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靖康元年（1126）闰十一月，北宋首都汴京被金兵攻破，宋徽宗、宋钦宗和赵氏宗室、大臣三千余人被掳，北宋灭亡。在这场动乱中，几乎整个赵氏皇族都成为俘虏，只有哲宗废后孟氏和正在相州的康王赵构幸免。
赵构是宋徽宗第九子，钦宗之弟，北宋末封为康王。开封被围行将攻破之际，钦宗曾派人夜间将一道蜡丸密诏送至相州，命赵构为河北兵马大元帅，星夜组织官兵前去救援，这时的赵构只能捧诏呜咽，因为他实在无能为力。十二月初一，赵构在相州开设天下兵马大元帅府，命附近州郡的宋朝将官，率军赴大名会合。不久，大元帅府移至东平府。数月后，赵构已拥有八万人马。
这时，被金人立为伪楚皇帝的张邦昌由于受到宋朝官民的反对，自知众怒难犯，遣使致书赵构，请他回京承继宋朝大统。赵构身边的人也劝他自立为帝，使赵构犹豫不决。之后，张邦昌再次派使前来，希望赵构即位。至此，赵构也有了重建朝廷的决心，并采纳宗泽等人意见，在南京（今河南商丘）即位。
五月初一，二十一岁的兵马大元帅赵构，登上南京的受命坛，即帝位，是为宋高宗，改元建炎。
不过，人在商丘，宋高宗的心却时时刻刻想离开商丘，因为这里实在离金人太近了。一方面，他以中兴皇帝自居，曾下诏书，表示“朕与群臣将士，独留中原”，扩召军马，为万方百姓请命于皇天，俟时机成熟，便“归宅故都，迎还二圣”，内心则畏乱如虎，从未有意在南京永久建都，一直想往东南转移。
七月间，高宗手诏，谓京师不能回去，当巡幸东南。诏书一出，朝廷上下，议论纷纷，文武群臣，齐献方案。李纲面奏高宗，认为定都是国家大计，还都开封是上策。此外还可建三都：西都长安，南都襄阳，东都建康。由于高宗自己还举棋不定，大臣们的议论也就搁一边去了。次月，高宗再次要求大臣讨论迁都东南的问题。许多大臣一眼看出了高宗的真实想法，马上上书表示支持。有人认为建康是东南要会之地，本就是一个古都，前据大江，可以固守，东南久安，财力富盛。李纲力争迁都开封，被高宗罢去相职。至此，也就没有人再敢反对到东南了。讨论了几天，同意迁都东南的人越来越多。高宗一看，心中十分高兴，马上决定迁都。这时有消息说金兵又将继续南下，高宗也不问是否属实，立即弃城而走。
这年十月，高宗一行沿运河来到扬州。在北方，中原人民抗金斗争风起云涌，宗泽先后送上二十四次奏疏，恳请高宗还都开封，率领民众收复中原，但高宗均置之不理。他与一帮宠臣们沉醉于偷安岁月、醉生梦死的生活中。
1128年底，金军大举南攻，向江淮地区进犯。高宗原想在扬州喘一口气，再渡江“巡幸”，谁知不到一年，金兵的先头部队已奔袭至扬州，速度之快令高宗难以想象。建炎三年（1129）二月，高宗仓卒过江，逃到镇江。由于镇江和建康与前线只一江之隔，还是不太安全，于是再次召开会议与众大臣商议巡幸计划。这次讨论，高宗直截了当自己提出方案，问众人迁到浙中如何。吕颐浩及众大臣认为应该留在建康，只有王渊说还是到杭州为好，有钱塘重江之阻。王渊的观点接受的人很少，但正合高宗心意，于是当即决定马上开赴杭州。
途经平江府时，高宗召见了集英殿修撰卫肤敏。卫一开始并不知道高宗本意，就说：“余杭地狭人稠密，区区一隅，终非可都之地。自古帝王从未将杭州作为首都的，只有吴越钱氏，但他当时是没有办法的事。如今陛下巡幸至此，还想定居下来，这个地方深远狭隘，想来号令四方，恢复中原，恐怕是很难的。”当他一看高宗脸色不对，知道自己的一番话讲反了，马上话锋一转说：“但当今之计，莫若暂图少安于钱塘，慢慢地再到建康。”几句补充，高宗表示可以接受，不同意到杭州的大臣们也得到了安抚。迁都杭州的事情也就没有人再提出反对意见了。
高宗逃到杭州后，南宋朝廷一片混乱，将官苗傅、刘正彦趁机发动兵变，逼迫高宗退位。这次兵变虽然不久即告失败，但它使高宗认识到，若再不在表面上作一些改弦更张的抗金姿态，自己的统治就无法维持下去。为此，他下诏承认自己举措有误，并将行都北移到建康，表示要同金兵战斗到底。在建康，他不断派人和金帅求和，哀叹自己由北方逃到南方，“所行益穷，所投益狭”。1129年，金军南侵，越过长江，高宗只好带着他的小朝廷继续南逃，由建康再退到杭州，又经越州、明州，最后乘船下海，亡命温州、台州一带海上。金兵北撤后，高宗由温州回到越州，心有余悸，惟恐金兵再次渡江。二年后，在确信金兵无意南下的情况下，回到杭州。当时有不少人提出要设都建康，认为建康自六朝为帝王都，气象雄伟，且据都可以经理中原。然高宗根本不再想到建康去了，又是修宫室，又是建宗庙。
一些专家认为，金兵处处主动进击，宋军时时被动防守，这是当时战局总的态势。金兵随时可能发动进攻，而建康靠近前线，不如杭州地处后方，比较安全。浙江一带水网地区，不利于金兵骑兵的活动。赵构曾说：“朕以为金人所恃都骑众耳，浙西水乡，骑虽众不能骋也。”贪生怕死表现得十分清晰。此外，杭州本身的经济、文化发展也造就了作为一国之都的条件。