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卡尔·林奈是18世纪瑞典著名的博物学家。林奈以他对自然界特有的秩序感，对博物学界进行了开创性的改革，这场改革以分类和命名为核心，以简洁、高效、实用为特征，博物学界由此结束了长期的混乱状态，进入了标准化时代。林奈的《植物种志》（1753年版）和《植物属志》（1754年版）成了植物命名的划界起点，《自然体系》（1758年第10版）则成了动物命名的划界起点。林奈的改革一方面源自学者对知识分类的自觉性，另一方面也是当时欧洲社会的客观需求所致。分析林奈体系何以流行，必须考虑体系的实用性、文化背景、传播语言、传播途径等要素。
卡尔·林奈（Carl Linnaeus，1707—1778），18世纪伟大的博物学家，他在博物学方面的成就为他赢得了“植物学王子”“花卉之王”的称谓。卢梭（Jean-Jacques Rousseau）曾沉迷于林奈的《植物学哲学》（ Philosophia Botanica ），歌德（Johann Wolfgang von Goethe）则将林奈同莎士比亚（William Shakespeare）和斯宾诺莎（Baruch Spinoza）相提并论。林奈与布丰均生于1707年，是18世纪最耀眼的两位学者，那个时代是博物学蓬勃发展的时期，但林奈体系对后世博物学的影响要胜于布丰，布丰曾掌管的巴黎皇家植物园也于1774年采用了林奈体系。林奈体系的出现结束了前林奈时期博物学界分类和命名的混乱，构成了现代动植物分类和命名的基础。林奈出生于乡野牧师之家，父亲是名业余的植物学家，母亲期望他子承父业，他却自幼对自然着迷。成年之后，他先后在瑞典的隆德大学、乌普萨拉大学就读，后又游历荷兰、英国、德国、法国等地，同当时世界上最优秀的博物学家如哈勒尔（Albrecht von Haller，1708—1777）、裕苏三兄弟［安托万·裕苏（Antoine de Jussieu）、贝尔纳·裕苏（Bernard de Jussieu）、约瑟夫·裕苏（Joseph de Jussieu）］、布尔哈弗（Herman Boerhaave，1668—1738），最富裕的庄园主和贸易商如克利福德（George Clifford）保持着紧密联系。海外归来后，他同瑞典皇室和政府建立了密切关系，是瑞典科学院的初创者之一。他的学生来自世界各地，他的通信者遍及世界各个角落，他赢得了几乎所有欧洲知名科学院的会员称号。在诸多学生笔下，他显得谦逊温和，但“上帝创造，林奈整理”（Deus creavit, Linnaeus disposuit）却显示了他在博物学领域的自信甚至自负。他称自己的《植物种志》（ Species Plantarum ）为植物学领域最伟大的作品、《自然体系》（ Systema Naturae ）为开卷有益之作；从另一方面看，林奈在逻辑组织方面的天赋，在分析和建设方面的能力，以及他超人的勤奋和不懈的努力，使得这些称颂并不为过。林奈也是一个矛盾体，他一方面对上帝虔信不已，但另一方面对创世纪又有所怀疑，他的《天谴》（ Nemesis Divina ）一书则反映了他对死亡、欲望、灵魂等问题的思考。他不但在生物学领域是百科全书式的人物，在医学、教育、饮食、神学等方面也颇有造诣。
18、19世纪的博物学界经历了一场改革，这场改革契合当时的时代需求，以分类和命名为核心，林奈博物学体系在欧洲各国的广泛接受标志着这场改革的完成。林奈以他对自然界特有的秩序感对博物学界进行了开创性的改革，博物学界由此结束了长期的混乱状态，进入了标准化时代。《植物种志》（1753年版）和《植物属志》（ Genera Plantarum ）（1754年版）成了植物命名的划界起点，《自然体系》（1758年第10版）则成了动物命名的划界起点。学者通常将1753年之前称为科学命名的“前林奈时代”。这场改革主要以自然对象的描述、分类、命名为宗旨，从自然物的分类根据、分类和命名原则出发，对前林奈时代的博物学体系进行了总结、改良和创新，进而形成了林奈简洁、高效、实用的博物学体系。当然，林奈体系地位的确立同当时的时代背景也密不可分。
就传统而言，药用价值是推动博物学发展的重要动力。到了18世纪，关于博物学，更精确地说，关于动植物、矿物的知识和实践在各个方面发生了变化。文化变革、经济需求、国家对科学的庇护等，构成了这一时期博物学发展的动力。下面以植物学领域为例简要分析。
首先，药用价值需求。直到17、18世纪，植物学依然同医学保持着密切的联系，尤其是草药文献，一般依据药用价值对植物进行分类。18世纪之前，大部分植物园的建立与植物的药用价值相关，如阿姆斯特丹植物园本身就是一个药用植物园。作为博物学发展的传统动力，药用价值一直是推动博物学发展的一个重要因素。
其次，文化需求。制定出有别于乡下人的知识体系以彰显自己的高贵身份，成为当时博物学领域内的一种现象。这典型地体现在植物命名的改变上。“17世纪和18世纪初期，牧羊女和乡下人所使用的植物名逐渐被那些高贵人士抛弃或改造。那些过于粗俗的解剖学的或巫术似的名字被更文雅的名字代替。诸如少女黑发（铁线蕨）、赤裸妇女、神甫的胡说和马枪（horse pistle）等植物被重新命名。”（玛丽·菲塞尔，2010：131）作为一种高雅的消遣，植物学知识在人们的生产和消费中日益扮演重要的角色，收集植物、阅读关于这方面的书籍、绘制植物的图画成为社会地位的表现，甚至植物学知识开始具有某种道德的目的。
卢梭曾盛赞林奈植物学内在的道德品格，并认为它是巨大的快乐源泉，《植物学通信》（
Lettres élémentaires sur la botanique
）正是以林奈的植物学为范本来写的。而关于植物学知识的书籍也逐渐畅销，比如达尔文的祖父伊拉斯谟·达尔文（Erasmus Darwin，1731—1802）的《植物之爱》（
The Loves of the Plants
）。
第三，商业价值需求。文化上的变革部分地推动了植物学商业化的趋势，园艺和园艺学慢慢成为炙手可热的职业，园艺家的工资相当于甚至远远高于高收入的牧师。例如，“安妮女王和乔治一世（1660—1727）的园艺师亨利·怀斯（Henri Wise，1653—1738），他每年拥有1600英镑的收入。这个数目只有王室才出得起。但在17世纪80年代，柴郡（Cheshire）莱姆城堡（Lyme Hall）的园艺师可以获得60英镑的年薪，相当于一个高收入的牧师”。对于罕见植物的兴趣与追求使得植物的商业价值得到充分挖掘，而且这种兴趣不仅仅局限于当时社会的上层和中层，甚至包括部分的下层，植物的价格也随着时尚轮转。这种情况下，建立系统的植物学知识成为一种需求。1730年，伦敦园艺家协会出版了《植物名目录》（ Catalogus Plantarum ），旨在将植物名称标准化。而当时的“种花人协会”则成为中低层和工匠层谋求经济利益的代表。（玛丽·菲塞尔，2010：131）
第四，国家利益的推动。18世纪，科学越来越多地享受到政府和君主的庇护，这种庇护的动机显然是功利的，科学知识在制造业、农业、医疗进步、公共事业和军事上的价值反过来促进了政府更多地参与对科学的资助，欧洲各地科学院、科研机构的设立很大程度上与政府的支持相关，法国巴黎的皇家科学院和俄国的圣彼得堡科学院的做法堪称典范。
