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第二十二条 环保总局科技标准司指导和管理重点实验室工作，环保总局有关司（局）会同科技标准司指导重点实验室的相关业务，依托单位具体负责重点实验室建设和运行管理。
第二十三条 重点实验室要成为相对独立的科研实体，实行依托单位领导下的主任负责制；建立“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，鼓励体制创新和机制创新。
第二十四条 重点实验室主任由依托单位推荐，征得环保总局同意后，由依托单位聘任，每届任期3年，可以连任。主任要全面负责重点实验室的科学研究、学术活动、人员聘任、财务支出等管理工作。依托单位对任职期间需外出超过半年以上的重点实验室主任，应及时调整。重点实验室主任可根据工作需要提名1到2名副主任，由依托单位聘任，在科研、学术交流、外事、行政管理等方面协助其工作。
第二十五条 重点实验室设立独立的学术委员会。学术委员会是重点实验室的学术指导机构，主要职能是把握重点实验室的研究方向，审议重大学术活动和科研计划，审批开放研究课题。学术委员会每年至少召开一次会议，其会议纪要应当作为重点实验室年度总结报告的重要附件。
学术委员会由国内外优秀专家9—11人组成，其成员由依托单位聘任，每届任期3年，可以连任；其中本重点实验室和依托单位的学术委员不超过总人数的三分之一，中青年学术委员不少于三分之一。
第二十六条 依托单位应根据精干、高效的原则核定重点实验室的人员编制，固定人员由重点实验室主任提名，依托单位聘任，应注意稳定一支高水平的科研与技术支持队伍。流动的研究人员由学科带头人根据课题的实际情况，在征得重点实验室主任同意后聘任，报依托单位备案。
第二十七条 重点实验室的事业费和运行经费由依托单位解决；重点实验室应当凭借自己的研究水平和工作质量多渠道争取经费，利用各种形式，对研究开发的科研成果和技术加以推广，增强自我发展能力。
第二十八条 环保总局从研究项目和任务上择优支持建设和运行良好的重点实验室。
第二十九条 重点实验室的仪器设备实行统一管理、开放使用。
第三十条 重点实验室应当向国内外开放，吸引优秀科技人才作为客座研究人员开展合作研究。
第三十一条 重点实验室应当采取网络、研讨会、专题报告等多种形式介绍相关领域学科的发展，宣传科技成果与业绩，促进重点实验室发展和环境科学的普及。
第三十二条 依托单位每年应当向环保总局报送重点实验室工作总结。
第三十三条 环保总局每隔3年对重点实验室在科学研究、人才培养、对外开放和科研管理等方面进行评估，评估结果予以通报。
对综合评估排序处于前列并且分数为优秀的重点实验室，环保总局给予表彰和重点支持。
对综合评估排序处于末位并且分数为不合格的重点实验室，给予警告并限期整改，整改后经评估仍不合格，取消其重点实验室的命名。