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在小型叶类型的蕨类植物中，孢子囊单生于孢子叶的近轴面叶腋或叶的基部，通常很多孢子叶紧密地或疏松地集生于枝的顶端形成球状或穗状，称孢子叶球（ strobilus ）或孢子叶穗（ sporophyllspilte ），如石松和木贼等。大型叶的蕨类植物不形成孢子叶穗，孢子囊也不单生于叶腋处，而是由许多孢子囊聚集成不同形状的孢子囊群或孢子囊堆（ sorus ），生于孢子叶的背面或边缘。
孢子囊的细胞壁由单层（薄囊蕨类）或多层（厚囊蕨类）细胞组成，在细胞壁上有不均匀的增厚形成环带。环带的着生位置有种种形式，如顶生环带、横行中部环带、斜行环带、纵行环带等，这些环带对于孢子的散布有重要作用。
孢子囊壁由多层细胞构成（厚囊蕨亚纲）或一层细胞构成（薄囊蕨亚纲），孢子囊壁的细胞中往往有部分细胞的胞壁不均匀增厚，它们排列成带状，称为环带。环带有顶生，横行中部、斜行、纵行等类型。
多数蕨类植物产生的孢子在形态大小上是相同的，称为孢子同型，少数蕨类如卷柏属和水生真蕨类的孢子大小不同，即有大孢子和小孢子的区别，称为孢子异型。产生大孢子的囊状结构叫大孢子囊，产生小孢子的叫小孢子囊，大孢子萌发后形成雌配子体，小孢子萌发后形成雄配子体。
孢子囊常集生成孢子囊群（堆）。孢子囊群的着生方式有多种，原始类型生于枝顶特化的孢子叶上而成穗状或圆锥状的孢子囊穗，进化的类型方式有：边生孢子囊群，指孢子囊群着生于羽片的边缘，顶生孢子囊群，生于羽片顶端，脉端生孢子囊群，生于细脉先端，脉背生孢子囊群，系生于细脉中部，穴生孢子囊群，系生于羽片所形成凹穴处，也有布满于叶背者。孢子囊群有者具盖，有者无盖。孢子囊群有圆形、肾形、条形等各种形状。