国家对科学的重视客观上促进了科学与博物学等学科的发展，瑞典即是代表之一。瑞典科学院的创立也是利益推动学科发展的典范。瑞典科学院于1739年在斯德哥尔摩成立，创始人由六名科学家和一个政治家组成，林奈任首任主席。科学院最初成立的宗旨即：寻找有用的科学，发展本国经济。而在发展科学和博物学方面，以林奈为代表的一批人最终将目光投向了博物学，期待尽可能全面地考察自然，发现存在于自然之中的秩序，挖掘自然的潜力，促进本国经济的发展，“将自然用于经济，反之亦然”。
在这样的大背景下，一方面，欧洲诸国在地理、经济上的快速扩张客观上促进了新的动植物、矿物的发现，另一方面，基于特定的性征，新的分类体系和命名方法不断涌现，由此带来的交流障碍随之出现。诸多博物学家致力于新的宏大体系的构建，但很难找到这样一个体系：它把自然纳入一个统一秩序的同时，能够在国际上通用，满足现实的需求。
林奈在《植物学哲学》中曾谈及体系在植物学中的重要性：“对于植物学而言，体系就像‘阿丽安公主的线球’，没有它，植物学将一片混乱。”前林奈时期，一直以来并不缺乏博物学体系，却无明确标准可言，很多博物学家都建立了各具特征的体系：瑞士的卡斯帕·鲍欣（Caspar Bauhin）很早就建立了自己的体系，首次提出用双名法对植物进行命名；意大利的切萨皮诺在1583年发表的《论植物》（ On Plants ）一书，从植物的生活习性、传粉器官和其他构造等多方面进行描述；约翰·雷、图内福尔等人的体系也非常完善。尽管在分类基础上存在相似或共通之处，不同体系之间依然存在诸多交流困难，并没有一个稳定、统一、有效的体系通行于欧洲各地。
驳杂多变是当时博物学体系的典型特征。 以植物分类为例，林奈曾对各类分类学家做过整理，林奈认为真正的分类体系是建立在植物的生殖系统基础之上的，据此，他将前林奈时期的分类学家分为正统的（orthodox）分类学家和异端的（heterodox）分类学家两类。我们也可以简单看一下林奈笔下的各类植物学家。首先是 异端的分类学者 ：
字母顺序分类者（Alphabetarii）：依据字母分类法对植物进行分类。
根部分类者（Rhizotomi）：根据植物根的结构进行分类，比如园艺家。
叶部分类者（Phyllophili）：根据植物叶的形状进行分类。
外形分类者（Physiognomi）：根据植物的外部形状进行分类。
时间分类者（Chronici）：根据植物开花的时间进行分类。
地理分类者（Topophili）：根据植物的生长地点进行分类。
经验分类者（Empirici）：根据植物的药用进行分类。
药用贸易分类者（Slplasiarii）：以植物的药用价值以及药剂师的分类为准。 （Linnaeus，2003：23）
其次是 正统的分类学者 。林奈认为正统的分类学者应该坚持物种的自然属性，依据真正的分类基础——植物的结实部分（fruit-body），来建立自己的体系。对正统的分类学者进一步细分，他们又可分为完全（universal）正统的分类学者或者部分（partial）正统的分类学者。比如，完全正统的分类学者根据植物结实的分类体系确立植物所有的纲，根据分类基础的不同他们又可分为：
果实分类者（fructisits）、花冠分类者（corollists）、花萼分类者（calycists）和性分类者（sexualists）：果实分类者根据植物的果皮（pericarp，80）、种子（seed，86）或者花托（receptacle）进行植物的纲的排列……花冠分类者根据植物的花冠及其花瓣……花萼分类者根据植物的花萼……性分类者的体系建立在植物性别基础之上，比如我自己。（Linnaeus，2003：23—24）
整体而言，17、18世纪，正统的分类学者占据当时的主流，当时较有影响力的分类学体系大都建立在植物的生殖系统基础之上。
分类根据和体系的不同也会导致认知交流的困难。 事实上，分类根据不同，加上没有统一的命名标准，在不同人群中存在着同物异名、异物同名等现象，博物学领域的混乱可想而知。比如在植物命名问题上，由于新物种的不断涌现，植物学家们只好在植物名字之中不断加入更多的信息以便区分。所以同一植物，在不同时期，不同人甚至同一个人不同时期那里都会有不同的名字。举个简单的例子，1576年，安特卫普的植物学家克鲁西乌斯（Carolus Clusius，1525—1609）曾将旋花属的一个种命名为： Convolvulus folio Altheae 。到了1623年，瑞士植物学家卡斯帕·鲍欣则将其命名为： Convolvulus argenteus Altheae folio。 林奈在1738年则给出了一个新的名字： Convolvulus foliis ovatis divisis basi truncates: laciniis intermediis duplo longiorbus。 到了1753年，林奈又将其订正为： Convolvulus foliis palmatis cordatis sericeis: lobis repandis, pedunculis bifloris （Stearn，2001：251）。
无论从当时的社会需求还是从博物学家自身的需求而言，一个相对稳定统一的博物学范式的建立都迫在眉睫，林奈体系的发展与地位的确立便出现在这样一个背景之下。
博物学体系的优劣之争持续存在于整个18世纪，其中，分类标准和命名规则的不一致是混乱的根源所在，对此，林奈有着清醒的认识。虽然林奈私下曾表示当时的博物学家并未触及博物学的真谛，但在对待其他博物学体系的问题上，林奈在坚持正统的前提下，对先驱和同时代其他博物学家给予了充分肯定。一方面，林奈在很多方面的确受惠于其他博物学体系，另一方面，对前林奈时代博物学体系的借鉴和宽容一定程度上为林奈博物学体系的传播创造了一个相对宽松的环境。
首先，在传统的传承上，林奈旗帜鲜明地声称自己是亚里士多德分类传统的继承者。尽管在林奈体系是否属于亚里士多德分类传统这个问题上，争论颇多，但从表面来看，林奈也可归为亚里士多德主义者。在一定的逻辑框架下，根据事物的本质而非其他对事物进行分类，进而确定自然界的秩序，这是亚氏分类的特征之一，从这个角度而言，林奈的确符合亚士多德主义者的要求，这点在林奈的分类准则中也可见一般。同多数本质论者一样，林奈认为属是具有共同本质的种的总体，对属的定义对于物种的分类极为重要。在《植物学哲学》一书中，林奈将定义植物属的性征分为三类，即人为的、基本的和自然的。对三者的选择上，林奈认为尽管自然性征是每个植物学家的追求，但因要考察的植物的属性过多，在具体应用和操作中的困难较大，相比之下，属的基本性征定义法只需要考察植物特定或特有的关键性征即可。在对三种方法的取舍上，林奈表面上积极向自然性征定义法靠拢，但依然将基本性征定义法作为当下的最优选择，人为性征定义法作为辅助方法。作为分类原则，这些观点在《植物学哲学》中也有着清晰的表述，比如在对“人为”“基本”“自然”三者关系的界定上：
186. 可以拿来定义属的性征存在三种形式：人为的、基本的和自然的。
187. 基本性征定义法将合适的和独有的特征应用到属的定义中。以特有的形式，基本性征将特定的属从同一自然目（natural order）中区分出来。
188. 人为的性征将特定的属从其他属中区分出来，但也仅仅是从人为的目中分离出来。
