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医学理论源于生活、生产和医学的实践，人类在长期同自然界和疾病作斗争的生存竞争中，逐渐积累了大量的医药学实践经验，随着哲学、文化、科技的不断进步，这些感性的医药学经验不断上升为理性的认识，逐步形成系统的理论，而理论又在医疗实践中不断得到验证和完善，中医学就是这样不断积累和提升中逐步形成并发展起来。
中医学是以中医药理论为指导，研究人的生命、健康及疾病的预防、诊断、治疗、康复的医学科学。中医学有着独特的医学理论体系、丰富的临床实践经验和科学的思维方法，是以自然科学知识为主体、与人文社会科学知识相融合的科学知识体系。
任何学科的发展，都离不开哲学思想的指导，中医学正是在中国古代哲学思想指导下，以精气、阴阳、五行学说来阐述人体的生理病理现象，说明生命的规律，构建了独特的医学理论与实践体系。中医学的研究对象是人，人是自然的产物，生命活动具有生物学的基本特征；另一方面，人不仅是自然人，同时还是社会人，人不可能脱离社会而存在，社会的变化可能影响人的生理病理和心理过程。因此，中医学不仅具有自然科学的属性，也具有社会科学的属性。除了古代哲学思想外，中医学还融会了当时先进的天文学、气象学、地理学、物候学、农学、生物学、矿物学、植物学、军事学、数学以及酿酒技术、冶炼技术等多学科的知识，是多学科交互渗透的产物，是同时代先进科学技术在医学领域的集大成。由此可见，中医学属于自然科学范畴，是与我国传统的人文社会科学有着密切的内在联系的学科，属于东方传统医学。
中医学理论体系，是由中医学的基本概念、基本原理，以及按照中医学的逻辑演绎程序，从基本原理推导出来的科学结论，即科学规律而构成的完整的科学理论体系。中医学受中国古代的唯物观和辩证观深刻影响，系统总结了中国古代长期的医疗实践经验所形成，是以整体观念为主导思想，以精气、阴阳、五行学说为哲学基础和思维方法，以脏腑经络、精气血津液及体质特征为生理病理学基础，以辨证论治为诊治特点，包括理、法、方、药在内的独特的医学理论体系。
中医学理论体系形成于春秋战国至两汉时期。《黄帝内经》《难经》《伤寒杂病论》《神农本草经》等医学专著的成书，标志着中医学理论体系的初步形成。
1.中医学理论体系形成的条件 春秋战国时期，社会急剧变化，政治、经济、文化、科学技术都有显著的发展，为中医学理论体系的形成提供了有利的条件和基础。主要有以下几个方面：
（1）医疗实践的长期积累 人类自有生产活动以来，就开始了医疗实践活动。根据甲骨文的记载，在公元前21世纪，人们对于疾病的病名有了认识，如有疾首、疾耳、疾目等，并根据部位的不同分为16种，具有近代医学疾病分科诊治的特征。殷商时期，人们不仅发明了酒及汤药，还应用“毒药”治病，西周时期，对于疾病的认识更加深刻，为部分疾病确立了专门的病名。春秋时期，针灸和药物已是医生最常用的治疗方法。战国时期，扁鹊等专业医生的出现，加速了对医学知识的积累，为中医学理论体系的形成奠定了丰富的实践基础。
（2）传统文化的深刻影响 从春秋战国到秦汉时期，中国传统文化极大发展，呈现出“诸子峰起，百家争鸣”的繁荣景象，形成了儒家、道家、墨家、法家、阴阳家、兵家等众多学术流派，从而为中医学理论体系的形成奠定了文化基础。如道家倡导的顺应自然、返朴归真的思想，对中医养生学产生深刻的影响；儒家提倡的自强不息、仁义精诚的思想，对医生的修身及医德的形成有较大影响；兵家提出修道保法、谋略多变等用兵之道，对中医学治疗原则和方法的建立具有一定影响。尤其是当时推崇的元气论和阴阳、五行学说等哲学思想，对世界的本原和事物运动的普遍规律作了深刻的揭示，构建了中医学理论体系的唯物主义的生命观和中医学理论体系的基本框架，使散在、零碎的医疗经验逐步条理化和系统化，形成较为完整的中医学理论体系。
