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然而，批判并不是简单地肃清体系。在启蒙运动的峰巅，达兰贝尔正确地区分了体系的精神和系统的精神，用百科全书的方法说明了这一区别。支持系统精神的，不单是平凡的内聚性动机，倾向于在无条理事物中结晶成形；它不仅仅要满足官僚把一切事物塞进它们范畴中的欲望。体系的形式对世界是合适的，世界的实质逃避人类思维的统治，统一和一致同时是一种被平息的、不再对抗的状况向统治性的、压抑性的思维坐标的纯粹投射。哲学系统学的双重意义没有别的选择，只能把思想的力量（一旦从体系中释放出来）变调成对个别要素的公开规定。
对黑格尔的逻辑学来说，这一步骤不是完全陌生的。对个别范畴的微观分析，同时表现为它们客观的自我反思不得不让每一概念进入自己的他者，无需顾忌来自上面的覆盖物。在黑格尔看来，这一运动的总体性就意味着体系。这种体系的概念——一种结论性的因而停顿下来的概念——和动力论的概念即构成一切哲学系统学的纯粹自给自足的、从对象中产生的概念之间既有亲属关系，又有矛盾。黑格尔能够只靠把他的统一性原则即精神解释为同时既是自在的存在，又是纯粹的生成，即重新采纳亚里士多德—经院哲学的纯粹行动，来调节静态和动态之间的张力。这种解释的难以置信性——其中主观的生产和本体论、唯名论和实在论的关系在阿基米得点上被省略了——将妨碍这种张力的解决，这也是这种体系中内在的。
然而，这种哲学的体系概念高耸在一种纯粹科学的系统学之上，这种系统学要求有秩序地组织和表达思想，要求各专业学科有一种一致的结构，无需从客体的角度严格坚持它的各要素的内在统一性。统一性的预先假定密切关联着这样一个设定，即存在的一切事物都和认识的原则相同一；但另一方面，一旦这种设定像它在唯心主义思辨中那样被加上重担，也就合法地恢复了客体彼此具有的密切联系，而这种密切联系却被科学对秩序的需要所禁忌，不得不产生它的图式的代用品。使客体互相交流的东西——而不是让每一客体在分类的逻辑中成为原子——是客体自身的规定性的痕迹。康德否认这种痕迹；而黑格尔反对康德，试图通过主体来恢复这种痕迹。
理解一个事物本身，不是在它的相关体系中适应和记录它，而不过是在它和别的事物的内在联系中知觉到个别要素。这种反主观主义在绝对唯心主义噼啪作响的外壳下表露出来，它倾向于按其呈现的样子来解决现行的问题。相反，体系的概念想起的东西是非同一物的融贯性，即被演绎的系统学所违反的那种东西。对体系的批评和非体系的思想只要不能摆脱唯心主义体系让与先验主体的融贯性力量，它们就是肤浅的。