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晁崇乃辽东襄平人氏
，其先祖世代史官，颇得家学，并以天文术数知名于时。东晋孝武帝太元八年（383），前秦苻坚大败于淝水后，北方部族趁机纷起独立，如拓跋珪之北魏、姚苌之后秦。慕容垂则据河北、山东、辽东等地建立后燕，是中原地区最大的势力。晁崇因精于观天占星之术而被派任为后燕的太史郎。
北魏原本称藩于后燕。道武帝登国九年（394），当作为此二国缓冲的西燕为慕容垂讨平后，魏、燕之间的冲突日益扩大，慕容垂遂遣兵伐之，晁崇亦随军出战。登国十年（395）的参合陂一役，后燕大败，数万军士遭坑杀，辎重、器甲损失无数，国力大伤，晁崇亦在俘虏之列。
道武帝拓跋珪因初拓中原，颇留意人才，只要学有专精，莫不叙用，遂拔擢晁崇参与谋议，并接掌太史令。道武帝皇始元年（396），拓跋珪亲领大军征讨后燕，晁崇亦随行。后燕虽顽强抵抗，但由于参合陂一役的损失过大而渐趋败势，各地守将纷纷降魏，后燕终于被迫退守辽东。稍后，拓跋珪诏晁崇造浑仪，考天象，并迁中书侍郎（从三品官），仍兼任太史令。由此可知，拓跋珪对晁崇的专才甚为重用。
北魏虽将后燕势力逼出中原，但另一劲敌后秦一直在西方虎视眈眈，特别是当姚兴即位后，为开拓疆土而四处征战，更构成严重威胁。所以，从皇始二年平定中原后，魏、秦的关系日趋紧张，拓跋珪为提防后秦进犯，乃诏并州诸兵积粮于乾壁（柴壁之北约20公里处）。就在双方对峙期间，后燕降将王次多忽又叛魏投秦，且暗地仍与晁崇和其弟晁懿往来，因此，崇之家奴密告拓跋珪，谓晁崇兄弟与王次多潜通，有叛魏之心。晁崇未能完全忠于新主的原因，应与拓跋珪凶残的性情攸关。
拓跋珪先前喜服寒食散
，行为因此偶有失控，甚至尝妄杀崔逞、李栗等朝臣
，晁崇因而心生危惧。其次，当时汉人眼见华北政权的不时交替，对新成立的北魏仍感不安
，安身立命的抉择是他们首要重视的问题。所以在晃崇降魏前后，至少另有15位燕臣亦改事拓跋氏
，然其中7人却又叛魏离去
，无形中对晁崇的心理有所影响。
天兴五年（402）五月，姚兴遣其弟姚平伐魏，攻陷乾壁。拓跋珪乃亲领大军西讨，姚平惧，退守柴壁。晁氏兄弟当时亦在参战之列，可见虽有家奴之密告，然拓跋珪仅存疑在心（史曰：“太祖衔之。”），仍相当倚重晁崇的专业。十月，北魏在柴壁大破后秦，并俘其众3万余人，王次多亦在其中，旋被处死。若王次多在死前供出与晁崇往来密谋之事，则拓跋珪理应随即惩治晁崇之罪，然实际上并非如此，可见有关晁氏叛魏之事，应仍只存疑而尚查无实据。
柴壁战后，群臣力劝续平蒲阪，由于蒲阪若为北魏所陷，则渡黄河即可威胁后秦京师长安，这是极欲投奔后秦的晁崇所不愿见的。他于是谎奏“月晕左角，角虫将死”，欲利用拓跋珪迷信天文灾异的心理
，阻止他继续进军。即使拓跋珪接受群臣劝进，则事先奏明角虫将死，正可将“牛疫”发生的原因归诸于天，此正是天文官利用星占术遂其私图的主要手法。由此可以理解，为何晁崇不选用其他如破军杀将之类的占辞。
尽管《魏书》记载拓跋珪就此撤兵，但《太祖本纪》载：“戊申，班师。”与《天象志》载：“十月戊申，月晕左角。……丙戌，车驾北引。”二者记述内容颇异。按戊申为十月十三日，丙戌为十一月二十一日，两者相差38天之久，透露出事实似乎并非如此。《晋书·姚兴载记》另有完全不同的记述：“魏军乘胜进攻蒲阪，姚绪固守不战，魏乃引还。”即北魏确曾进军蒲阪。
拓跋珪原本极度迷信灾异，但仍决定进军蒲阪，其原因可作如下分析：第一，角虫将死并非大凶之兆，且角虫何时将死犹是未知。第二，拓跋珪在六年前征战中原时，曾在战场上遇到严重的“人、马、牛疫”，在兵力损失逾五成的情况下，仍坚持作战而获得胜利。
相较之下，角虫将死仅是预言，纵使发生亦不见得比上次严重。于是，拓跋珪接受群臣续平蒲阪的建议。
然于进军途中，竟然真的发生牛疫，“舆驾所乘巨犗数百头亦同日毙于路侧”。
因牛疫乃不可预知之事，晁崇却能预知，则他必是发生“牛疫”的关键人物。北魏虽并未因牛疫而停止部队的前进，但辎重粮草的补给必然出现相当程度的困难，所以，当与后秦在蒲阪短暂对峙之后
，又因北方的柔然蠢蠢欲动，迫使拓跋珪决定撤军。还次晋阳后，拓跋珪或想起晁崇家奴之言，以及牛只同日死于路侧的异象，于是派人详加调查，结果认定晁氏兄弟确有谋叛之实，遂赐他兄弟俩自杀。