（3）自然科学的相互渗透 战国时期随着生产水平的提高，天文、历算、物候、农学、植物学、矿物学以及冶炼、酿造技术也有诸多创新，这些先进的科学技术对中医学产生深刻影响，如天文学知识和中医学的天人相应的整体医学模式的形成，气象学、地理学的相关知识融入了中医学的病因学说及治则理论，农学知识促进了中医药物学的产生和发展等等。可见，古代自然科学知识对中医学的高度渗透，为中医学理论体系的形成奠定了科学基础。
2.中医学理论体系形成的标志 先秦两汉时期相继出现的《黄帝内经》《难经》《伤寒杂病论》《神农本草经》等医学经典著作，分别从中医基础理论、临床辨证、治则治法，以及药物学等方面，为医学理论体系的发展奠定了坚实的基础。
（1）《黄帝内经》 该书是我国现存医学文献中最早的一部经典著作，是中医理论体系形成的标志。成书年代，一般认为从战国开始，可能至汉代才完成。该书非一人一时所作，集战国及秦汉时期的医疗理论和实践经验编纂而成，冠名“黄帝”，托名取重。全书可分为《素问》《灵枢》两部分，共收集论文162篇，系统地阐述了人体的结构、生理、病理，以及对疾病的诊断、治疗和养生等问题。其主要内容包括阴阳、五行、藏象、经络、体质、病因、病机、诊法、治则及针灸和汤液等，其中许多内容已大大超越了当时的世界医学水平。在形态学方面，关于人体骨骼、血脉的长度、内脏器官的大小和容量等的记载，基本符合实际解剖情况；在生理学方面，提出“诸血者，皆属于心”“心主身之血脉”，已认识到血液在体内“流行不止，环周不休”，心是血液运行的中心环节。在阐述医学理论的同时，对哲学领域中一系列重大问题，诸如气的概念、天人关系、形神关系等进行了深入的探讨，丰富和发展了哲学理论。《黄帝内经》确立了中医学独特的理论体系，成为中国医药学发展的基础，对后世中医学的发展产生着重大而深远的影响。
（2）《难经》 全书共有81个问答，故又称《黄帝八十一难经》。相传系秦越人所作。该书用问答的方式，阐述了人体的结构、生理、病因、病机、诊断、治则和治法等，并对三焦和命门学说、奇经八脉理论、虚则补其母、实则泻其子等治疗原则有所创见，在脉诊和针灸治疗等方面也有重大发展，补充了《黄帝内经》之不足，承前启后，对指导临床诊疗实践具有重要的作用。
（3）《伤寒杂病论》 为东汉末年著名医家张机（字仲景）所著，张仲景继承前人的医学成就，并结合自己的临证经验，写成了我国第一部成功运用辨证论治的专著。该书提出对外感疾病用六经辨证，对内伤杂病用脏腑辨证，从而确立了中医临床医学的辨证论治体系和理、法、方、药的运用原则，为后世临床医学的发展，奠定了良好的基础。该书经晋代医家王叔和编纂整理，分为《伤寒论》与《金匮要略》两书。
（4）《神农本草经》 成书于汉代，托名神农所著，为我国第一部药物学专著，书中收载药品365种，系统地总结了汉代及汉以前的药物学理论知识。该书根据养生、治疗和有毒无毒，将药物分为上、中、下三品，根据功效分为寒、凉、温、热四性，以及酸、苦、甘、辛、咸五味，并提出单行、相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀的“七情和合”等药物配伍理论，为后世中药学理论体系的形成和发展奠定了基础。
总之，在这一段时期，中医学在人体的生理、病因病机、诊法、辨证、治则治法、中药方剂等方面都有了相对完整的理论体系，为后世临床医学的发展奠定了良好的基础。
随着社会的发展和科学技术的进步，特别是医学理论不断创新，治疗技术不断提高，中医学在汉代以后进入了全面发展时期。具体可分为四个时期。
1.魏晋隋唐时期（220 — 960年） 这一时期的特点是丰富的临床医疗实践经验使中医学理论体系得到充实和系统化，出现一批专科性著作，特别是在经络理论、脉学理论和病机学说均有了较大的发展。
