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魔方的配色比较有讲究。魔方的六个面每一面都有一种颜色。一般来说，标准的魔方的颜色应该是蓝、白、红、绿、黄和橙色。其中黄色和白色是相对的、蓝绿相对、红橙相对。也就是我们平常所说的上黄下白、前蓝后绿、左橙右红。试想一下，如果你的前面是红色，左边是蓝色，那么上面就该是黄色了，而不是白色，这种配色是国际标准配色。而这样的配色方案则是比较科学的，同进又便于人眼的观察区分。
但是，这也并不是说魔方只有一种配色标准。现在所流行的是官方版本，事实上也还有其他版本的配色。例如由香港生产的最初的配色，最早在1980年代就有销售，现在大多数销售的和它不同的是将茶色换成了橙色；由美国生产的，配色完全改动，由白对黄，蓝对绿，红对橙；由匈牙利原产的，配色接近于美国产的魔方，另外也还有台湾生产的，配色与美国的差不多，只是橙色转为紫色。这些都是魔方不同的配色方案。
除此之外，日本魔方配色方案指的也就是rubik教授最初研发出魔术方块时的配色，而在传到日本流行后，rubik公司听取色彩研究者的意见，将一对相似色系的颜色安排在相对两边，而日本则维持原来的配色。
目前为止，世界上除了日本生产的魔术方块之外，还有官方二阶魔方也是日本配色。官方配色方案指的就是，原本方块并不是以现在俗称官方配色的贴纸贴法制造的，而是以日本配色制造的，后来官方公司听取色彩研究者的意见，将相对两面的颜色安排为相同色系，正式名称如下：顺时针BOY＋Y（顺时针BOY加黄），也就是说某相邻三面将蓝，橘，黄以顺时针配置，而相对面则配置本色混合黄色后的颜色（如红＋黄＝橘），成为世界流行的配色。
我们知道，魔方六个面纸通常由红、黄、蓝、绿、白、橙六种颜色组成。各个时期和地方的版本贴纸方法会有区别，但基本上是前红、后橙、上黄、下白、左蓝、右绿。如果没有这些限制魔方贴纸一共有多少种贴法呢？答案是30种。因为由于魔方立方体的对称性，不失一般性的，我们贴纸时不妨就指定蓝色为顶面。他的对面就有5种贴法，剩下的4个面组成一个环。这个环的4种颜色去除旋转后相同的情况有3×2种贴法。这主要是由于对于这个环，我们也可以不失一般性的就指定4种颜色中的一种颜色作为前面，他的对面有3种贴法，剩下的两面对应2种贴法，所以魔方贴纸的贴法有5×3×2＝30种。