189. 自然的性征包括该属所有可能的特征，所以也包括基本的和人为的（特征）。 （Linnaeus，2003：141—142）
又比如，林奈对三者的取舍及其缘由：
190. 人为的性征（在分类中）居于辅助地位；基本的特征是最适用的，但并非在所有的情况下都是可行的；自然的性征在应用中存在着巨大的困难，但一旦作为分类体系的基础，则是植物属划分中绝对可靠的保证。 （Linnaeus，2003：141—142）
自然，正如林奈所言，对基本性征而非自然性征的考察构成林奈属的定义的基础。这在很多植物学家看来，尚属自然分类的范畴之内，尽管在实际操作中，林奈并非完全依据植物的基本性征进行分类。在分类遇到困难时，林奈通常会采取许多变通的方法，人为分类的痕迹也较为明显，这也成为林奈博物学体系经常被同时代博物学家诟病的地方之一。但在具体原则上，林奈始终打着亚里士多德和本质主义的旗号，力图向18世纪博物学界普遍认同的自然的分类方法靠拢，这样，林奈的博物学体系一方面迎合了当时博物学界自然的分类传统，避免了很多不必要的麻烦，另一方面它自身的实用性和效率则与18世纪紧迫的分类需求相契合。
其次，在对待其他博物学体系的态度上，在坚持本质主义的前提下，林奈采取了相对宽容的做法，而且给予了前人足够的肯定。在《植物学基本准则》（ Fundamenta Botanica ）、《植物学哲学》等著作中，林奈对18世纪及之前的植物学家进行了整理，并进行了归类。在上榜的植物学家名单中，16世纪的有38人，17世纪的有62人，18世纪的有53人，基本涵括了当时欧洲各国小有名气的植物学家。进一步，林奈将这些人分为三类：杰出的植物学家、真正的植物学家和业余植物学家。在这份名单之中，杰出的植物学家共六人，分别为格斯纳、切萨皮诺、卡斯帕·鲍欣、莫里森（Morison）、图内福尔和瓦扬（Sébastien Vaillant，1669—1722）。林奈将自己划在级别较低的一类植物学家之中，即真正的植物学家（Linnaeus，2003：13—14；Stafleu，1971：35）。而根据林奈的标准，上述六个杰出的植物学家均是正统的分类学者。从格斯纳到切萨皮诺到林奈，都承认植物结实器官的重要性，只是依据的相关性状有所不同，比如切萨皮诺将果实作为第一步分类的依据，图内福尔将花冠作为第一步分类的依据，林奈则将雄蕊作为第一步分类的依据。对结实部分重要性的共同认知应该是林奈对上述几位特别重视的理由之一，瓦扬则对林奈性分类体系思想的形成产生了直接的影响。
在具体分类过程中，林奈时常将前人或同时代学者的研究成果纳入自己的体系当中，比如雷对禾本植物的整理、蒂伦尼乌斯（Johann Jacob Dillenius）对苔藓与真菌植物的研究。这对于融合不同学派成果、缓和不同体系间的冲突有一定的积极作用。事实上，雷、图内福尔、瓦扬等在很多方面都对林奈产生了影响。
第三，肃清博物学界的异端传统。博物学界的分类异端是长期以来博物学秩序混乱的原因之一，消除这些异端或者将其排除在博物学体系之外，是博物学走向有序的第一步。17、18世纪，地理大发现和海外扩张直接导致新发现物种数量的爆发式增长，如何对其进行快捷有效的分类和命名成为一种迫切的社会需求，在这个背景之下，基于生物性状考察基础之上的分类越来越多。
尽管基于结实器官的分类方法是当时主流的分类方法，但其他的传统分类方法也占据一定地位，如地理分类者、经验分类者、时间分类者、字母顺序分类者等等。这显然是博物学体系交流与统一过程中不可回避的一个问题。即使同样基于结实器官，不同的分类体系之间尚且存在严重的交流障碍，更不用说分类标准存在巨大差异的分类体系间的交流与统一。而在“全球化”趋势日益明显的18世纪，物种间流通的需求必然地要求一个相对稳定的沟通范式，也要求这种范式必须具备“超越本地性”的特征，能够给出一个全球通用的、指称明确的分类、命名体系。从这个意义上来讲，对统一的博物学范式的需求已经超越了博物学自身的学术领域，成为一种时代需求。当我们将目光转向英国斯隆爵士（Sir Hans Sloane）、班克斯爵士（Sir Joseph Banks）及荷兰克利福德所从事的事业以及他们对收藏整理的爱好时，就不难理解这种需求了。
应对这种需求，林奈在学术上有意无意地采取了一种渐进的策略，由远及近，首先将所谓的“异端传统”清除出博物学领域。通过限定分类原则，林奈将基于植物结实器官的分类方法规定为正统的分类方法，而除此之外的分类方法则降级为异端的分类方法，排除在分类学考虑之外。客观而言，林奈的这种做法未免有点武断，但在当时的社会背景之下，如何快速有效鉴定出物种、快速发现新物种才是博物学的主流，在这种形势之下，分类和命名的准确度和效率成为衡量博物学体系优劣的标准之一。将异端的分类方法排除在主流的博物学之外无疑是符合当时社会需求的，对于博物学秩序的稳定和统一也是有益的。
总之，林奈的这些工作为林奈体系在其他国家的传播奠定了一定基础。从本质上讲，博物学范式的统一根本上还是分类根据和命名规则的统一。
正如林奈所言，“植物学的基础包括两个方面：整理和命名……而整理又是命名的基础”，这里的整理即分类，分类和命名显然构成了林奈博物学革新的核心工作。作为命名的基础，如何分类成为林奈面临的首要问题。
长期以来，植物学家分类的基础通常建立在物种的相似性上，分类学家由此将不同的物种安置在不同的分类单位中，而相似性的获得则由分类性状决定。显然，植物的药用价值、季节性、生存环境、结构形态等都构成分类性状考虑的因素。而关于分类性状的争论也一直存在：采用单一性状还是多个性状？采用形态性状、生理性状还是其他性状？性状之间应否加权，加权的标准又是什么？
就上述问题，亚里士多德笼统提出了有些性状比其他性状更为有用的观点，在历史上多为分类学者所接受，17、18世纪的博物学家，如雷、图内福尔等人遵循的也是这个原则。但在单一性状还是多个性状问题上，不同学者存在明显的分歧，甚至是自然分类法和人为分类法的区别之一。在林奈之前，对多个性状的考察更符合博物学家通常的做法，这种做法也通常被认为是自然分类法的特点之一。以雷为例，雷的分类体系基于多性状，他被公认为自然分类的典范，对英国的影响持续到18世纪，比如在纲的划分上，他将植物的果实和子叶的数目纳入考察范围之内。尽管在专业的分类学家看来，雷的做法堪称优秀，但其在具体的应用中却问题重重，在面对未知植物的时候，一个没有经验的人很难将雷的体系应用到实践中。图内福尔等人体系的问题也大致如此。客观而言，很难讲林奈体系相比其他体系在逻辑严密性上到底有多少优势，但在林奈之前，并不存在这样一个分类体系，它在指称明确或者鉴定效率上优于林奈体系。而分类效果和效率正是17、18世纪博物学界所急缺的。林奈性分类体系的诞生迈出了林奈博物学革新的第一步。
林奈植物分类体系的一大特点是依据植物的生殖器官进行分类，这也是林奈性分类体系名称的由来所在。事实上，这种分类方法并非林奈的独创，至17世纪晚期，当时的博物学家们已经开始认识到植物的有性生殖方式，17、18世纪欧洲各国的学者为此还展开过优先权之争，如法国的瓦扬和克劳德·吉尔福利（Claude Geoffroy）曾因此争得喋喋不休，而英格兰的罗伯特·桑顿（Robert Thornton）则抱怨这个发现应归功于英国人而非法国人。（Schiebinger，1993：19）林奈的性分类体系确曾受惠于这些前辈，林奈从学于罗特曼（Johan Rothman）之时，就曾研习过瓦扬的论文《花草的结构》（ Sermo de Structura Florum ），而瓦扬在这篇文章中就花的雄蕊和雌蕊的生殖功能做了详细说明。（Blunt，2001：247）但毫无疑问，林奈之后，性分类体系作为林奈博物学改革的一部分才更加广为人知。
