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斯宾诺莎少年时代的平静生活结束于1654年他父亲的去世。从这时起，他不得不自行谋生。2年后，斯宾诺莎再一次遭遇到对其一生都产生重要影响的事件，那就是斯宾诺莎被犹太教公会永远革出教门，并把他从阿姆斯特丹驱逐出去。
事件的起因源于斯宾诺莎思想的转变。原来，犹太人在反对天主教会的迫害中形成了性格上的无比刚强和坚毅，斯宾诺莎本人在这种斗争中也培养了自己对真理执著追求的性格。
青少年时期的斯宾诺莎，开始对犹太的圣经感到不满，甚至怀疑，开始对犹太人的金钱观念形成了冲击，逐渐走上“异端”道路。他曾到过因怀疑犹太教义而受迫害致死的犹太哲学家尤利尔·阿克斯坦的墓地凭吊。尽管他还不知道事实的真相，但他却想知道为什么持有不同意见的人会遭受迫害，幼小的心灵在迷茫中徘徊，显示了自由追求的理想。
长大之后，斯宾诺莎运用分析型头脑的过滤器，对《圣经》和犹太经典进行了研究，他不仅从犹太哲学家斐洛、迈蒙尼德和伊本·伽比罗尔的道德形而上学，而且从非犹太哲学家柏拉图、卡尔丹诺、布鲁诺和笛卡儿的形而上学与道德学中吸取精华。
这些知识拓展了他的视野。为了扩大自己的领域，他孜孜不倦地学习各种世俗学问和科学知识。
正在这时，斯宾诺莎结识了对他一生发生最大影响的老师凡·丹·恩德。这位法国自由思想家和人文主义者是1619年被火刑处死的意大利无神论者梵尼的崇拜者。
恩德在阿姆斯特丹开了一所拉丁文学校，而斯宾诺莎正好在这所学校里学习拉丁文，但他更多地是与恩德先生探讨非宗教的世俗科学的问题。在这所学校里的学习是他摆脱犹太神学进入新哲学的转折点。
1654年，父亲去世后。斯宾诺莎则干脆搬进学校，专门从事哲学研究。然而，斯宾诺莎敬仰的这位老师，却遭到了厄运。当时，恩登本人的新思想及无神论倾向招致市民的不满，终于，阿姆斯特丹当局查封了这所学校并驱逐了法兰西斯·凡·登·恩登。
不久，恩德因其倔强的怀疑论，遭人讥刺，从而引起法国国王路易十四的不悦，不久被处以绞刑。
斯宾诺莎了解到这位老师的悲惨结局，深深感到人类无知的可悲。自相残杀只能带来肉体的毁灭，思想却是永存的。他曾自己给自己画了一张肖像画，身穿托马斯·安尼鲁斯式服装，表现了其内心的反叛精神。安尼鲁斯是意大利1647年因反抗西班牙统治而牺牲的起义领袖。斯宾诺莎要用精神的利箭洞穿封建专制的愚昧和野蛮，开启人类求知的欲望之门。
这个时期，斯宾诺莎的思想深受布鲁诺的自然哲学和笛卡儿的新哲学的影响。当时，哲学上的“三百年战争”已经开始，笛卡尔、莱布尼茨、休谟、康德先后加入，这场战争既促进又践踏了近代哲学。
笛卡尔认为，在上帝给了最初的推动后，天文地理以及所有的非精神进程，都可以用一种最初以分散形式存在的均质实体来解释；并且，各种生物的运动，都是一种机械运动。整个世界，以及每个躯体都是一部机器。但是，在世界之外还有上帝，躯体里还有灵魂。
笛卡尔停在了这里。斯宾诺莎满怀渴望的向前走去。他开始用神、自然、实体三个概念来表现同一个最高存在，并以此来建立自己的哲学体系。
斯宾诺莎的天才在于能兼容并蓄地接受各种哲学思想，并站在更高的水平上对之加以综合，从而完成自己哲学体系的创造。他继承了他能够继承的一切，然而他坚持自己原有的观点。
显然，斯宾诺莎的异端思想愈来愈和犹太教的教义格格不入。他漠视犹太教的教规仪式，拒不执行犹太教的繁琐无比的种种规则。他不相信灵魂不灭，认为灵魂的本义即生命，生命断绝，灵魂消灭。他否认天使存在，认为天使不过是我们想象中的幻影。他否认上帝是超越于世界之外的精神主宰，认为它应是表现在自然中的有广延的存在。
在斯宾诺莎的异端思想被犹太教会堂的长老们知道后，他们把他叫来“盘问”，对其“危险思想”的怀疑被证实了。长老们无法容忍他的那些简直是叛经背道的渎神言论。
开始，长老们企图用金钱来收买他，答应每年给他500佛罗林年金，条件是要他保证起码在外表上忠诚于他的教会和宗教。斯宾诺莎愤怒地拒绝了。
1656年7月27日，斯宾诺莎被按照希伯来仪式中的一整套阴森的程序开除了教籍。长老们决定对他采取“小开除”的惩罚手段，即暂时开除他的教籍，禁止他在一个月内与任何人发生来往。
但这种“治病救人，以观后效”的办法对哲学家没有发生任何作用。他并没有被迫就范，他坚信自己的观点。教会恼羞成怒，竟指使狂徒暗杀斯宾诺莎。有一次，当他从剧场出来时，一把短刀向他飞去，幸而他命大，躲得快，未被刺中。
1656年7月27日，也就是在斯宾诺莎24岁时，犹太教的长老们采取了最极端的“大开除”惩处手段，斯宾诺莎被永远开除出教籍，并加以诅咒。诅咒里这样说：
让他白天遭到诅咒，晚上也遭到诅咒；让他躺下遭到诅咒，站起来也遭到诅咒；出门遭到诅咒，进门也遭到诅咒。愿主永远不再宽恕或承认他；愿主的不悦和愤怒把他烧毁，在他身上压下《律法书》上所有的诅咒，从天底下抹去他的名字；愿主切断他的邪恶同以色列所有家族的关系，把《律法书》中所有的天谴加在他身上。愿所有服从我主上帝的人今天都得到拯救。
这一年斯宾诺莎才24岁，从这天起，这个“道德上的麻疯病人”就“按照天使的审判和圣徒的裁决，受到谴责、诅咒、谩骂，被清除出犹太种族。”处分决定明文规定：“谁都不得以口头或书面方式同他交谈，不得对他进行任何帮助，不得与他同住一屋，不得同他并肩站着，不得阅读他编写的任何东西。”
总之，在长老的心目中，这个人是魔鬼，谁与他交往，就意味着灵魂的堕落。
开除教籍是苛刻的，但犹太长老们坚信是正确的，因为处处遭受迫害的犹太人只能在宗教信仰中才能找到宁静的堡垒。谁敢于攻击这个堡垒，谁就是犹太民族的叛徒。历史是这样嘲弄人，主持这次审讯大会的首席长老正是昔日称赞斯宾诺莎品学兼优的老师莫泰勒拉比。
但是，斯宾诺莎认为真理是高于一切，甚至高于自己的生命的，如果放弃对正统教会教义的批判，就是对真理的背叛。因此，他被同胞从日常生活世界赶进孤寂的哲学王国，是不可避免的事了。对于对自己的处罚，斯宾诺莎的回答是：“很好，这样我就不必强迫我去做我本意所不愿意做的任何事情了”。
就这样，24岁的斯宾诺莎没有一个人和他交往，他也就成为了世界上最孤独的人。同时，他也被驱逐出了阿姆斯特丹，来到了一个叫做奥特德克的小镇，开始了自己孤独的生活。