晋·皇甫谧编撰的《针灸甲乙经》，是我国现存最早的针灸学专著。该书对经络学说进行了深入的探讨，系统地论述了藏象、经络、腧穴、标本、九针、刺法、诊法、病证、治法等内容，建立并完善了经络、腧穴和针灸治疗的理论和方法，对后世针灸学的发展产生了重要影响。
晋·王叔和编撰的《脉经》，是我国现存最早的脉学专著。该书首次从理论到临床对中医脉学进行了全面的研究；提倡“寸口诊法”，明确了寸、关、尺三部脉位分候脏腑；描绘了浮、芤、洪、滑、数、促、弦、紧等24种病脉的脉象形态及其所主病证，从而奠定了脉学理论与方法的系统化和规范化基础。
隋·巢元方所著《诸病源候论》，是我国第一部论述病因病机与证候学的专著。该书详细地论述了内、外、妇、儿、五官、皮肤等诸科病证的病因、病机和症状，尤重于病源的研究，对后世病因病机学的发展有很大影响。
唐·孙思邈编撰的《备急千金要方》和《千金翼方》，堪称我国第一部医学百科全书。该书详述了唐以前的医学理论、方剂、诊法、治法、食养等，代表了盛唐医学的先进水平和成就；他提出的医生在医德方面的要求和所要达到的境界，可谓开中国医学伦理学之先河。
2.宋金元时期（960 — 1368年） 这一时期的特点是医学发展迅速，且流派纷呈，建树较多，对后世医学的发展影响很大。许多医家在继承前人已有成就的基础上结合自己的实践经验，有所创新，提出了许多独到的见解，从而使中医学术有了新的突破。
宋·钱乙著《小儿药证直诀》，详细论述了小儿生理、病理特点，开创脏腑证治之先河，对后世影响较大。宋·陈无择著《三因极一病证方论》，简称《三因方》。该书提出了著名的“三因学说”，将病因归纳为三大类：外感六淫为外因，七情内伤为内因，而饮食饥饱、呼叫伤气、虫兽所伤、中毒金疮、跌损压溺伤等为不内外因。陈无择的“三因学说”是对宋代以前病因理论的总结，对其后病因学的发展产生极为深远的影响。
在金元时期，产生了最具盛名的以刘完素、张从正、李杲、朱震亨为代表的四大医家，对中医学理论的发展做出了重要贡献，后人尊称为“金元四大家”。刘完素（字守真，后人尊称刘河间），创河间学派，倡导火热论。他受运气学说的影响，强调“六气皆从火化”“五志过极皆能生火”，因而对火热病机多有阐发，治病多用寒凉药，后世称为“主火派”“寒凉派”。代表作有《素问玄机原病式》《素问病机气宜保命集》等。张从正（字子和，号戴人），主张“六气”致病，病由邪生，“邪去则正安”，因而倡导以汗、吐、下三法攻邪而祛病，被称为“攻邪派”。代表作为《儒门事亲》。李杲（字明之，后人尊称李东垣），师从易水学派的创始人张元素（字洁古），在《黄帝内经》“以胃气为本”的理论指导下，继承并发展了张元素重视脾胃的学术思想，提出“内伤脾胃，百病由生”之论点，善用温补脾胃之法，后世称为“补土派”。代表作有《脾胃论》《内外伤辨惑论》等。朱震亨（字彦修，号丹溪翁），传河间之学，创造性地阐明了相火的常变规律。他最著名的学术思想是倡导“相火论”，谓“阳常有余，阴常不足”，主张滋阴降火，对“相火”学说多有发挥，后世称为“养阴派”。代表作为《格致余论》。另外，他还集河间、东垣与从正之学，善治杂病，创见颇多。他提出“郁症”，认为气血流畅，则百病不生，一有郁滞，则诸病生焉，故治当解郁。他还认为“痰”是重要的致病因素，提出“百病中多有兼痰者”之说，因而治当化痰。金元四大家师古而不泥古，在继承前人的基础上各有创见，从不同角度丰富和发展了中医学理论。
3.明清时期（1368 — 1911年） 这一时期是中医学术发展的重要时期，一是整理已有的的医学成就和临证经验，编撰了门类繁多的医学全书、类书、丛书及经典医籍的注释等；二是在医学理论和方法上出现了具有重大意义的创新和发明。
