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秦始皇统一六国之后，采取一系列的措施，加强中央集权。当政治上加强控制的举措完成之后，秦始皇便开始了对人们思想上的箝制。因受战国时期百家争鸣学术空气的影响，秦初的儒生们尚保留着敢于直言、相互争鸣的学术传统。秦始皇统一中原以后的第九年，也就是公元前213年，有一天，秦始皇在咸阳宫置酒，文武官员全都出席了，有七十个在学术思想上有名望有地位的博士也参加了这次宴会。宴会进行当中，围绕着是否实行分封制，众儒生之间发生了激烈的争执。丞相王绾、博士淳于越等人主张实行分封，博士周青臣举酒颂扬秦始皇的功德：“陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷”，“以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。”秦始皇听后喜形于色。淳于越听周青臣说分封制不好，郡县制好，心里十分不舒服。他赶快往前走几步，急急忙忙地对秦始皇说：“陛下！我听别人说，殷周两代的国王传了一千多年，他们分封子弟功臣做诸侯，像众星拱月那样护卫着中央，那个制度本来就好得很。如今陛下统一了中原，子弟却毫无地位和实权，将来万一出个像当年齐国田常那样谋篡王位的乱臣贼子，又有谁能挽救得了那种局面呢？我听老一辈人说过：事情不照老规矩办而想要长久，根本就不可能。现在周青臣又当面奉承陛下，加重陛下的过错，我看他不是忠臣。陛下还是应当重新谋虑关于分封子弟的事情才好！”
秦代陶马
淳于越重提分封的事情，秦始皇听了心里有些厌烦。而丞相李斯等认为“三代之事，何足法也”，主张实行郡县制，并指责淳于越等人“不师今而学古”，“道古以害今”，这一点对秦始皇触动很大。最后，秦始皇赞同李斯的观点，并采纳了李斯“焚书”的建议，下令：除秦纪（秦国史书）、医药、卜筮、农书外，凡列国史籍、私人所藏的儒家经典、诸子著作和其他典籍，一律限期交官销毁。同时，禁止谈论《诗》《书》和“以古非今”，违者处以黥刑乃至死罪。焚书之后，百姓如想学法令，可拜官吏为师。
当时焚书的具体办法是：除了那些讲医药、占卜、种树一类的书以外，凡不是秦国史官所记的历史书，不是官家收藏而是民间所藏的《诗经》《尚书》和诸子百家的书籍，在命令下达的三十天之内，都要缴到地方官那里去焚毁；以后还有偷偷谈论古书内容的，处死刑；借古时候的道理攻击当前政治的，全家都要处死；官吏知情不告发的，判处同样的罪。命令到达后三十天不烧毁书籍的，在脸上刺字后罚去做四年长城的苦工。凡有愿意学习法令的人，只许跟官吏去学，不许偷偷地照着以前的古书去学。
这样，从都城咸阳到边远的乡村，四处是焚书的烈焰，大批文化古籍在无情的烈火中化为灰烬，中国文化史上第一次灭绝性的大浩劫从天而降。焚书的恶果不仅使许多先秦重要典籍遭到破坏，同时也给春秋战国以来活跃的思想领域及理论探索者们以致命的打击，堵塞了秦代学术自由探讨之路，阻碍了先秦诸子百家思想文化融合的进程。
焚书的余烟尚未消散，“坑儒”的风波又平地而起。“坑儒”的直接起因是方士侯生、卢生等讽议始皇，继而逃走。
战国以来，阴阳五行之说盛行，一切方术都用阴阳五行来推演。燕、齐沿海地区，出现了一批讲神仙方术的方士。他们宣称，渤海中有蓬莱、方丈、瀛洲三座神山，山上的宫阙用金银筑成，住着很多长寿的神仙，山上生长着长生不老的妙药。秦始皇称帝后，为求长生不老，迷恋仙道，不惜重金，先后派徐福、韩终、侯公、石生等人前去寻求仙药。由于多方未果，引起秦始皇的不满，他的脾气也变得越来越乖戾、暴躁，喜怒无常。
