在小型叶类型的蕨类植物中,孢子囊单生于孢子叶的近轴面叶腋或叶的基部,通常很多孢子叶紧密地或疏松地集生于枝的顶端形成球状或穗状,称孢子叶球( strobilus )或孢子叶穗( sporophyllspilte ),如石松和木贼等。大型叶的蕨类植物不形成孢子叶穗,孢子囊也不单生于叶腋处,而是由许多孢子囊聚集成不同形状的孢子囊群或孢子囊堆( sorus ),生于孢子叶的背面或边缘。
孢子囊的细胞壁由单层(薄囊蕨类)或多层(厚囊蕨类)细胞组成,在细胞壁上有不均匀的增厚形成环带。环带的着生位置有种种形式,如顶生环带、横行中部环带、斜行环带、纵行环带等,这些环带对于孢子的散布有重要作用。
孢子囊壁由多层细胞构成(厚囊蕨亚纲)或一层细胞构成(薄囊蕨亚纲),孢子囊壁的细胞中往往有部分细胞的胞壁不均匀增厚,它们排列成带状,称为环带。环带有顶生,横行中部、斜行、纵行等类型。
多数蕨类植物产生的孢子在形态大小上是相同的,称为孢子同型,少数蕨类如卷柏属和水生真蕨类的孢子大小不同,即有大孢子和小孢子的区别,称为孢子异型。产生大孢子的囊状结构叫大孢子囊,产生小孢子的叫小孢子囊,大孢子萌发后形成雌配子体,小孢子萌发后形成雄配子体。
孢子囊常集生成孢子囊群(堆)。孢子囊群的着生方式有多种,原始类型生于枝顶特化的孢子叶上而成穗状或圆锥状的孢子囊穗,进化的类型方式有:边生孢子囊群,指孢子囊群着生于羽片的边缘,顶生孢子囊群,生于羽片顶端,脉端生孢子囊群,生于细脉先端,脉背生孢子囊群,系生于细脉中部,穴生孢子囊群,系生于羽片所形成凹穴处,也有布满于叶背者。孢子囊群有者具盖,有者无盖。孢子囊群有圆形、肾形、条形等各种形状。