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中医学是在古代的唯物论和辩证法思想指导下，从“天人相应”的整体角度观察生命、健康、疾病问题；在临床诊治疾病的过程中，通过四诊收集临床资料，探求病因病机，以确立治则治法，这种辨证思维的过程就是辨证论治。因此，中医学理论体系有两个基本特点：一是整体观念，二是辨证论治。
所谓整体，即完整性和统一性，是指事物是一个整体，事物内部是相互联系密不可分的，事物和事物之间是密切联系的。
整体观念是中医学认识自身以及人与环境联系性和统一性的学术思想。整体观念主要体现在两个方面：一是人体是一个有机整体；二是人与自然、社会环境存在统一性。这种整体观念贯穿于中医学的生理、病理、诊断、辨证、养生、防治等各个方面，在中医学基础理论和临床实践上发挥着重要的指导作用。
中医学认为，人是由若干脏腑、形体、官窍构成的有机整体，在生理功能上相互协调，在病理上相互影响，因此，诊断和治疗疾病时也必须从整体出发来考虑问题。
1.生理的整体性 从生理而言，人体是一个有机整体主要体现在两个方面：一是结构和功能上的“五脏一体观”；二是精神和形体上的“形神一体观”。
中医学认为，人体是一个以心为主宰，以五脏为中心的有机整体。人体是由五脏（心、肝、脾、肺、肾）、六腑（胆、胃、小肠、大肠、膀胱、三焦）、形体（皮、脉、肉、筋、骨），官窍（目、舌、口、鼻、耳、前阴、后阴）构成。以五脏为中心，配合相关的六腑、形体、官窍，通过经络系统“内属于脏腑，外络于肢节”的连接作用，构成了心、肝、脾、肺、肾五个生理系统，亦称为“五脏系统。”这五大系统各有不同的生理功能，但相互联系，协调合作，共同完成人体的生理活动过程。同时，脏腑的功能活动要依赖精、气、血、津液的营养和支持，这些都是构成人体及维持人体生命活动的基本物质，而精、气、血、津液的生成、运行和输布等，又要依赖有关脏腑的功能活动。这种以五脏为中心的结构与功能相统一的整体性，称为“五脏一体观。”人体的正常生理活动，一方面需要各个脏腑能发挥正常的生理作用，另一方面还需要脏腑之间能相辅相成或相反相成，维持其生理活动的协调平衡。如脾系统中，脾与胃相表里，脾在体合肉，主四肢，开窍于口，其华在唇。脾在五行属土，肺在五行属金，肝在五行属木。在生理关系上，脾土可以生肺金，肝木则可以疏脾土。其他脏腑亦是如此。又如人体对于水液的吸收、输布和排泄，亦是通过脾、肺、肾、肝、胃、三焦、小肠、大肠等脏腑的分工合作、相互协调来完成的。由于人体各脏腑之间的关系极为复杂，中医学借助于阴阳学说，宏观地来说明各脏腑之间相互制约、消长和转化所维持的相对的动态平衡，用五行学说来说明脏腑之间生中有克、克中有生的关系，对于维持机体相辅相成、制约调控的整体关系有重要意义。这种动态平衡观、制约调控观不仅对中医生理学的发展有重要意义，且对现代生理学之发展，亦将有开阔思路的启迪意义。
中医学还强调在生命活动过程中“形神一体观”的观点。形，指人体形体，广义的形体包括构成人体的脏腑、经络、五体和官窍的形体结构及精、气、血、津液等生命物质；狭义的形体是指皮、脉、肉、筋、骨。神，广义的神是指整个人体生命活动；狭义的神是指精神、意识、思维活动。“形神一体观”指的是具有物质结构特征的形体和包括精神意识思维活动在内的人体生命活动特征的神的统一性。“形”是“神”进行功能活动的物质基础，“神”具有能统驭“形”的作用。“形神一体观”强调物质和精神的一体、结构和功能的一体，二者相互依存，不可分离，是生命的保证。无“神”则“形”无以存，无“形”则“神”无以生，只有“形神一体”，相辅相成，生命活动才能旺盛。
2.病理的整体性 中医学不仅从整体上探讨人体的生理活动的基本规律，而且在分析疾病的发生、发展和变化规律时，也从整体出发去分析局部病变的整体反应，把局部与整体统一起来，既重视局部病变与其相关内在脏腑之联系，更强调该病变与其他脏腑之间的相互影响。如肝的疏泄功能失常时，不仅肝脏本身出现病变，而且常影响到脾的运化功能，而出现脘腹胀满、不思饮食、腹痛腹泻等症，也可影响肺气的宣发肃降而见喘咳，还可影响心神而见烦躁不安或抑郁不乐，影响心血的运行而见胸部疼痛。所以，中医学的病理整体观，主要体现在脏与脏、腑与腑、脏与腑、脏腑与形体官窍之间疾病的相互影响和相互传变。
