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汉晋时期，由于高级士族大量参加道教，并把他们的思想带到道教中来。因此，在发展的过程中，出现了一些道教早期的典籍。同时，反映士族思想的上清、灵宝等派别相继出现，并迅速得到发展。
道教诞生于汉末，它是汉代社会的产物，是汉代思想文化的组成部分，它的产生有其深刻的社会原因。
道教早期经典真实地反映了道教教义，如《太平经》《周易参同契》《老子想尔注》等。这些道教教义成为了解道教的重要资料。
《太平经》是流传至今的最早的道教经典。它的主要思想，一是神秘的气化学说；二是三名同心的调和论，即主张君、臣、民协调共处；三是阴阳五行的灾异说；四是天人相通的神仙系统。
《太平经》的神仙系统，一为神人，二为真人，三为仙人，四为道人，五为圣人，六为贤人。它具有两个神学系统，即天地阴阳系统与神仙系统。这两者是平行关系，神人主天，真人主地，仙人主风雨，道人主教化吉凶，圣人主治百姓，贤人辅助圣人。
《周易参同契》是道教丹鼎派最早的理论著作。它的中心思想是运用提示的阴阳之道，参合黄老自然之理，讲述炉火炼丹之事，基本上是一部外丹经。其文字古奥难懂，其真义令人不易捉摸。
《老子想尔注》是进一步了解五斗米道教义和理论的重要资料。五斗米道与太平道最大的不同之处就是它非但没有遭到太平道那样的悲剧，反而在演变为天师道以后，成为道教的正宗。
在道教史上，东晋南北朝是重要的转折时期。
在东晋南北朝时期，道教由于门阀士族阶级的改造，经历了一番重大的变革，从早期的五斗米道，发展演变为完备成熟的宗教，从主要传播于民间的道团，上升为官方承认的正统宗教。
自东晋以来，佛、道两教兴盛，需要有大批的新的经典传播其教义。佛教的经典可以向印度求取，而道教只能改造前代的书籍以及供鉴佛教的经文。
东晋以后，新出的道经以《三皇经》《灵宝经》《上清经》这三组道经最为重要，即三洞真经。
《三皇经》在元朝被焚，现已失传。在《道藏》的《洞神八帝妙精经》中，保留了不少三皇经的道法。其中共有最上乘的92枚符咒，这些符文代表某些天神地祗、仙官天将、五岳四渎之君、魂魄邪精的隐讳姓字。
《五岳真形图》是一类似印章的图版，道士佩之，神群灵奉亲迎。
《灵宝经》是由葛氏家族传播的一组道经。其中《灵宝五符序》三卷收录于《道藏》中，内容为养生求仙，上卷为存思服气之术，中卷为服食草木药方，下卷为佩戴或吞服的符箓以及成仙之法。
以五行思想为基础，构造道教修炼方术，是东晋灵宝诸经共同的特点。灵宝派的两个显著特点是：注重斋戒科教，劝善度人。
这一派的形成，与南朝的陆静修、宋文明等道士有着密切的关系。
灵宝派的修炼方法主要是符箓科教，它注重斋仪，同时又受到上清派的影响，也讲思神、诵经，对金丹、房中之术甚为轻视。从其重视符箓科教方面来看，它比上清派更接近于旧天师道，故甚至有认为《灵宝经》系由张陵所造者。但实际上它和旧天师道那种搞画符念咒，以“驱鬼降魔”“祈福禳灾”的方式并不完全相同。
由于灵宝派既吸收了旧天师道能够吸引群众的某些思想和宗教活动形式，又剔除了那些反映农民群众愿望和要求的内容，在修持方法上也比上清派更简便易行，故能适合中上层人士的需求，发展很快。
上清派的开创人物魏华存、杨羲、许谧等，均系高门士族出身，有较高的文化修养，与封建统治的上层人物有着密切的联系，属于士族知识分子，有的本身即是封建王朝的官吏。
但东晋司马氏政权对江南士族始终抱有戒心，甚至持歧视态度，因此他们在政治上并不得意，于是他们便以老庄为精神寄托，并由此而信奉道教。他们加入道教，一是为了精神寄托；二是为了利用道教为封建统治服务。