这一时期集大成的著作颇多，如明·楼英著《医学纲目》和明·王肯堂著《证治准绳》，论述了中医基础理论及临床各科证治；明·李时珍著《本草纲目》，是一部举世闻名的药物学巨著；清代组织编写的《医宗金鉴》《四库全书·子部》等综合性医学著作，进一步完善了中医学理论体系；尤其是清·陈梦雷主编的《古今图书集成·医部全录》对中医历代的论述，举其要者，按书目罗列，条理清晰，为后世学习中医者提供方便。
明代命门学说的产生，为中医学的藏象理论增添了新的内容。这一学说认为命门寓有阴阳水火，为脏腑阴阳之根本，是调控全身阴阳的枢纽，强调温补肾阳和滋养肾阴在养生、防病中的重要意义。命门学说对中医学理论和临床各科的发展产生了较大影响，尤其对养生防病以及慢性疾病和老年病的康复治疗有重要的指导意义。如明·张介宾认为“阳非有余”“真阴不足”，主张补养肾阳与肾阴。明·赵献可认为命门为人身之主，强调“命门之火”在养生防病中的重要意义。明·李中梓提出了“肾为先天之本，脾为后天之本”等见解，主张治疗疾病当固先后天之本。清·王清任著《医林改错》，注重实证研究，纠正了古医籍中某些解剖知识错误，并发展了瘀血理论及血瘀病证的治疗方法。上述医家为中医学理论特别是藏象学说的发展做出了新的贡献，对临床各科的发展产生了较大影响，至今仍有重要的指导意义。
温病学说的形成和发展标志着中医学理论的创新与突破。温病学说起源于《黄帝内经》《难经》及《伤寒论》，后经历代医家的不断补充和发展，至明清臻于成熟。明·吴有性著《温疫论》，阐述了温（瘟）疫和温病的病因、病邪入侵途径，创立了“戾气”学说，认为“瘟疫”的病因“非风，非寒，非暑，非湿，乃天地间别有一种异气所感”，“瘟疫”的传染途径是从口鼻而入，并提出了治疗见解，为温病学说的形成奠定了基础。清·叶桂著《外感温热论》，创立了卫气营血理论的辨证纲领，对温病学的发展起着承前启后的作用；清·薛雪著《湿热病篇》，提出“湿热之病，不独与伤寒不同，且与温病大异”的独到见解；清·吴瑭著《温病条辨》，创立了三焦辨证，并发展了三焦湿热病机和临床湿温病辨证规律；清·王世雄著《温热经纬》等，系统地总结了明、清时期有关外感传染性热病的发病规律，突破了“温病不越伤寒”的传统观念，创立了以卫气营血和三焦为核心的温热病辨证论治法则，从而使温热病学在病因、病机及辨证论治等方面形成了较为完整的理论体系。
4.近代和现代（1840年以后） 鸦片战争以后，西方文化和科技传入中国，中西文化出现了大碰撞，传统中医面临着巨大挑战，中医学理论的发展呈现出新旧并存的趋势：一是中西医两种医学体系的长期论争，产生了中西医汇通和中医科学化的思潮，出现了唐宗海、朱沛文、恽铁樵、张锡纯等具有近代科学思想的人物，提倡既要坚持中医学之所长，又提倡要学习西医学先进之处，试图将中西医学术加以汇通，从理论到临床提出了一些汇通中西医的见解，如唐宗海著《中西汇通医经精义》、张锡纯所著的《医学衷中参西录》，即是中西汇通的代表作。二是继续收集和整理前人的学术成果，如上世纪30年代，曹炳章主编的《中国医学大成》，即是一部集128种从魏、晋至明、清历代重要中医学著作汇编而成，堪称一部集古今中医学大成的巨著。
中华人民共和国成立以后，政府制订了中医政策，强调“中西并重”，并将“发展现代医药和传统医药”“实现中医现代化”正式载入宪法。中医药事业蓬勃发展，无论在中医理论的发掘、整理、继承方面，还是在应用现代科学技术研究中医学理论方面，都取得了较大进展，临床诊治水平也显著提高。主要表现在：一是发挥中医学的优势和特色，加强中医学理论体系的传承与创新；大力发展中医药教育，通过多模式、多途径培养中医药人才；二是积极倡导中西医结合，合理吸收、采纳现代医学的研究成果；三是提倡用现代多学科方法研究中医，并在诸多方面取得较大进展。随着生命科学的发展，中医学正在与生物信息、细胞分子、基因组及蛋白组学等前沿学科有机衔接，进一步揭示生命的本质，为人类健康事业不断地作出新的贡献。