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尽管国家非常重视民族贫困地区的脱贫工作，也取得了显著的成绩，但当前民族地区反贫困工作仍面临一些困难。
民族贫困地区的扶贫工作依赖于相关制度的支持，但目前一些制度缺陷仍没有得到有效解决，制约了扶贫效果。长期以来城乡分割的户籍管理制度尽管已经得到极大改善，但贫困地区的劳动力外出务工经商时在子女上学、医疗、养老等社会保障方面仍不能享有平等的发展机会与权利，这极大地限制了民族贫困地区农村劳动力的有序转移和自由流动。从整体上看，民族贫困地区农村社会保障制度统筹层次低、保障水平低的问题还没有得到根本改善，看病支出是大多数家庭的主要支出，因病致贫、因病返贫状况未有根本扭转，削弱了民族贫困地区反贫困政策的效果。民族贫困地区财政投入不足，人才缺乏，农村公共产品的供给有限，学前教育、中小学教育，医疗卫生，文化体育等公共产品的供给不足、质量偏低，民族地区多维贫困问题缺乏根本的解决手段。
民族贫困地区自然条件严酷，土地资源匮乏，且土壤贫瘠，农牧业发展的先天条件不足；自然灾害多发，影响范围大，由于农牧业生产周期长，抵御自然灾害能力弱，发展不稳定；地理位置偏僻或地处山区，交通不便，在市场经济体制下，二、三产业发展困难重重；由于交通不便、基础设施落后、经济发展基础差，吸引外部投资能力弱；生态环境脆弱，生态保护压力大，资源依赖型产业发展受到限制，难以通过开发矿产资源迅速进入到经济起飞阶段。以上种种限制使民族贫困地区通过发展生产脱贫方面面临极大的挑战。
如民族地区贵州省自然条件恶劣，自然灾害非常频繁。贵州省干旱区分布约占全省总面积的80%，其中，伏旱约占60%；洪涝易发的汛期集中了全年降雨量的70%，极易暴发洪涝灾害和引发地质灾害。此外，各种农作物病虫害的繁殖和流行，水稻稻瘟病、玉米大斑病、小麦锈病、烤烟花叶病等病虫害危害较大，平均每1.7天便有一起新灾发生，受灾范围涉及绝大多数的县。每年汛期的持续降雨，诱发了大量山体滑坡等地质灾害。据调查，贵州全省查明的地质灾害隐患点有12430处，滑坡、崩塌、地面塌陷、泥石流、地裂缝等地质灾害高发。“十二五”期间，贵州省各类自然灾害累计受灾人口达8240.04万人次，救灾部门实施紧急转移安置200.83万人次，因灾死亡失踪418人，倒塌民房12.25万间，损坏民房107.92万间，农作物受灾面积551.37万公顷，其中成灾316.46万公顷、绝收107.45万公顷，直接经济损失729.46亿元。
20世纪90年代中期以来，我国剩余的贫困问题进一步向西部民族地区集中。居住在我国西部贫困人口的比例从20世纪80年代后期的不到一半增加到90年代中期的2/3以上。
随着国家加大了对民族贫困地区的扶贫开发力度，民族地区减贫工作取得了极大的进展，贫困人口大幅减少。目前，从居住区域看，民族贫困县中的贫困人口在全国范围内属于集中连片的地区，但在贫困地区内部，贫困人口则分散在众多的贫困乡镇和贫困村中。截至2015年，民族八省区共有1818万贫困人口，分布在2.8万个贫困村中。
由于贫困人口越来越分散，这使传统的整乡推进、整村推进的扶贫模式脱贫效率低。而且，在贫困人口大幅减少的同时，剩余的都是贫困程度比较深的、家庭情况比较复杂的贫困户，扶贫难度更大。可见，由于扶贫对象的分散性、复杂性，对当下的民族地区扶贫工作提出了更多的要求，也使民族地区的扶贫政策和措施实际操作更加困难。
长期以来，我国实施的是政府主导的扶贫模式，中央政府或省级政府制定扶贫战略，地方各级政府负责具体实施，并接受上级政府的检查。这套扶贫工作模式是在我国传统的粗放型的扶贫机制下形成的。这种传统扶贫机制的针对性不强，比如产业扶贫和整村推进等项目更多的是在“扶农”而不是“扶贫”，“扶村”而不是在“扶户”。传统的扶贫机制在政策制定和项目实施上相对简单易行，适合政府主导的扶贫模式。但这种政府主导的扶贫模式很容易造成政府与市场在扶贫过程中边界不清，导致政府过渡干预，与当前倡导的精准扶贫模式形成冲突，也容易导致扶贫模式僵化。
首先，“一户一策”的精准帮扶方式与政府主导的扶贫模式很容易形成冲突。精准扶贫需要做到精准识别、精准帮扶。目前我国经过几次贫困户识别工作，精准识别已经完成，但如何根据每个贫困户的实际情况制定精准的帮扶措施却缺乏行之有效的办法。在政府大包大揽的扶贫模式下，“一户一策”的制定者必然是政府部门，但政府专职扶贫的工作人员有限，无法为每个贫困家庭设计“一户一策”。而乡镇干部、驻村工作组和贫困户帮扶干部在短时间内很难完全掌握每个贫困家庭的真实情况，每位贫困人口的特点和能力，也缺乏足够的产业发展的技术知识、市场营销知识等，难以实现“一户一策”。此外，乡镇干部、帮扶干部不是专职扶贫，还需要从事本职工作，特别是后者能够真正用于扶贫的时间是极为有限的。民族贫困地区贫困程度深，自然条件差，经济基础弱，产业发展困难，传统帮扶措施对于民族地区贫困人口脱贫效果不理想，实现“一户一策”需要投入更多的智力资源。显然，民族地区完全依赖政府部门去实现“一户一策”既不现实，也不可能。