因此，他们对原来民间道教反映下层群众的那些思想和科仪教戒感到不满，所以他们加入道教之后，便按自己的意志和爱好，对原来的旧天师道进行改造，使之适应士族贵族的需要。他们制造了《上清经》等许多经典。
在这些经典中，已经完全排除了早期道书中反映农民群众的愿望和要求的思想，在修炼方法上强调存思之法，着重个人修炼，因而为封建统治阶级所乐于接受和赞赏，这是他们不断壮大和发展的重要原因。
《上清经》的问世及传布，在道教内部开创了一个新的派别，即茅山上清派。陶弘景成为南朝上清派的代表人物。
在现存的《上清经》中，诸如金丹服食、导引行气、佩符投简、遁甲隐景、踏罡步斗、高奔日月、餐吸云霞、歌颂礼赞、召神伏魔、禁制虎狼等道术，应有尽有。
《大洞真经三十九章》《雌一玉检五老宝经》《太上素灵洞玄大有妙经》，被称为道者三奇。其内容以心中存想神至面前的存思之术最有特点，即存神炼形之术。现正统《道藏》洞真部所收录的《大洞玉经》，为南宋茅山传本。
东晋南宋前期著名的道士陆静修，为了适应当时门阀士族阶级的需要，对江南天师道组织进行整顿，并与神仙道教融合，成为南朝道教的一代宗师，也成为奉持三洞经典为特征的新道教的大师。
陆静修建立完善了道教斋醮仪式，创立了在道教史上有深远影响的道教典籍的分类方法，将道书分为三洞四辅共七大部类。三洞即洞真、洞玄、洞神，四辅即太玄、太平、太清、正一。
三洞四辅不仅是一种道书分类法，同时也包含着区分道经品级高低和排列道士阶级次序的意思。如修太清法仅能成仙，修灵宝者可以成真，修上清者可以成圣。
这一时期的道教著名人物，除了陆静修，还有陶弘景。
陶弘景（456~536）字通明，自号华阳隐居，谥贞白先生，丹阳秣陵，即江苏南京人，出身于江东名门丹阳陶氏。492年36岁时，辞去官职，退居句容之句曲山（茅山）修道。归隐以后，陶弘景仍“知时运之变，俯察人心，悯涂炭之苦。”
陶弘景和他的弟子在茅山经营数十年，从而使茅山成为上清派的中心，故后世也称上清派为“茅山宗”。他编写的《真诰》一书，记录茅山道教的传授历史，人数在百人以上。
上清派以存神服气为修行方法，辅以育经、修功德。上清派的重要经典《黄庭经》分内外两篇，全名《太上黄庭内景玉经》和《太上黄庭外景玉经》。《黄庭经》是茅山派的重要经典，也是后代全真道派的功课经。
《黄庭经》是前代修炼养生经验的总结，又为后世的内修提供了基本理论和方法，被称为“寿世长生之妙典”。《黄庭经》的经文都是七言韵文，主张“扶养性命守虚无，恬淡无为何思虑”，追求恬淡无为的修炼方式而达到长寿的目的。修炼关键是男藏精，女藏胎，认为人以精为本，以气为根，使人“完坚”不丧，滋补元气，则老而可壮。
其修炼方法就是调息和存神，其调息法，就是“太和阴阳气”能通过运行，上达黄，庭至丹田，再返归黄，庭神守之。其“存神”方法，融合古道经和医经的五脏有神的说法，存思诸神，就可以通灵达神，洞观自然，养神炼气，乘云飞仙。
由于学识和造就卓著，陶弘景得到朝野尊崇礼问。他开创了融合道佛的先例，采取佛道双修的态度。由他编写的《真诰》以轮回转生和地狱的说法，代替了“承负”和东岳主人魂魄的传统说法。
陶弘景还编订了道教的神仙谱系。陶弘景编订的第一部道教神仙谱系称《真灵位业图》，包括天神、地祗、人鬼和诸多仙真，大约3000名，以7个等级排列。其中央的上下次序是：元始天尊，玉晨元皇大道，太极金阙帝君，太上老君，九宫尚书，定录真君中茅君，丰都中茅君。
陶弘景对于养生学、医药学和炼丹术也有贡献，主要体现在他的《养性延命录》中，此书总结了东晋学者张湛对《养生集》《摄生论》《养生术》等著作编集整理的养生理论，保存从先秦到两晋的已佚著作达32种。其基本理论就是养神和炼形，养神就是要“游收虚静，息虑无为“，清心寡欲；炼形就是“饮食有节，起居有度。”
