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捕食性真菌是寄生在线虫、变形虫、轮虫等小动物上的真菌。它包括形成或不形成捕捉器官的种。狭义的捕食性真菌指能形成捕捉器官或分泌粘性物质的真菌。如捕虫霉目的无柄霉属、梗丛霉属和泡囊虫霉属；丝孢目的肋孢属、隔指孢属和节丛孢属；水霉目的轮虫水霉属的一些种。壶菌目的囊壶菌属、根生壶菌属，虫霉目的擒虫霉属，丝孢目的杀虫孢属的一些种不形成任何捕捉器官，而是靠孢子经寄主的口腔感染。
捕食性真菌广布于有机残体、粪堆、朽木、土壤或水体中，在苔层下面特别多。它们在捕捉线虫时有粘捕和套捕两种方法，前者又称化学捕捉法，后者又称物理捕捉法。粘捕法是靠分泌黏性物质的菌网、菌钮、菌枝、菌丝和孢子粘捕猎物，例如囊胞顶孢霉形成稠密、黏着的捕食网，椭圆隔指孢形成多黏液的菌钮、菌丝和孢子。套捕法是靠菌套套捕线虫，例如绞套节丛孢可形成能收缩的菌套，从而套住线虫；白指孢形成的菌套不能收缩，它是靠整体进行捕捉的。捕虫真菌在黏住或套住线虫以后，与线虫接触处便长出一根细小的穿透枝，它穿透线虫的体壁，在线虫体内形成侵染球，从侵染球再长出充满线虫体腔的营养菌丝，吸收线虫体液作为养料。