侯生与卢生当时都是秦始皇身边的方士，由于长期求仙人和仙药终不可得，他们内心也惴惴不安。按照秦国的法律，求药不应验就会被处死。他们从博士们的前车之鉴，感受到自身命运亦将不济；从秦始皇的暴戾无常，感受到自己的末日亦将来临。他们讥议秦始皇“天性刚戾自用”，“专任狱吏，狱吏得亲幸”。他们互相商量：像这样以靠刑罚和杀戮而建立威势并且贪婪权势的人，不能为他求仙药。于是，侯生、卢生悄悄地带着从秦始皇那里领来的钱财，相约逃走了。秦始皇大为震怒，他认为自己对卢生等赏赐丰厚，待遇尊隆，而侯生、卢生竟然用这样恶毒的话来诽谤自己，还居然逃走了，决定要狠狠地惩治他们。于是秦始皇下了一道命令，叫御史大夫去查办那些在背后诽谤他的读书人。被抓去审问的人，受不了残酷的刑罚，为了给自己开脱，就一个一个的牵出其他人，攀来攀去，一下子查出来有四百六十多个方士和儒生犯有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不详细审问核实，就叫人在咸阳城外挖个大坑，把他们全都给活埋了。其实四百六十多人当中，真正反对秦始皇的只有少数人，大多数人都是含冤死去的。始皇的长子扶苏觉得这样做太残暴了，他对秦始皇说，天下初定，远方黔首尚未安定，“诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安”。秦始皇对自己的残暴不仅没有一点点醒悟，相反还将扶苏贬到上郡。
秦始皇的焚书坑儒，从史书的记载上看，事实比较清晰。但有人认为这件事情的经过还存在着一些问题，如秦始皇究竟坑的是谁？
章太炎、顾颉刚等大师指出，焚书确是事实，但坑儒是没有发生过。秦始皇发怒是冲着方士的，按情理来说当时坑的四百六十个是方术之士而非“诵法孔子”的儒生，至少可以说四百多人中儒生很少。《盐铁论》说：“燕齐之士释锄耒，争言神仙方术，于是趣咸阳者以千数。”坑杀者中没有方士，无论如何是说不过去的。秦始皇时期，儒士在社会上的地位比战国更有所提高，坑方士后，对儒生的社会政治地位并未造成什么影响。之后始皇东巡，齐鲁地区的七十位儒生被任命为博士，跟着他到泰山举行封禅。到了汉代，儒家对这件事也不十分介意，很少有人谈起。西汉中期时，人们谈到这件事，也仅是说“坑杀术士”，没有人说是坑杀了儒士。
首次将这件事说成“坑儒”的是西汉始元六年（前81）的桑弘羊，然这时离事件的发生远达一百多年，说法的准确性是令人怀疑的。但这种讲法却为后代许多人继承，而且越传越烈。尽管如此，一些儒学大家对此还是比较谨慎，如韩愈、苏轼等人仍然称其为“坑杀学士”“屠术士”。
大多数人认为坑儒是存在的，这四百多人中儒士占了大多数。而且从一些史料的记载来看，秦始皇的坑儒好像还不止一次。唐朝颜师古注《汉书·儒林传》和孔颖达《尚书正义》中引录东汉卫宏《诏定古文尚书序》说：“秦始皇焚书以后，担心天下人不按照他颁布的法令去做，遂召诸生，凡是到咸阳的一律拜为郎，前后有七百人。不久密令冬天在骊山坑谷比较温暖处种瓜。等到瓜结果成熟，他诏博士、诸生谈论这件事。冬天种瓜，儒生们实在搞不清楚，各人谈各人的观点，乱哄哄的。于是始皇让大家前去察看，预先派人在这个地方设置了一个机关。诸生贤儒来到后，大家仍是互相论难不止，始皇命人触发机关，从上面将土往下填，不一会儿众儒生全部被压在下面，没多少时间就没有声息了。”卫宏的记录，当然是得之于传闻，而且这件事情《史记》没有记载。与前面的“坑儒”不知是否为一件事，今天因没有佐证而无法知道。