上清派的形成，标志着自葛洪以来，江南士族道教徒以神仙道教改造旧天师道团，创立官方化的正统道教的完成。
在东晋时期，道教与佛教、儒教三教鼎立，为了扩大各自的社会影响，争夺作为正宗思想文化的地位，儒、道与佛教之间的矛盾斗争愈加激化，三方展开了唇枪舌剑的辩论。
尽管这样，三方又总是能够彼此调和。其原因在于三者都可以为封建士大夫所接受，能够被士大夫们兼容并举。东晋南北朝的道教变革，从葛洪到陶弘景，基本上告一段落。道教经过这一时期的改造，已经有了较为完备的教义理论和经典文献，建立完善了自身的科戒仪式和相对统一的教会组织，丰富了修炼方术，形成了独特的神仙信仰体系，并扩大了在统治阶级和普通民众中的影响，完成了从民间宗教向官方正统宗教的演变过程。
西晋以后，在少数民族统治的十六国北朝境内，也出现了道教改造旧天师道的事件，形成了寇谦之新天师道和楼观道派。
在北方十六国，像张忠、王嘉以清虚守志，修道养生为宗旨，隐居山林，招合徒众的松散道教集团很多。这对于寇谦之改革天师道的影响很大。
寇谦之以著作《老君音诵诫经》，宣布革除旧五斗米道的一些落后的道法。他以儒家礼法来清整道教组织，反对滥传房中术及反对乱传服食仙方，而特别强调要以斋功为养生求仙之本。
寇谦之又著有《录图真经》。这部书不仅是一部改革道教的经典，也是一部图谶式的神书。在完成了道教改革之后，寇谦之准备下山，投奔封建统治者，实现佐国扶命，为帝王师的愿望。
由于天师道经过变革后，适合了鲜卑统治者与汉族门阀地主的需要。加之寇谦之善于钻营，与地位显赫的贵族崔浩得到宠信，最终使道教得到了官方的正式承认和支持，在北魏大兴起来。
北魏初期，佛教与道教同时发展壮大。由于北魏太武帝即位之初，听信寇谦之与崔浩之言，又加之随着北魏统一战争的进展，新征服的关中都是佛教兴盛之地，僧侣地主交通官府，妨碍国家政令统一，甚至有参与叛乱的可能，这些都成了太武帝决心镇压佛教势力的原因。
444年正月，太武帝诏令灭佛，杀尽佛门弟子。同年九月发生了诛杀高僧玄高事件。后由于崔浩失政被诛杀，寇谦之死去。至548年，北魏分裂后，道教与佛教在论较中失败。北齐政权诛灭道教，提倡佛教，从此新天师道团消亡了。
在隋唐时期流行的道教宗派，主要是南方的上清派及北朝后期兴起于关中的楼观道。楼观道以陕西终南山下的楼观为中心，传播于关中地区。
在北魏孝文帝时，以梁谌、王嘉、王道义、陈宝炽、李顺兴等为代表，正式形成楼观派。此派受到南方上清派的影响颇深。在其兴盛发展过程中，陈宝炽、韦节、王延、严达等著名道士起到了重要作用。
在唐朝时期，楼观道成为与上清派拥有同样待遇的御用道教流派，具有融合南北方特点的道教，在学术上形成了注重实用而不尚义理辨析的特点。
楼观派虽然受到南方上清派的影响较深，但在神话老子方面，却继承了北方天师道的传统。在佛教、儒教、道教三者的关系上，辩论空前激烈。
虽然经历了道教被废除，但是，道教在这一时期，基本上奠定了成为封建上层建筑与思想文化的重要组成部分。
魏华存 晋代女道士，上清派所尊第一代太师。字贤安，道士称她紫虚元君南岳魏夫人。
杨羲 东晋时吴人，后居句容，字羲和。上清派创始人之一。
许谧 东晋时丹阳句容人。一名穆，字思玄。梁高祖为其别立祠真馆，本宅立为宗阳观，后改名紫阳观。道教中尊其为上清真人，上清派第三代宗师。
元始天尊 又名“玉清元始天尊”。在“三清”之中位为最尊，也是道教神仙中的第一位尊神。《历代神仙通鉴》称他为“主持天界之祖”。
太上老君 字伯阳，谥曰聃，春秋时楚国苦县人。曾任周朝守藏室之史。主无为之说，后世以为道家始祖。
张湛 东晋学者、养生学家。字处度。山东金乡人。仕至中书侍郎、光禄勋。撰有《养生要集》《列子注》《冲虚至德真经注》等。