在分类性征的选择问题上，传统的分类学家很清楚没有别的植物结构会比植物的结实器官（花、果实、种子等）能提供更多更好的鉴别特征，因此，从格斯纳到切萨皮诺再到林奈，几乎所有的植物学家都承认结实器官的重要性，只是大家在选择不同性状作为第一步分类依据方面不同。比如图内福尔和里努维斯（A. Q. Rivinus，1652—1723）选择花冠，布尔哈弗选择果实，而林奈则选择了植物的雄蕊。而他们的选择也直接影响到其后博物学家分类选择上的倾向性——英国很多学者追随雷的传统，德国人则倾向于里努维斯的传统，法国尤其是巴黎则是图内福尔学派的根据地。
从表面来看，关于选择植物结实器官的何种性征作为分类特征，并不存在优劣之争，林奈的著作中也并没有特别指出这种差异。在《植物学哲学》中，林奈曾论及“植物的三个部分必须引起初学者的格外重视：根、茎干（herb
）和结实器官”，其中，“植物的本质在于结实器官”，而“作为植物临时的部分，结实器官的作用在于繁殖，使得植物的新老更替得以维持；结实器官包括七个部分：花萼（calyx）、花冠（corolla）、雄蕊（stamen）、雌蕊（pistil）、果皮（pericarp）、种子（seed）和花托（receptacle）”（Linnaeus，2003：52、68、65—67）。
但在结实器官问题上，林奈并没有得出各个结实部分存在优劣差异性的结论，只是认为对结实器官各个部分的考察要从四个方面同时进行——即数量、形态、比例和位置（Linnaeus，2003：71）。相比前人，这个观点只能说是一种改进而非本质性的改变。在实际的博物学实践中，即使林奈最终选择了雄蕊作为他第一步分类的根据，这在分类宗旨上同传统之间也并不存在太大的冲突。相反，由于选择单一性征（即雄蕊的性征）作为分类的基础，林奈在物种鉴定上较之其他分类体系更方便快捷。事实上，图内福尔学派之所以能够在巴黎长期占据统治地位，成为林奈思想在法国最大的劲敌，很大程度上就源于它的简明实用性。
真正把林奈性分类思想推向风口浪尖的是林奈的另一项举措，即对植物性别的过分强调。尤其在《植物学哲学》一书中，林奈详细阐述了他的性分类思想，并将之作为自己的分类基础，同时，也部分给出了他将植物的花作为分类第一步依据的理由。早在1735年的《自然体系》中，林奈就已经将性体系作为自己的分类基础，而在后来的《植物学哲学》中，这种思想得到了更明确的阐述。在《植物学哲学》开始的章节中，林奈就表明了自己的立场，“性分类者的体系建立在植物性别基础之上，比如我自己”。随后，林奈将植物的性别单列出来进行讨论
，他认为包括植物在内，所有的活物在被创造出来的时候，每个物种都存在一对对立的性别，而植物的花则是植物性别的标志。（Linnaeus，2003：24、99—103）
对生殖的重视是林奈走向性体系的第一步，“141. 花早于果实，就像生殖结合早于生产”（Linnaeus，2003：103），这句话也隐含了生殖性征优于果实性征的分类思想，而对植物生殖过程的过度描述则是林奈思想走向疯狂同时受人诟病的最初缘由。林奈认为，植物的每个花朵都备有花粉囊和柱头，植物的性别由此而定——花粉囊相当于植物的雄性生殖器，花粉的功用则等同于精子，而连接子房的柱头则相当于植物的雌性生殖器，花粉与柱头的结合即植物的生殖结合。早在1729年的《植物婚配初论》中，林奈已经论述过这种思想，并做了清晰的图解，运用拟人化手段，将植物间的授粉过程描述成新娘和新郎的结合过程。
在《植物学哲学》中，林奈再次明确了这个观点，并逐步将之确立为植物学的一些分类原则：
145. 植物的生殖结合经由这样的方式完成：花粉从花粉囊落到裸露的柱头之上，花粉爆裂并产生助力，进而被柱头分泌的液体所吸收……
146. 因此，花萼相当于床，花冠相当于窗帘，花丝相当于精索血管，花粉囊相当于睾丸，花粉相当于精子，柱头相当于女阴，花柱相当于阴道，植物的子房相当于动物的卵巢，果皮（PERICARP）即受精的卵巢，而种子则等同于动物的卵。 （Linnaeus，2003：104—105）
同时，林奈也表达了这样一个观点：自古以来，人们就将植物等同于动物，并称其为“倒置的动物”，植物的各个器官的功能也同动物的器官一一对应，比如叶等同于植物的肺、树干相当于植物的骨等。
如果说植物性别化的类比尚能被人接受，那么植物生殖过程的拟人化则显得有违社会伦理。
按照林奈的观点，一个只开雄花的植株可以叫作雄株，一个只开雌花的植株叫作雌株，那么只开两性花的植株，同时开雌花和雄花的植株，以及雌花、雄花和两性花同时开的植株又该叫作什么？今天，我们普遍把这种情况称之为雌雄同株，林奈将之分别命名为hermaphrodite、androgynous、polygamous。对于植物学家而言，称谓上的变化并不导致矛盾的形成，但如果更进一步，根据林奈的类比推下去，那么植物之间的生殖或者婚配则存在伦理上的问题，比如植物界内将会出现一妻多夫、多妻多夫等现象，这显然为当时的伦理文化所不容。而在纲、目分类术语的采用上，林奈并没有采用雄蕊、雌蕊作为他的命名术语，而是用希腊语中的“andria（丈夫）”“gynia（妻子）”取而代之，彻底将植物分类拟人化，更加剧了林奈性分类体系伦理上的困境。比如在24纲的划分中，依据雄蕊的数量、相对长度等特征分别命名24纲——Monandria（单雄蕊纲：单雄蕊）、Diandria（双雄蕊纲：2枚雄蕊）、Triandria（三雄蕊纲：3枚雄蕊）……
也正是在上述方面，林奈性分类体系遭遇到了文化和伦理上难以解决的难题，甚至面临“淫秽”“下流”的指责。而在林奈体系传播的过程中，很长一段时间，相当一部分植物学家拒绝接受林奈的性分类体系，不能不说这与林奈性体系中植物生殖的拟人化带来的伦理难题有关。比如，《不列颠百科全书》（ Encyclopaedia Britannica， 1771）第一卷的主编威廉·斯梅利（William Smellie）就不赞成“雌雄同体（或雌雄同株）”的概念，拒绝将植物性别的类比收入全书，同时，他也斥责林奈的类比“远远超出了适宜的界限”，他宣称林奈的比喻如此下流，简直超过了那些最“淫秽的罗曼史作家” [1] （隆达·席宾格，2010：175）。类似的指责来源很多，包括林奈的主要对手哈勒尔、布丰等人。
但尽管有一部分植物学家对林奈就植物生殖过程的过度拟人化描写不满，但大多数植物学家最终还是接受了林奈关于植物性别的构想，甚至在某种场合，关于植物性别的构想逐渐成为林奈植物学传播的一种优势。最典型的莫过于英国诗人伊拉斯谟·达尔文的《植物之爱》，这首诗因为具有林奈分类法中高度性别化的特点而为人熟知。而扑克牌、袖珍手册、业余水彩画也渐渐成为林奈植物学在各国传播的途径，尤其在上流社会的女性中间，植物学的学习甚至成为一种高雅的消遣，逐渐具有某种道德教化的目的（玛丽·菲塞尔，2010：130）。随着时间的流逝，学者们对林奈性分类体系伦理问题的指责也慢慢淡化。
更重要的是，对整个林奈体系而言，性体系带来的实用性远胜于伦理问题带来的麻烦，基于单一性状的林奈体系显然在分类鉴定的可操作性和易认知性上远胜其他体系，为林奈体系地位的最终确立奠定了基础。
