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分类是学科发展水平的重要标志之一，方剂分类方法也是随着方剂学科的发展而不断发展完善的。纵观历代方剂文献，有以病证为纲分类者，有以病因为纲分类者，有以脏腑为纲分类者，有以组成为纲分类者，有以治法（功能）为纲分类者，现代亦有仅为查索之便而以方名汉字笔画为纲分类者。
病证分类首见于《五十二病方》。该书记载了52类病证，涉及内、外、妇、儿、五官等科。汉代张仲景《伤寒论》与《金匮要略》、唐代王焘《外台秘要》、宋代王怀隐等《太平圣惠方》、明代朱
《普济方》、清代吴谦《医宗金鉴》等，均属按病证分类方剂之作，便于临床以病索方。
脏腑分类亦系病证分类之属，只是首列脏腑，下分病证，如唐代孙思邈《备急千金要方》、清代巨著《古今图书集成医部全录》中的“脏腑身形”等。
病因分类亦属病证分类，是以病因为纲，分列诸证诸方。如宋代陈言《三因极一病证方论》中有中风、中寒、中湿等，清代张璐《张氏医通》中有伤寒、伤暑、伤湿、伤燥、伤火、伤饮食、劳倦等，皆属此类。
组成分类可追溯到《黄帝内经》。《素问•至真要大论》载“君一臣二，制之小也。君一臣三佐五，制之中也。君一臣三佐九，制之大也”“君一臣二，奇之制也。君二臣四，偶之制也。君二臣三，奇之制也。君二臣六，偶之制也”“奇之不去则偶之，是谓重方”。其后，金代成无己在《伤寒明理药方论·序》中说：“制方之用，大、小、缓、急、奇、偶、复七方是也。”首次明确提出“七方”概念，并将《黄帝内经》的“重”改为“复”。后世引申“七方”为最早的方剂分类法，但迄今仍未见到按此分类的方书。“七方”的实质是以病邪的轻重、病位的上下、病势的缓急、病体的强弱作为制方的依据。所谓大方，是指药味多或用量大，用治邪气方盛的重剂；小方，是指药味少或用量小，用治病浅邪微的轻剂；缓方，是指药性缓和，用治病势缓慢且需长期服用的方剂；急方，是指药性峻猛，用治病势急重且取效迅速的方剂；奇方，是指单数药味组成的方剂；偶方，是指由双数药味组成的方剂；复方，是指两方或数方组合的方剂。
明代施沛《祖剂》为确切以组成分类者。该书“首冠《素》《灵》二方，次载伊尹汤液一方以为宗，而后悉以仲景之方为祖，其《局方》二陈、四物、四君子等汤，以类附焉。”其共载历代名方788首，其中主方70余首，附方700余首。其后，清·张璐《张氏医通》中编著“祖方”一卷，选古方36首为主，附衍化方391首。
治法分类也称功用分类，始于北齐·徐之才《药对》，但原书已佚。据《本草纲目•序例》记载：“徐之才曰：药有宣、通、补、泄、轻、重、涩、滑、燥、湿十种。”并于“宣可去壅”“通可去滞”“补可去弱”“泄可去闭”“轻可去实”“重可去怯”“滑可去著”“涩可去脱”“燥可去湿”“湿可去枯”之下，各举数药为例。宋代赵佶《圣济经》于每种之后加一“剂”字，如《圣济经·审剂篇》云：“故郁而不散为壅，以宣剂散之。”金代成无己在《伤寒明理药方论》中云：“制方之体，宣、通、补、泻、轻、重、涩、滑、燥、湿，十剂是也。”至此，方书中始用“十剂”之名。后世各家有所增益，如宋代寇宗奭《本草衍义》又加入寒、热之剂；明代缪仲淳增加升、降二剂，明代徐思鹤的《医家全书》在原十剂基础上，又增加调、和、解、利、寒、温、暑、火、平、夺、安、缓、淡、清而成“二十四剂”。然而，除清代陈修园《时方歌括》按照宣、通、补、泻、轻、重、燥、湿、涩、滑、寒、热将该书收载的108首方分为“十二剂”以外，鲜有按此法分类者。明代张介宾鉴于“古方之散列于诸家者，既多且杂，或互见于各门，或彼此之重复”，提出将方剂“类为八阵，曰补、和、攻、散、寒、热、固、因”。《景岳全书·新方八略引》释曰“补方之制，补其虚也”“和方之制，和其不和者也”“攻方之制，攻其实也”“用散者，散表证也”“寒方之制，为清火也，为除热也”“热方之制，为除寒也”“固方之制，固其泄也”“因方之制，因其可因者也。凡病有相同者，皆按证而用之，是谓因方”。该书共选1516首古方，自制186首新方，按照“八阵”进行分类，分别称之为“古方八阵”和“新方八阵”。“八阵”之外，复列有妇人、小儿、痘疹、外科诸方，以便临证应用。清代汪昂著《医方集解》开创了新的功能分类法，即以治法分类为主，兼顾临床科目。该书选正方三百有奇，附方之数过之，分为补养、发表、涌吐、攻里、表里、和解、理气、理血、祛风、祛寒、清暑、利湿、润燥、泻火、除痰、消导、收涩、杀虫、明目、痈疡、经产及救急良方共22剂。此分类法概念比较明确，切合临床实际需要，故清代吴仪洛《成方切用》、张秉成《成方便读》等均仿其法而有所增改。
现代大型方剂辞书等仅为查索之便，以方名汉字笔画分类。其中，《中医方剂大辞典》将古今96592首方剂按名称字首的笔画数，依次排列诸方。这种分类方法便于查阅，利于鉴别同名异方。
本教材遵循以法统方原则，采用治法分类方剂，将下篇所辑之方分为解表剂、泻下剂、和解剂、清热剂、温里剂、补益剂、固涩剂、安神剂、开窍剂、理气剂、理血剂、治风剂、治燥剂、祛湿剂、祛痰剂、消食剂，共计16章。每章分若干小节，使之纲目清晰，便于学习和掌握。