其次，分散决策的市场机制与集中决策的产业扶贫模式存在一定矛盾。当前我国社会主义市场机制已经建成，市场机制在经济领域中起着决定性作用。市场机制下的决策过程是分散决策的，每个贫困人口是根据家庭和个人的实际情况做出行为决策，或发展农牧业，或发展工商业，或外出务工等。但政府主导的扶贫模式很容易形成政府包办一切的扶贫模式，由县乡村干部为贫困户设计脱贫产业，往往导致整村农户都发展某个种植业或养殖业。这种集中决策的扶贫模式忽视了市场规律，当大量的农牧产品集中上市，在市场机制的作用下，往往会出现产品滞销情况，不但难以起到脱贫效果，反而加重了贫困户负担，进而降低了政府的权威性，损害了政府的威信。
最后，政府主导的扶贫模式往往导致扶贫项目过于僵硬，缺乏灵活性。当前政府主导的扶贫模式下，由政府各部门安排贫困村的各类扶贫项目，包括基础设施建设、住房建设、农田水利设施项目等。由于财政资金从拨付到使用环节多，为了监管资金的使用，往往对项目资金使用制定了非常严格的标准，对项目内容制定了统一的规范。但是由于每个贫困村实际情况不同，每个贫困户的实际情况也千差万别，相同的项目内容与相异的贫困村、贫困户之间难免存在不匹配的情况。扶贫项目过于僵硬极易造成扶贫资金效率低下，浪费扶贫资金。
民族地区贫困户能力贫困现象比较突出。长期以来民族贫困地区教育投入不足，教育质量偏低，导致民族贫困地区人群受教育程度偏低，尤其是贫困户，受教育程度低、文盲率高的情况非常突出。较低的人力资本水平使贫困户很难从传统的农牧业生产转移到其他产业，而由于传统农牧业发展条件差，这直接导致增收困难；人力资本水平低也降低了职业技能培训的效果，增加了产业转移的难度；人力资本水平低也降低了外出务工的能力，增加了劳动力转移的难度。
此外，民族地区贫困人口社会资本存量低。具体表现为主要以血缘、宗族为纽带建立的人际关系网络简单，影响范围小，活动半径小，特别是与外界的交往非常少，缺乏通过社会资本获得就业机会、取得经济收入的能力。
长期、大力度的政府主导的扶贫模式在取得一定成效的同时也滋生了一部分贫困户的懒惰意识，助长了一种不良导向，一些贫困户“等、靠、要”的思想比较严重，似乎只有处于贫困状态才能获得更多的利益。贫困户的懒惰也导致其他群众的不满，容易造成社会矛盾。
我国民族地区存在相当一部分特殊困难群体，这也是民族地区贫困工作中的难点。
一是人口较少民族。特困少数民族往往也是人口较少民族聚集的地区。目前全国有28个总人口在30万人以下的较少民族，根据全国第五次人口普查，28个人口较少民族总人口为170万人。这些人口较少民族贫困问题突出，发展差距仍然较大。到2009年底，2119个人口较少民族聚居村有贫困人口89.1万人，贫困发生率32.7%，高于全国（3.8%）28.9个百分点，高于民族自治地方（16.4%）16.3个百分点。特别是云南的独龙族、怒族、景颇族，西藏的珞巴族，新疆的塔吉克族、柯尔克孜族等，所在的地区自然条件相对恶劣，脱贫难度大。
二是民族地区受地方病困扰的群体。民族贫困地区由于自然条件严酷，经济收入低，疾病高发，特别是部分地区存在较为集中和突出的地方病问题，如碘缺乏病、地方性氟中毒、地方性砷中毒、大骨节病、克山病等。全国592个国家重点扶贫工作重点县中，有576个是地方病流行的重病区。地方病防治一直是国家疾病防治工作的一项重要内容，但由于发病和病理的特殊性，一些顽疾仍未彻底根除。
民族地区贫困人口收入低，再受到地方病的困扰，生活极为困难。
我国陆地边界线东起辽宁丹东市鸭绿江口，西至广西壮族自治区城港市的北部湾畔，总长度约2.2万平方公里，其中1.9万平方公里在少数民族地区，与15个国家和地区接壤。
全国共有136个边境县（市、区），截至2014年，边境地区总人口2400多万，少数民族人口将近一半，有30多个民族与国外同一民族相邻而居。边境地区贫困县（指国家扶贫开发重点县或集中连片特困地区县）总数量是68个，占到全部边境县市总量的50%。尽管在国家兴边富民战略的支持下，边境地区农牧民人均收入略高于民族八省区，但边境地区受自然条件、地理区位、经济社会发展基础薄弱等多方面因素的影响，贫困程度深，贫困人口比例高。如2010年的人口普查数据显示，在全国15岁以上人口中文盲的比率为4.08%，而云南边境县市15岁以上人口文盲的比率高达11.08%，比全国水平高出7个百分点，也较大幅度高于云南全省7.6%文盲率。
截至2014年，云南滇西边境片区贫困人口达240万，贫困发生率为19.1%，比同期民族八省区贫困发生率高4.4个百分点。