作为植物学的基础之一，对植物合理的分类是植物学中最重要的一项工作。分类的目的在于鉴别，在于描述植物之间的区别和联系。当然，如前所述，这一切的基础都建立在对植物结实器官考察的基础之上。
首先是分类等级的问题。 在分类的操作上，林奈认为植物学应该效仿其他科学，如地理学、哲学和军事学，进行逐级分类。最终，林奈借鉴图内福尔的观点，认为一个合适的分类体系，在范围上应该由大至小，依次包含，分为五个等级——纲、目、属、种、变种。进一步，林奈又将这五个等级分为两个层面，即理论层面的分类和实践层面的分类，前者包括纲、目、属，后者包括种和变种。林奈认为，这种等级分类体系对于植物学而言，就像古希腊神话中“阿丽安公主的线球”，是引导植物学走出混乱状态的关键。
紧接着，林奈就分类体系的五个等级做了一一界定和说明。
157. 植物种的数量等同于物种诞生时的数量。
158. 源自同一物种的种子而产生的不同的植物的数量最终构成变种的数量。
159. 拥有相似结实器官构造的不同的自然种构成属。
160. 按照特定的原则（自然的或人为的），结实器官存在一致性的属组成纲。
161. 目是纲的细分，在人们很容易理解和区分不同的属时，并没必要存在。 （Linnaeus，2003：113—115）
就像上述几条所反映的，在具体的分类中，林奈并不是很重视“目”存在的意义，认为它仅仅是纲的细分，避免同一纲等级下属的数量过多而产生混乱。同时在纲的确定上，林奈也暗示了纲的划分未必完全出于“自然分类”的结果。尽管林奈坚持认为上帝创造万物的时候，存在一定的自然秩序，但在秩序的具体寻找上，存在一定的滞后性，人们短期内不可能发现所有的属，因此只能暂时采取一些人为的办法，用人为的纲替代自然的纲。但随着发现的属的数量的增多，这个问题将会逐步得到解决。至于变种，林奈认为它是由同一种的植物在偶然的因素下而发生的变异，比如受气候、土壤、风等因素的影响，有时，受人为因素的控制，比如园丁会培育出色彩鲜艳的花朵，但从根本而言，并不存在新“种”的产生。
在五个等级之中，林奈最终得出结论：种和属是自然产生的，种是恒定不变的；变种常常出于培育的结果；纲和目的得出是自然和人为共同作用的结果。相较之下，林奈特别重视种和属的界定。这种情况下，博物学体系最终的分类重心落在属和种的划分上，减轻了博物学考察的负担。
其次是如何确定植物种和属的问题。
林奈认为植物的结实器官是定义植物种和属的唯一依据，除此之外，任何其他要素的介入都会导致植物的分类走向歧途，卡斯帕·鲍欣根据植物习性（Habit）
进行分类就是例证。而对于结实器官在植物分类上是否充分的问题，林奈认为前人之所以有如此担忧，关键在于他们对植物结实器官的认知度不够。林奈将结实器官分为两大部分、七小部分：两大部分指花和果实，而前者又包括花萼、花冠、雄蕊和雌蕊四部分，而后者则包括果皮、种子和花托。在分类性征的确定上，林奈认为每个分类性征的产生都要源自于对以上七部分结实器官的考察，而考察则分为四个方面：数量、形态、相对大小和位置。至于植物的习性，虽然不能将其作为分类的基础，但是也应该详加考察，防止在属的界定上犯错，而在很多情况下，它能够帮助人们很快地认出植物。
在性征和属的关系问题上，林奈有着清醒的认识，性征作为属的表现方式，为人们对属的认知提供便利，但是在属的界定中应该注意，不同的属也可能存在共同的性征，所以即使基于结实器官的几个性征能够有效地确定一个属，但在另一个属的界定中，它们未必有效。在这个问题上，林奈特别指出，性征不产生属，而是属产生性征，性征的存在意义并不在于形成一个属，而是让这个属为人所知，而大部分的属都有自己典型的结实器官性征。（Linnaeus，2003：132）
在种和属的关系上，林奈采取了一个妥协的方式。我们知道，毫无疑问，同一个属下的种原则上存在一些共有的性征，我们可以称其为这个属的典型性征。林奈认为，也会存在例外，并举了例子。
172. 如果结实器官的某些特征对于特定的属而言比较典型或适宜，但并没有表现在所有种中，必须注意，要尽量避免属在数量上的累积。比如，两种龙舌兰，Aloë和Agave组成同一个属，但雄蕊却有差异，后者的雄蕊不是深入花冠，而是深入花托。 （Linnaeus，2003：135）
相比之下，同一属中，某一结实器官的性征越多地在不同种上面表现出来，那么这个性征越具有这个属的特征。在具体的操作中，相比于其他结实器官，林奈更重视雄蕊、雌蕊性征在分类中的重要性。
再次是自然性征与属、种定义。 林奈认为植物的属就是拥有相似结实器官的种的集合。在属的问题上，图内福尔是第一个给出定义的人，他分别从两个方面，即花和果实的角度，单独对属进行了考察。林奈则主要从花的角度进行定义。相比之下，林奈的定义更窄，也更容易观察，应用也更为广泛。关于属的定义，林奈认为对自然性征的全面考察是一种理想状态，但在实际的操作中，只需要考察基本性征即可，所以对基本性征而非自然性征的考察构成林奈属定义的基础。
尽管如此，自然性征应该是每个植物学家必须坚持的方向。因为随着新的更多的属的发现，基本性征能否完全满足属的定义的需要，在逻辑上也是个问题。由此，对自然性征的考察就显得尤为必要，“所有种在性征一致之前，有大量工作要做；结实器官的所有部分都要排查，甚至要用到显微镜，因为在结实器官没有完全检查之前，并不能完全定义一个属”，而在所有的种没有得到完全考察之前，并不存在完全可靠的结论，只有对物种尽可能多的考察，对属的性征的描述才会尽可能精确，直至达到一个完满的结果。（Linnaeus，2003：143—144）
按照林奈的逻辑，在所有植物的物种被揭示之前，并不存在一个完满的分类方法，这也是当时博物学普遍存在的问题，但这个逻辑缺口只能尽可能依靠实践中的努力去弥补。对植物的考察和分类是一个宏大的工程，而尽可能考察更多的物种、尽可能细致地考察单个物种的性征是通向自然分类法必不可少的程序。林奈散布世界的使徒和通信者为林奈构建了一个庞大的博物学搜罗体系，也为林奈博物学在实践考察上确立了不可动摇的权威性。显然，完全自然的分类只是植物学家的一个理念，起码在当时的技术、背景之下并无可行之处，基本性征定义属的做法一方面保持了与“自然分类”目标的一致，同时也满足了林奈对分类体系效率、实用性上的要求，这不能不说是林奈实用主义哲学的产物。
对林奈而言，“命名”是植物学的两大基础之一，命名对植物学的意义仅次于分类对植物学的意义。而在植物学知识的历史传承中，名字的意义更加重大，物种的名字蕴含着与该物种相关的知识。但是，在林奈之前，并不存在统一的命名标准，对于同一植物，年代、地域、人等因素都可能会导致物种名字的不同或变化。加之新物种的不断涌现，植物学命名的情况更加混乱。尤其到了17、18世纪，命名上的混乱给植物学的发展带来的阻碍日益加大，有些植物学家开始做出努力，试图改变这种局面，比如图内福尔曾制定过一些命名标准，但只是停留在小范围之内。瓦扬是第一个敢于从命名准则方面进行改革的人，但他本人在这项工程刚刚开始就撒手西去。在此之后，林奈成功接过了命名改革的任务。（Linnaeus，1938：vi）
1737年林奈出版的《植物命名规则》（ Critica Botanica ）的最初目的就在于探索一个命名准则，以图改变过去的不规范现象。在给哈勒尔的信中，林奈给出了明确的解释：“在我看来，植物学家似乎并未触及命名科学的真谛，也没有着手处理植物学领域的这个问题。如果将从图内福尔至今出现过的属名（命名方法）整理一下，至少有一千种以上。名字变化的原因是什么呢？没有一个共同遵守的命名规则，我想，除此之外，别无他因。”（Linnaeus，1938：viii）。