骊山温谷从此又叫坑儒谷，汉代又把这里叫愍儒乡。有学者考证，该谷在今临潼县西十公里的洪庆堡，洪庆堡过去又叫灭文堡。又据刘修明先生实地考察认为，坑儒谷当在今临潼西南五里处的一个狭长幽深的山谷里，其地“温泉水脉纵横，瓜果能不按季节而生”。山谷两边都是高坡峻岭，只要投下黄土石块，守住谷口，进的人，别说是数百人，即便是数千人也同样逃不出来。
也有人认为秦汉时期的儒生兼事方术，方士也可能兼事儒术。侯生、卢生为秦始皇寻仙药，显然他们是术士，但他攻击秦始皇的那段话，口气与儒生一模一样。从当时的实际情况来说，始皇迷信方术，单纯的儒术明摆着吃不开，所以儒生兼习方术或弃儒专事方术应是很有可能的。
“焚书坑儒”对社会发展是否有利，也是一个历史之谜。
有许多人认为焚书坑儒没有什么好的作用。郭沫若认为：“书籍被烧残，其实还在其次，春秋末叶以来，蓬蓬勃勃的自由思索的那种精神，事实上因此而遭受了一次致命的打击。”林剑鸣等秦汉史专家指出秦始皇下令焚书，使中国文化遭到巨大损失，先秦许多重要文献古籍，从而被付之一炬。秦始皇为追求长生，大施淫威，肆意杀人，充分表现了他的愚蠢和残暴。有人进一步认为：焚书坑儒乃是秦王朝由盛及衰并迅速滑向灭亡的转折点。焚书坑儒的出发点是错误的，方法、手段既残暴又愚蠢，效果是加速秦王朝的灭亡，所以应该彻底否定焚书坑儒。
有人认为对焚书坑儒要进行具体分析，不能走向评价的极端。著名史学家翦伯赞指出，焚书坑儒对于古文献的保存和学术的传授，造成了较大的损失。但是在当时统一与分裂激烈斗争的年代里，秦始皇用这种手段打击复活封建贵族政治的反动思想，又是具有积极意义的事。有学者认为，秦始皇实行焚书坑儒，在当时的历史条件下是有其进步作用的，但我们并不应该毫无批判地讴歌秦始皇的这种措施。采取把书烧掉这种简单粗暴的作法，毕竟对文化的发展十分不利。
也有部分人对焚书坑儒是抱着肯定的观点。著名学者何兹全就认为秦始皇的焚书，不能单纯地从焚的观点上来看。秦始皇焚书，是两种思想斗争的结果，是当时进步思想和反动思想斗争的结果，是进步派和反动派政治斗争的结果。焚书是禁止“是古非今”反动思想的手段，为了禁止反动思想而焚掉古代文献，手段是粗暴了些，但它却是有进步意义的。坑儒是焚书事件的延续，它的意义和焚书是一样的”。还有学者指出：秦始皇的政治方向在那一历史阶段是对头的，只是在施行的方法上不够技巧。李斯的“焚书”建议并未完全化为始皇的制书，更未完全付诸实行。“焚书坑儒”之后，有秦一代包括儒术在内的文化学术的师授并未中断，《史记》的真实可信被逐步证实，也就从正面否定了“焚书坑儒”对于古文献的保存和文化学术的传授造成了极大损失的说法。至于“坑儒”事件，那是秦统治集团内部政治斗争的一个典型表现。
今天看来，秦始皇焚书坑儒，目的是想统一思想，压制那些反对中央集权制的思想和言论，但是他的做法太过分了，太残暴了。焚书毁灭了秦以前长期积累起来的文化财富，而坑儒杀害了许多精神财富的创造者。从此以后，秦朝宫廷里真正有学问的人大大减少，而那些专会阿谀奉承、欺上瞒下的奸贼如赵高之流，逐渐成了秦始皇身边的重要人物，秦朝确是从此开始走下坡路。秦始皇是一个完成伟大统一事业的了不起的皇帝，同时也是一个对人民实行残暴统治的皇帝。