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佛教在发展到一定的阶段后，开始了分化，从此佛教的种子才真正开始在各地生根发芽，不断地吸取新的营养成分，成为一个有系统、有分支的大宗教。
佛灭以后，佛教界的第二件大事，是毗舍离的七百结集。这次结集发生在王舍城结集后100年左右，此次结集的原因是毗舍离的僧侣违犯了原定的戒律，其中特别是出现了向人乞钱的事，于是又重新就戒律进行结集，确定了“十非法事”。此次结集称为毗舍离结集或700人结集，又由于参加此次结集的多为佛教长老，故又称为上座部结集。
对于上座部的决定，毗舍离的僧侣不服，于是另召集约有万人参加的会议，并决定上述“十非法事”为合法。由于参加这一结集的人数很多，因而被称为大众部结集。这是佛教内部部派分裂的开始，此后，派别日益增多，从而佛教教义、学说和戒律也因部派之不同而有许多歧异和变化。
盐姜允许储下供日后使用；比丘原定正午前进食，但如果中午太阳的影子过两个指头时进食还可算正午食；吃完了，还可再坐就食；食后，还可到附近村落再吃；不到时候，也能吃酥油、蜜、糖和奶酪；比丘在有病时，可吃一些经发酵的酒；比丘坐具可随意大小；出家前所习的东西在出家以后仍可学习；僧团有事需要大家商量，但有些场合，可先作，事后再求承诺；可以受蓄金银财物。
与南传佛教认为佛教分裂的原因在于“十非法事”不同，北传佛教认为僧团的根本分裂是由佛灭后100年左右大天提出的五事引起的。
五事指的是：阿罗汉仍不能摆脱情欲，在梦中会因魔女的引诱而遗精；阿罗汉仍会不知道自己修行已达到的果位；阿罗汉对教理仍有疑惑不解之处，阿罗汉的修行仍需他人指点；阿罗汉仍有痛苦的感觉，通过发出“苦哉”之声来帮助自己实现解脱。
大天将五事编为一偈：“馀所诱无知，犹豫他令入，道因声故起，是名真佛教。”并在布萨日当众唱诵，从而引起争论。赞成大天的主张的，即为大众部；与之相对立的，即为上座部。大天因而成了大众部的创始人。此为根本分裂。
在佛陀逝世的100年后，佛教内部由于对戒律和教义看法的不同，开始分裂。先后形成了许多部派。最初分裂为大众部和上座部，这被称为根本二部，以后又从两个根本部中分裂为十八部或二十部，称为枝末部派。
上座部后来又分为根本上座部和说一切有部。前者流传于雪山即喜马拉雅山麓，后者流传于克什米尔地区。
说一切有部后来分出犊子部，犊子部又分出正量等4部，继又分出化地部、经量部等共11部，说一切有部的基本特征是重视三藏中的论藏，也就是着重对佛教理论问题的阐述。
1世纪时，曾举行大规模的结集，编纂了《大毗婆沙论》、《发智论》和六足论等庞大的论书。
经量部约成立于3世纪未，是最晚从说一切有部分出来的。部派佛教后来向大乘发展，从大众部向中观派即空宗发展，从上座部向经量部发展，进而向瑜伽行派即有宗发展。
随着1世纪前后马鸣、龙树等大乘法师的出世和提倡，大乘佛法兴起成为了印度佛教的主流。大乘佛教进一步阐述了空、中道、实相、六度、菩萨道、多佛、三乘分别和一心本净、众生平等的思想，是在小乘思想基础上的进一步提升。
在大乘思想的基础上，后来逐渐形成了大乘两个主要思想派别：中观派和瑜枷行派。
中观派大概在1世纪左右形成，创始人是龙树菩萨，经堤婆、罗睺罗跋陀罗传至佛护和清辨时，因对中观的理论有不同的解释，分为自续派和应成派。
另一派的瑜伽行派因强调瑜伽的修行方法并以瑜伽行总括全部佛教教义而得名，该派思想的奠基人是无著和世亲，主要依据经论是《解深密经》和《瑜伽地论》、《唯识二十论》、《成唯识论》等论著。
6世纪至7世纪，印度教在当时的社会和文化生活中逐渐取得了占优势的地位。佛教在这种社会潮流影响下开始吸收印度教和民间信仰而逐步密教化，在南印度和德干高原以及东印度出现了金刚乘和易行乘等。
前一个时期的显教中观派和瑜伽行派逐渐融合起来作为密教的世界观而继续存在。其主要经典为《大日经》、《金刚顶经》、《密集经》、《喜金刚经》等。
8世纪至9世纪以后，由于印度教的兴盛，佛教僧团日益衰败，内部派系纷争不已，从而日趋式微。后来又由于伊斯兰教的大规模传播，重要寺院被毁，僧徒星散，至13世纪初，终于一蹶不振趋于消亡。
贵霜王朝时，迦腻色迦王对佛教的贡献相当大，他鼎力护持佛教，促成第四次的经典结集，佛法广为流传。佛教艺术的兴盛，深深影响后代佛教艺术创作的风格。
迦腻色迦王死后，嫉妒和排斥佛教的土邦龙族借机大肆杀害佛教徒，甘陀罗提婆婆罗门也镇压佛教，毁坏佛法。印度佛教再一次受到巨大的灾难。
笈多王朝时期，国王大多信仰婆罗门教，对佛教采取冷淡的态度。北方的摩醯逻矩罗王对佛教尤为仇视，迦湿弥罗一带遭受毁坏的塔寺，据说有1600所，所到之处，佛教无不受到侵凌，历史上将他与弗沙蜜多罗王并称。他对佛教的伤害，由此可见。
戒日王朝羯罗伐弹那王在位时，东印度有一土邦金耳国，国势渐强。国王迦王设赏破坏佛教，到处肆虐，坏寺、破僧，甚至砍伐佛陀在菩提伽耶成道的菩提树，就是佛涅槃处的拘尸那城也难逃一劫，寺院被焚，僧众遭害。
一时，教难遍及恒河两岸，法命如丝，危在旦夕。幸有戒日王受玄奘大师的感化，归依佛教，崇敬三宝。当时，戒日王向观世音菩萨祈祷，一举战胜设赏迦王，挽救了佛教的生命。