从《植物命名规则》到《植物学哲学》再到《植物种志》，从命名原则到命名实践，林奈关于命名的改革逐渐成熟，并逐步被人接受。
无规矩不成方圆，要改变植物命名的混乱状态，命名规则的确立是首要任务。林奈制定了系列规则来规范属名和种名的构成，相比之下，对于纲、目名称的构成并无特别详细的说明，但适用于属名的规则一般也适用于纲和目的命名。林奈认为，植物的名称必须由一个属名和一个种名构成，纲名和目名不能出现在植物的名称之中，但是可以作为附属以便于人们理解。因此，林奈命名规则的制定与论述主要是围绕属和种进行的。
属名的改革是林奈的主要贡献之一，对后世影响很大。林奈主要从命名者资格、命名原则、属名选用等方面进行了讨论。
在命名者资格问题上，林奈认为只有真正的植物学家才有权利给植物命名，这里的植物学家指懂得对植物自然属性进行考察的人。鉴于植物分类的基础建立在植物的属和种之上，因此，植物命名的工作也要求由对植物的属和种有充分了解的植物学家来做，否则，对植物命名过于随意，很容易导致命名不规范等现象的发生。通过属名的命名规则，可以分析一下，“真正的植物学家”构成命名前提的缘由。比如《植物学哲学》213、214中：
213. 同一属的植物应该有相同的属名。
214. 同理，不同属的植物应该有不同的（属）名。 （Linnaeus，2003：170）
显然，对植物属或者植物自然性征的了解是规则213、214成立的前提，而这个前提则要求命名者本人必须是真正的植物学家。
在命名原则上，则应该尽量避免属名的混乱。比如，同一个属有且只有一个属名；如果同一属名同时用在不同的属上，必须将其命名范围压缩至一个属；新属的发现者同时也应该是命名者；在种名给出之前，属名必须预先确立；等等。这些原则的确定对于约束学者在命名上的随意性、属名无限制的增多、属名指称不明等现象有着积极的作用，也尽量遵循自然分类的逻辑，有利于保持命名的权威性，避免属名混乱。
在属名的选用上，林奈更倾向于选择有希腊或拉丁词源的词作为属名——“非源于希腊或拉丁词源的属名应避免使用”，之所以如此，是因为林奈认为拉丁语作为欧洲长期以来的通用语言，有相当的普遍性，而希腊语则是植物学最初建立的基础，植物学中很多词汇也源于希腊语，且希腊语发音更为简明清晰，所以希腊语也应考虑在内。（Linnaeus，1938：37—38）借助对二者的改良，林奈试图统一植物学分类语言，建立植物学语言的巴别塔，消除语言隔阂造成的交流障碍。因此，在《植物学哲学》和《植物命名规则》中，林奈规定：属名必须使用拉丁语书写。在上述前提下，林奈也列出了命名中应该避免发生的情况。比如尽量避免混搭词的出现；比如由于语法和书写不同的原因，应尽量避免拉丁语和希腊语搭配组词；由于语法规则的不允许，属名一般不能由两个拉丁词构成，而希腊语则可以；不同属的属名尽量避免采用发音相近的词作为各自的属名，以免实际运用上的混淆；跟种性征冲突的属名也应避免使用；形容词一般不能作为属名；纲名、目名用过的词不能再做属名；属名可以用来表彰植物学家，但不宜用来纪念或者取悦于植物学领域之外的人；动物学、矿物学中用过的词可以用作属名，但其他领域如解剖学、病理学等，应予以抛弃……（Linnaeus，1938；Linnaeus，2003）。
除此之外，林奈在属名的选用上更倾向实用性和易记忆性，尽可能使用短小、悦耳、与众不同且利于记忆的名字。这点在命名规则上也明显体现出来，比如倾向于采用最能反映植物本质性特征的属名；属名的结尾和发音应该简单；属名不宜过长。
同时，为避免属名更替过快，林奈也制定了一些看似不很合理的规则：
243. 属名如果合适，一旦选定，不能更换，即使有更合适的属名出现。
245. 除非不合适，否则属名之间不能更换。
246. 如果根据自然和人为规则，一个属被重新分为几个新属，那么这个属的原有属名应该留给新属中最常用、最常见的属使用。 （Linnaeus，2003：212—213）
尽管表面看来，这些规则不利于最优属名的确定，但从植物学实践和植物学的长远发展来看，这些规则的确立对于属名的长期性和稳定性是必要的，而属名的稳定性也是林奈命名改革的出发点，对于植物学知识的积累、延续和交流都是一个必要的条件。
属或者属名确定之后，接下来的一个任务就是种的界定。种名和属名命名的完成意味着命名的结束。
需要澄清的一点是，这里提到的种名，是当时林奈体系意义上的种名，不同于现在的命名法规及现代双名法中的种名，它主要是对植物属差的描述性定义。种名（nomen specificum）是一个种区别同一属的其他种的一个标志，如果一个属中只有一个种，就没有区别的必要，也就不存在鉴别性征（diagnostic character）了。所以，种名的意义在于将这个种从某一属的其他植物中区分出来，种名的构成则是“鉴定短语”（diagnostic phrase）。（Stearn，2001：250）
简单来说，林奈的种名命名原则有 三个特征 ：稳定性、本质主义倾向和简洁实用性。
首先，特征的稳定性是林奈将其纳入种的定义的首要前提。我们知道，林奈对种的描述同时也是一种鉴定短语，让人们在知道种名的基础上，能够迅速认出种名所描述的物种。这就要求种名所描述的性征必须是稳定不变的，而非变化不定的。因此，经常变化的特征就不能拿来作为种名的参考要素。比如植物自身的大小会随着气候、土壤、产地等因素的改变而改变，植物开花的时间、生长周期等也受外界影响较大，诸如此类的特征在种名的命名过程中就必须排除在考虑之外。
其次，本质主义倾向。相比属名的命名原则，无论在命名人资格还是命名细节上，对种的描述已经相对宽松，但林奈依然限定了种的命名中需要考察、描述的对象，而这些也是林奈本质主义倾向的体现。
在种的定义上，林奈放宽了种定义来源的限制。“每个定义必须来自对植物各个部分数量、形态、相对大小和位置特征的考察上”，林奈将植物根、茎、叶等部分特征纳入考察范围，尤其特别重视叶在种定义来源中的作用，认为“叶是植物最贴切、自然的定义”，但同时林奈依然将植物结实器官各个部分的特征作为种名最可靠的命名来源，“结实器官的各个部分通常提供最可靠的定义”，而其他，比如根，“尽管植物的根也提供显著的定义特征，但不到万不得已不要采用”。至于地域、气候、植物功用、气味、味道、性别等，都排除在植物种名的考察范围之外。（Linnaeus，2003：221—242）
第三，对种的描述简洁、实用、精确。重视效率、实用性是林奈一贯的特点，在种的定义上也不例外。比如，出于节约纸张及便于田野实践的需要，林奈认为对种的描述越短越好，最好不要超过12个单词。对种的描述采用拉丁语书写而非希腊语，也是因为拉丁语书写起来更简单方便。
为了描述的简单、精确性，林奈甚至更改了种名“鉴定短语”的语法规则，鉴定短语只能含有实词和形容词，实词在前，形容词在后：
303. 对种的描述中不能有连接形容词和实词的小品词。
304. 对种的描述中用标点而非形容词来分割种不同的部分。
305. 对种的描述中不能含有插入语。 （Linnaeus，2003：254—255）
