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中国民族地区贫困的形成原因比较复杂，大致可以分为以下几个方面：
我国民族贫困地区多位于自然条件严酷的地区，或者是交通不便的山区（如滇西山区、武陵山区），或者是气候条件恶劣的高寒地区（如西藏、青海、四川藏区），或者是生态环境脆弱的石漠化、沙漠化地区（如新疆南疆、滇黔桂石漠化地区），或者是地质条件不稳定、地质灾害高发的地区（如云南、贵州）。这些地区自然条件严酷，发展农牧业的先天条件差。以滇桂黔石漠化地区为例，该地区岩溶面积11.1万平方公里，占总面积的48.7%，其中石漠化面积4.9万平方公里，中度以上石漠化面积达3.3万平方公里，是全国石漠化问题最严重的地区，有80个县属于国家石漠化综合治理重点县；人均耕地面积仅为0.99亩；土壤贫瘠，资源环境承载力低，干旱洪涝等灾害频发，生态条件脆弱
。
从历史上看，民族贫困地区大多地理位置远离区域经济、政治中心，远离主要交通干线，且由于自然条件严酷，大多长期处于封闭半封闭的状态，经济社会发展缓慢。民族贫困地区大多处于国界、省界、陆界的三界地区。全国三界贫困县共438个，占全国贫困县总数的56.52%，其中西部民族地区共153个，占三界贫困县总数的34.9%。
以少数民族比较集中的武陵山片区为例，历史上武陵山区被称作“五溪”，属于“王化”未及的边远地区，逐渐成为少数民族的栖息之地。新中国成立前，历代统治阶级对该地区的管制即使是在政治上，也几乎只有一种象征意义，不太注重生产力的发展与改善。在许多地区，起作用的是一种氏族宗族制与部落联盟，由头人、寨老自行管理。尤其是明代以前，该地区远离郡府，统治者无力触及，成为无人重视的地区。
首先，民族贫困地区由于自然条件非常艰苦，基础设施建设滞后。目前，西藏还有110多个建制村未通公路；内蒙古铁路干线复线率、电气化率分别低于全国平均水平22.5个百分点和31.7个百分点；民族地区的河流很多没有经过系统治理，成为防洪体系的薄弱环节；工程性缺水、水资源利用率不高问题也十分突出，比如新疆全境18条重点河流中仅有6条建有山区控制性水利工程，跨界河流水资源在新疆境内开发利用率仅为25%；贵州省民族地区三条主要航道（南北盘江—红水河、都柳江、清水江）因缺乏资金一直未能打通
。其次，民族地区经济发展水平低，工业化程度低，产业结构单一。以滇西边境片区为例，2013年，该区域三次产业结构为23.2∶42.0∶34.8，无论是与全国还是云南省相比，滇西边境片区第一产业比例明显偏高，但第一产业中与农民增收直接相关的特殊产业发展不足，开发深度不够，缺乏龙头企业。第二产业比例虽然较高，但具有资源优势的产业开发滞后，并且对第一产业的拉动作用不明显。第三产业发展不足，其发育程度低于云南省，更远低于全国平均水平。
民族地区自然条件差、经济发展落后，社会公共事业发展也极为缓慢。
首先，我国民族贫困地区一般都是边远的山区、草原、荒漠等地带，教育的社会基础十分薄弱，发展艰难。尽管近几年我国加大了对民族地区的教育投入，但师资力量薄弱极大地制约了少数民族教育质量。虽然近年来一些新毕业的大学生不断补充到教师队伍中去，使民族地区教师的整体素质有所提高，但原有的老教师总体上学历都比较低，有的教师虽然通过自学考试、函授培训、“三沟通”培训等大规模的学历补偿教育和在职培训，教师学历得到提升，但实际教育教学能力水平和整体素质并没有得到同步提高。大部分民族地区教师的教育思想观念陈旧、知识老化、教学方法落后，对新课程改革的理念方法知之甚少，难以适应教育改革发展的需要。
其次，民族贫困地区基层医疗服务水平低。民族贫困地区自然条件差，经济落后，高学历的医护人员更倾向于选择留在经济发达地区，因此专业医护人员比例低，在一些地区，仍有相当的比例的“乡村医生”。随着国家逐渐加大对西部民族地区医疗卫生事业的支持，很多具有专业知识的医护人员开始走进民族地区，但从整体来看，西部民族地区基层医护人员的综合素质仍然远远落后于东部经济发达地区，
不能很好地满足少数民族人民对医疗卫生条件的需求。
民族贫困地区地理位置偏远，长期以来自给自足的经济发展模式逐渐形成了独特的传统和习俗。这些传统和习俗对于维护民族地区社会稳定具有重要的作用，但是有些与现代市场经济不相容，在一定程度上限制了少数民族群众发展经济、摆脱贫困的能力。由于民族贫困地区自然条件差，农牧业发展受到制约，劳务输出是解决贫困的重要手段之一。但许多少数民族在历史上形成了独特的饮食、社交、宗教活动等习俗，这使少数民族群众不愿意外出工作，反贫困工作压力大。有的民族地区，结婚、丧葬、宗教活动等花费巨大，给贫困居民带来了沉重的负担。
此外，少数民族群众受宗教、习俗的影响，生育率偏高，也是造成贫困的一项原因。据2001年统计年鉴资料和五普资料，民族八省区的出生率为18.24‰，比全国人口的出生率14.03‰高4.21个千分点。其中民族地区的少数民族人口出生率为21.30‰，比全国少数民族人口出生率17.63‰高3.67个千分点。贫困地区的出生率更高，如新疆的国家贫困县在2002年出生率普遍在15‰以上，有些高达25‰，远远高于少数民族总的出生率。这导致少数民族贫困人口的增长速度快，并助长了“越生越穷，越穷越生”的恶性循环。