主要研究方法及创新、国内外文献综述等内容，以便为后续内容的展开奠定基础。第二章和第三章是为构建整体性、系统性生态补偿分析框架所做的知识和理论准备。第四章、第五章和第六章是整体性、系统性生态补偿分析框架的核心内容和主要观点。
各章内容之间的逻辑关系如图1-5所示。
图1-5 各章内容之间的逻辑关系
（1）以唯物史观为方法论，在人与自然和人与人的相互作用中，即在生产力和生产关系的交互运动中，研究生态补偿问题。
马克思主义唯物史观指出，人与自然、人与人之间的关系在具体的人类社会发展阶段中体现为生产力与生产关系之间的关系，生产力决定生产关系，生产关系对生产力具有反作用，人与人的和解是人与自然和解的前提，生态补偿问题的研究应该在此基础上展开。作为一种经济活动，生态补偿旨在协调不同相关利益主体利益（如生态系统服务的供需双方、中介机构、政府部门等）的基础上，缓解或遏制人类相关社会实践活动对自然资源、生态环境及生态系统的负面影响，进而达到解放和发展生产力，为生产方式的绿色转型创造条件，为自然界的持久美丽和人类社会的持续发展贡献力量。
（2）以《资本论》为指导思想，坚持在对社会经济发展方式做制度性分析的框架中，研究生态补偿问题。
生态系统包含的生命系统和生命支持系统都具有自身的复杂性，研究生态补偿问题应该从理清两者各自的复杂性开始，并借用制度性分析框架，研究生命系统中的差异性个体（企业）、多样性群体（区域）和复杂性整体（国家），以及生命支持系统中的自然环境、经济环境、政治环境、文化环境以及精神环境等内容，并从全面、整体和动态角度考虑两大系统不同层次不同子系统研究对象之间的相互关系和耦合性。唯有通过整体性、系统性生态补偿问题的研究，才能说明低碳、循环和绿色发展在生态治理方面发挥的作用，及其在生态补偿实践运行中扮演的角色。
（3）以马克思主义政治经济学关于自然损耗和价值损耗，特别是物质补偿和价值补偿的理论为指导，从全新视角研究社会主义市场经济框架中的生态补偿问题。
生命系统和生命支持系统在生态危机中表现出的“损耗”各异，需要“补偿”的形式不同，生态补偿的经济学界定和唯物史观分析实际上是在为生态补偿具体形式的展开夯实理论基础。马克思主义政治经济学涉及自然损耗和价值损耗、价值补偿和物质补偿的相关理论为诠释生态补偿二重性提供了思路，特别是为在社会主义市场经济框架下开展自然补偿、价值补偿和经济补偿指明了方向，如自然资源产权界定、生态价值核算、生态资本运营等，也再一次表明了整体性、系统性生态补偿分析框架的实践价值。
规范分析方法是以一定的价值判断为依据，回答“为什么、是什么”的问题，本书的规范分析主要体现在对生态补偿具体形式的评价（估）和完善生态补偿的建议部分。
实证分析方法则只是对现象、行为或活动予以客观描述，仅回答“是什么”问题，不涉及价值判断。本书的实证内容主要集中在对生态、生态系统、生态问题、生态治理等内容的历史进程进行梳理和对相关数据的分析上，以及马克思主义政治经济学经典理论对生态补偿进行诠释的内容上。
比较分析法是指按照一定的原则将客观事物加以横向或纵向比较，以达到理解事物本质、掌握事物发展规律的目的。本书在归纳总结国内外生态补偿理论与实践时，从补偿方式、补偿标准、补偿资金来源等生态补偿的技术操作方面进行了纵向比较，以确定生态补偿问题目前研究所处的阶段及未来可能的研究方向；具体涉及生态补偿不同层面研究内容时，则采用了横向比较方法，以凸显本研究的价值和意义。