比如，他对车前草（ Plantag media ）的命名， Plantag foliis ovato-lanceolatis pubescen tibus，spica cylindrica，scapo tereti （车前草：有毛的卵状披针形叶，圆筒状花序，圆筒状花茎），种名中显然只存在实词和形容词，这种描述性定义的规则沿用至今。
另外，为了保障种名鉴定短语的精确性，林奈明确反对使用修辞、夸张等手法。“种名不能采用修辞或隐喻，更不用说错误的语句，它必须忠实地表达大自然的原意；种名不能采用比较的或夸张的手法；种名应该使用肯定或否定的术语。”（Linnaeus，2003：249—250）尤其18世纪后期，浪漫主义兴起之后，这种写作风格深受欧洲很多学者的欢迎，甚至被赋予强烈的道德价值，卢梭就是其中一位。（Koerner，1996：155）
在上述命名原则基础之上，根据命名特点的不同，林奈将种名的类型分为“基本型的”（essential）种名和“概要型的”（synoptic）种名。当一个种在一个显著的性征上独一无二，或者明显不同于其他种，那么，就可以用一个本质性的名字来记录这个特征，“基本型的”种名由此而来，比如 Plantago scapo unifloro （独立花茎的车前草， Plantag 为属名， scapo unifloro 为种名）。但通常情况下，种名更多的是对该种区别于同属内其他种的特征的综合，林奈称之为“概要型的”种名。比如1738年他对车前草（ Plantag media ）的命名， Plantag foliis ovato-lanceolatis pubescen tibus，spica cylindrica，scapo tereti （车前草：有毛的卵状披针形叶，圆筒状花序，圆筒状花茎），以此来区分 Plantag foliis ovatis glabris （车前草：无毛卵状叶）和 Plantag foliis lanceolatis，spica subovata nuda，scapo angulato （车前草：披针形叶，卵状裸露花序，弯曲的花茎）。（Linnaeus，1938：169—170；Stearn，2001：250）
林奈在植物属名和种名上的变革直接影响到此后学者对科学命名的认知。随着林奈命名法的逐渐成熟，其中的许多规定逐渐成为其后科学命名法的准则。1905年，《国际植物命名法规》（ International Code of Botanical Nomenclature ）将林奈1753年版的《植物种志》视为植物命名法的起点，《国际植物命名法规》的很多规定都是建立在林奈原有规定的基础之上，成为通用的准则。比如《植物学哲学》中有“215. 同一属有且只有一个属名”，相对应地，《国际植物命名法规》（1935年版）有这样的阐述：“每个特定界限、位置和等级下的群体只能有一个有效的名字”。又比如《植物学哲学》中有“如果同一个属名被用来命名两个不同的属，那么必须从一个属中剔除出去”，相对应地，《国际植物命名法规》中这样规定：“如果发现一个分类群的名字在以前同等级的群中出现过，且是有效实用，那么这个名字就是不合法的，必须被拒斥”。类似这样的阐述不胜枚举，林奈的命名法在很大程度上成为其后科学命名法的基础。
对“种”（species）的实在论、本质主义理解，在西方文化中有着悠久的历史。种是不变化的还是变化的？长期以来没有定论，但多数人相信不变，直到达尔文时代，人们对此仍然很敏感，这与西方人的一般信仰有关。如何描述一个具体的种，对西方人来讲一直是个重要学术问题。林奈基本上认定种是不变的，偶尔会出现不很重要的变异。对于种，林奈最终给出一种简明的描述方案，即双名法（binomial nomenclature）。严格讲应当叫“双词法”，因为这里面根本不存在两个名字（属名和种名）的问题，而是指刻画一个种时先要确认它所在的属（genus），然后再用一个形容词来限定，两者合起来才准确地、唯一地界定一个种。双词中的前者可以称作“属名”，但后者根本不能称为“种名”。那么何谓种名呢？种名即双词构成的整体。理论上，通过双词如此这般刻画的种才是唯一的，实际中也会出现不唯一的情况，于是要着手修改。
对于林奈而言，双名法最初只是其博物学实践的辅助工具，直到1753年，《植物种志》出版，双名法在林奈著作中的地位得以最终确立。但显然，相比林奈在性体系和植物属种方面的改革，双名法在欧洲范围内更快地获得了认可，双名法的使用也延续到了今天，双名法对于林奈的标志性意义显然更胜其他。
学者普遍将1753年《植物种志》的出版作为科学命名法里程碑式的标志，很大程度上是因为双名法的普及性。但客观而言，《植物种志》的目的并不在于引进双名法，而是借助于既有文献，提供一份已知植物的简洁可用的信息。从1733年林奈最初产生这种想法，到1746年林奈着力去做，再到1753年《植物种志》的出版，双名法更像是一种编码工具，起着类似信息检索的作用。
从双名法的历史来看，双名法的发明本质上还是出于实用的目的。在双名法推广之前，对植物的命名采用的一直是“鉴定短语”（即植物的种名，借此区分同一属的其他种）的方法。尽管林奈对于属的改革已卓有成效，影响力也逐渐扩大，但对种的描述过于烦冗的麻烦并未得到彻底的解决。随着新发现物种的不断增多，为区分同一属下不同种，对植物种的描述需要不断修正，长度也不断增加。
尤其在野外考察实践过程中，种名过长更是一个问题。在博物学考察中，出于节约纸张
和便于记录的需要，林奈的学生通常并不采用冗长的“鉴定短语”，而是采取编码的方式。比如西洋蓍草并不采用它的鉴定性命名，即
Achillea folliis duplicatopinnatis glabris, laciniis linearibus acute laciniais
，而是用
Achillea
no.5代替，其中
Achillea
代表该物种的属，而数字则代表它在林奈《瑞典植物志》（
Flora Suecica）的Achillea
中是第五个种。林奈自己也坦承之所以这么做的原因。“出于节约纸张的需要，我们可以将1745年斯德哥尔摩版的《瑞典植物志》作为参考，用该种的属名、它在《瑞典植物志》中的编号以及一些形容词来代替原本的鉴定短语。”（Stafleu，1971：108）类似于“
Achillea
no.5”的组合，即“属名+编号”的做法，是林奈双名法的雏形，但显然数字并不利于人们的记忆。“属名+编号+形容词”的做法也曾出现在林奈的一些著作中，但编号最终被排除在林奈的命名法之外。
在1753年版的《植物种志》中，林奈将植物的通俗描述（ nomina trivialia ，即一个形容词）印在页边空白处。在前言中，林奈这样解释这些俗名的用处：“我将这些通俗描述印在页边，这样我们就可以简单地用它来代表一个植物的名字；这些名字的选择比较随意，以待未来的某一天使用。但同时我郑重地警告所有聪明的植物学家，在没有充分地作出区分之前，请勿随便命名，以免这门科学倒退到它的原始混乱状态。”
以《植物种志》叶苔属植物的一个种为例：
“2. JUNGERMANNIA frondibus fimpliciter pinnatis foliolis fubulatis.
viticulefa （页边空白处）……
Lichenaftrum trichomanis facie c bafi & medio florens.
Dill. Mufc. 484. t. 69. f. 7.
Habitat in Europae udis umbrofis fylvis. ” （Linne，1753：1311）
显然JUNGERMANNIA是其属名，页边空白处“ viticulefa ”是其种的通俗描述，“ Jungermannia viticulefa ”构成该种的双名，“frondibus fimpliciter pinnatis foliolis fubulatis”是其种名（鉴定短语）。接下来两组命名是前人文献里出现过的命名，并且给出了命名人、出处、页码，“ Dill. Mufc . 484. t .69. f . 7.”代表蒂伦尼乌斯 Mufc. 484中曾经描述过该种，包括插图（ t. 69. f. 7.），然后是产地和习性，“ Habitat in Eruopae udis umbrofis fylvis ”。这里，“对种的描述+属名”取代了原有编号的参照作用，数字编号依然保留，但失去了最初的价值。同时，俗名并没有取代原有鉴定短语，俗名和鉴定短语发挥着不同的功能，前者类似于物种的鉴定代码，而后者则提供逻辑意义上的鉴定陈述。
尽管双名法的设计最初只是为了博物学实践方便的权宜之计，双名法的功用却很快得到了包括林奈在内的博物学界的重视。林奈曾这样说道：“在植物的俗名被发明并用于所有物种之前，人们从来不可能记住植物种之间的差异（ differentias specificas ），如果没有属差（ diffuso genere dicendi ），就不能确定植物的归属，但是现在这项工作变得如同人取名字一样容易。”这个类比也恰当地说出了属名和俗名之间的关系，属名就相当于植物的“姓”，俗名则相当于植物的“名”。（Stafleu，1971：109）
之后，随着更多物种的发现，《植物种志》所涵盖的物种不断更新。1758年《自然体系》的第10版也正式将双名法引入进来，在《自然体系》第一卷中，双名法开始应用到动物命名中。发展到今天，双名法在植物命名中早已确立了不可动摇的地位，成为国际通用的命名规则。根据约定，种名由拉丁化的两部分语词组成的一个整体描述出来。这两个部分是属名和种加词，均用斜体拉丁字母表示。属名在前，名词，大写；种加词在后，形容词，小写。种加词之后，可加上命名者的姓名或缩写，正体书写。如寒兰的学名为： Cymbidium kanran Makino。前两者作为一个整体叫作寒兰这个物种的种名。其中 Cymbidium 为属名， kanran 为种加词，Makino为命名人。
作为目前世界上植物学家通用的国际语言，拉丁语由于其精确性和简洁性，被用来描述和命名植物。拉丁语对于植物学的重要性，可以用约翰·伯肯豪特（John Berkenhout）1789年的一句话来形容：“那些甘愿对拉丁语一窍不通的人，和植物学的研究无关。”正是拉丁语消灭了人们语言和文字上的巴别塔之乱，使人们得以形成共识。（Stearn，2004：6）正是借助于拉丁语，林奈才得以同博物学界的其他学者保持交流，并将他的博物学思想传播到世界各地。实际上，除拉丁语和瑞典语之外，林奈并不精通欧洲其他任何国家的语言，其著作除少部分采用瑞典语写作之外，大部分均采用拉丁文写作。如果说林奈自然秩序的确立建立在他分类基础的确立和种属的改革之上，那么植物学拉丁语则是林奈秩序得以传播的一个重要工具。
与古典拉丁语有很大不同，植物学拉丁语是一种相对独立的植物学专用语言，而在植物学拉丁语的演变和最终确立为植物分类学语言的过程中，林奈的作用不容忽视。
一方面，林奈参与到了植物学拉丁语的改造中。 历史上，植物学拉丁语曾是古典拉丁语的附庸，它最初源于罗马的老普林尼关于植物的作品。随着拉丁语的使用延续至文艺复兴以至16世纪，在欧洲各国外交、法律和宗教事务中拥有至高无上的地位，植物学拉丁语也得以延续使用。到17世纪至18世纪初期，约翰·雷、图内福尔、瓦扬在各自的著作中用拉丁语描述植物，确立了一些植物学的标准用法，并部分地借用希腊文作为帮助，但古典希腊语和拉丁语在植物的命名中却显得有些贫乏。林奈对约翰·雷等人的工作加以继承和改造，为植物学拉丁语的发展做了很好的继承和拓展工作。
林奈对拉丁语的改造主要包括植物拉丁术语的改革和植物描述的改革。
在具体的植物术语定义上，林奈运用约定定义的办法精确化了植物学拉丁语定义。比如“corolla”一词，拉丁语本意为“小的王冠或花环”，在植物学拉丁语中则被约定定义为花冠，严格表示花中包围着性器官的内层包被。（Stearn，2004：14—38）
在对植物的具体描述规则上，林奈则取消了动词、小品词等的使用，确立了主格用法，确定在鉴定短语中，只使用实词和形容词，实词在前，形容词在后。林奈精简了植物种的描述，同时也确立了统一的描述方式，这种描述方式成为今天植物学拉丁语的准则。
另一方面，林奈确立了拉丁语作为植物命名通用语言的地位。 我们提取《植物学哲学》中与植物术语拉丁化相关的几条规则：
229. 没有拉丁或希腊词根的属名应拒绝使用。
247. 属名必须用拉丁语书写。
295. 种加词不能是合成词；出于简单需求，种加词采用拉丁语，而非希腊语。 （Linnaeus，2003）
单一语言的使用显然有利于植物学的发展。对林奈而言，在植物命名语言的选用上，希腊语和拉丁语是林奈最重视的两个选项，两者都是植物学历史上使用最频繁、对植物学贡献最大也最为植物学家熟悉的语言，但综合考虑之下，“对一个种的命名必须能够解释自身，因此越清楚越好”，而拉丁语的语法规则显然更符合这个要求，因此，用拉丁语作为植物命名的唯一语言就不足为奇了。同时，在整理植物学文献中，将相应的希腊语转化为拉丁语也势在必行。（Linnaeus，1938：37—38、99—100、175—176）显然，拉丁语作为标准语言的引入，不仅有利于林奈博物学体系自身的传播，也有利于整个博物学体系的传承。相比之下，林奈同时期的许多植物学家，尤其是法国的一些植物学家，依然采用本国语言进行植物学的分类和命名，这显然无益于博物学知识世界范围内的交流和沟通。
本着简练、精确、易于表达和理解的原则，林奈逐步确立了自己的拉丁语准则，并影响深远。18世纪和19世纪，植物学拉丁语与古典拉丁语越走越远。植物学拉丁语能够形成一套独立的体系，林奈功不可没。
对自然的描述和分类是博物学体系的核心，但一个博物学体系要获得最大程度上的传播，还必须考虑体系的实用性、文化背景、可流通性、传播途径等要素。
首先，是体系的实用性。 如果仅从体系的严密性考虑，与雷、图内福尔等人的体系相比，林奈体系并不存在明显的优势，甚至有时显得过于简单，林奈的单一性状划分也被很多分类学家指责为过度“人工化”。林奈自己也承认，考察的不全面会导致自身体系在反映事物本质属性上存在一定缺陷，但这个“缺点”最终却为林奈体系带来了简单易记忆的优势，而且降低了博物学的门槛。林奈体系的简洁、有效的特点是其他体系所不能媲美的，在博物学实践中也更易理解和操作，更有效率。
其次，是文化背景。 林奈博物学体系中的文化因素，其一是神学因素，其二是分类文化的共同认知。17、18世纪，尽管科学已有摆脱神学的趋势，但博物学很大程度上依然跟神学交错掺杂，自然神学渗透于博物学之中，有时甚至成为一个共有的认知基础，雷如此，林奈也如此。“上帝创造，林奈整理”作为林奈的口头禅，并非单纯停留在语词之中，在探究事物“本质”的时候，林奈也给上帝留下了很大空间，有时也要借助于上帝赋予的灵感去感知。分类文化的共同认知则体现在林奈对前人工作的了解和继承上，比如植物分类中沿用主流分类学者的传统，以植物的结实部分作为分类的依据，尽量遵从“自然的分类方法”，而减少分类中人为的成分。
当然，同前林奈时期的博物学家相比，林奈的博物学体系少了“艰涩”之气，更具“大众化”特点。
再次，流通性的问题。 有效的命名规则和通用的语言有助于林奈体系更好地传播。在命名规则上，林奈的双名法影响巨大，它解决了前林奈时期命名法的一个共有缺点——命名过于烦冗。与此同时，林奈对属名和种名命名规则的改革也影响至今，许多条例成为当今命名法的通用规则。而在语言上，林奈对约翰·雷等人的工作加以继承和改造，为植物学拉丁语的发展做了很好的继承和拓展。命名规则和分类语言的统一，进一步为林奈博物学体系的传播扫清了道路。
最后，林奈体系的传播途径。 体系的传播归根结底还是人的作用。在林奈体系最终确立的过程中，林奈的学生和通信者以林奈为核心形成一个整体，前期作为林奈体系构建的辅助者和执行者，后期则成为林奈体系的实践者和传播者。（徐保军，2015a：92—95）
总之，对自然秩序的狂热追求是林奈博物学的终身动力。在林奈眼中，上帝为自然立法，他则致力于寻找这个自然法则。分类和命名构成林奈体系的基础。在林奈博物学体系构建的过程中，有一个思想贯穿始终，即体系的简洁性、实用性和普及性。林奈的梦想在于：一种植物无论在科学史上出现过没有，任何人运用他的方法，即使不能将其归到正确的属中，也有可能将其归到正确的纲和目中。（Pratt，2008：26）分析18世纪中后期林奈博物学体系在世界范围内统治地位确立的原因，除却林奈分类和命名改革带来强大的实用性、简洁性和标准化外，如库恩所言，新的范式或秩序的确立不单是体系完备性的问题，也许还要考察人、文化、实践、利益等因素。这些因素综合在一起，最终保证了林奈体系地位的确立和广泛传播。
[1] Smellie，“植物学”（Botany），《不列颠百科全书》（ Encyclopaedia Britannica ，Edinburgh，1771），第1卷，第653页。