由于人体又是形神统一的整体，生理上形神一体，在病理上也是相互影响的。形体的病变，包括精、气、血、津液的病变，可引起神的失常，而精神情志的失常，也能损伤形体而出现精、气、血、津液的病变。
3.诊断的整体性 中医诊察疾病，其主要理论根据是“有诸内，必形诸外”（《孟子·告子下》）。《灵枢·本藏》所说：“视其外应，以知其内脏，则知所病矣。”由于机体各脏腑、组织、器官在生理、病理上的相互联系和影响，这就决定了可以通过五官、形体、色脉等外在的异常表现，由表及里地了解和推断内脏之病变，从而做出正确的诊断。以舌诊为例，舌体通过经络的循行直接或间接地与五脏相通，故人体内部脏腑的气血的盛衰和疾病的轻重顺逆等都可以反映于舌，所以察舌可以测知内脏之病理状态。其他如望色、切脉等诊察方法，之所以能诊断人体内在病变的寒热虚实，其道理是相似的。
4.防治的整体性 整体观念也贯穿在临床治疗当中，对于局部病变，要注意与其他脏腑组织之间的联系，常常须从整体着手，采用相应的整体调理方法。《素问·阴阳应象大论》所说的“从阴引阳，从阳引阴；以右治左，以左治右”；《灵枢·终始》所说的“病在上者下取之，病在下者高取之”等，都是在整体观念指导下确定的治疗原则。耳病治肾，鼻病治肺，目病治肝，以及脾病从肝论治，肺病从肾论治等，则是整体观念在治法上的具体体现。
人体是形神统一的整体，形弱则神衰，形病则可引起神病，神病亦可致形病，故历代医家在诊治疾病和养生防病中强调形神共养、形神共调，使形健而神旺；又要恬淡虚无，怡畅情志以养神，使神清而形健。
人类生活在自然界中，自然环境的各种变化可直接或间接地影响人体，人体也发生着相应的变化；同时人又是社会的组成部分，社会因素对人体的影响也不容忽视，因此，人与外环境的统一性，体现在人与自然环境的统一性和人与社会环境的统一性两方面。
1.人与自然环境的统一性 人类生活在自然界中，自然界存在着许多人类赖以生存的必要条件，如阳光、空气、水、土壤等。当自然环境发生变化，其相关因素又可直接或间接地影响人体的生命活动。这种人与自然息息相关，对自然的依存与适应关系就称为“天人相应”。人与自然界的统一性，主要表现在如下方面：
（1）自然环境对人体生理的影响 自然界四时气候有春温、夏热、秋凉、冬寒的变化规律，而万物顺应这一规律则有春生、夏长、秋收、冬藏的变化过程，人体的生理活动也会随之进行适应性的调节。盛夏天气炎热，人体阳气旺盛，气血运行加速，趋于体表，脉象多浮大，皮肤腠理开，津液外出而多汗；隆冬天气严寒，阳气偏衰，人体气血运行迟缓，趋向体内，脉象多沉小，皮肤腠理闭，津液趋下而少汗，多尿。这种适应性的生理变化，既维持了人的恒定体温，也反映了冬夏不同季节与人体气血运行和津液代谢的密切关系。现代运用脉象仪，对人体一年四季的脉象进行了跟踪观察，也发现了脉象的四季变化情况。这些充分说明了人体生理活动受到四季气候变化的影响。
一日之中昼夜24小时的变化，人体的气血阴阳也随之产生相应的消长变化，正如《素问·生气通天论》说：“平旦人气生，日中阳气隆，日西阳气已虚，气门乃闭。”白天人体的阳气多趋于表，脏腑的功能活动比较活跃；夜晚人体的阳气多趋于里，人就需要休息和睡眠，说明人体生理上确实存在着昼夜阴阳消长节律。
地理环境的不同，由于气候、土质和水质的不同，对人体也会产生不同的影响，如东南地势平坦，气候温暖潮湿，人体腠理较疏松，体格多瘦弱；西北海拔较高，气候寒冷干燥，人体腠理较致密，体格多壮实。现代群体体质调查也表明，南北方，高、低纬度之间，人群的体质存在着明显差异，故有“一方水土养一方人”之说。一旦易地而居，许多人便会感到不适应，有的会因此而生病，习惯上称“水土不服”。 但经过一段时间，大多数人是能够适应的。人对生存环境的适应不是消极的、被动的，而是积极的、主动的，能利用自然为人类服务。
（2）自然环境对人体病理的影响 在四时气候的变化中，随着季节的不同，常可发生一些季节性的多发病，或时令性的流行病。一般来说，春季多风病，夏季多暑病，长夏季节多发泄泻，秋季多发燥病，冬季则多发寒病。还有些年老体弱或慢性病患者，因适应能力差，往往在气候剧变或季节交替之际而导致旧病复发或病情加重。
在一天之内，由于昼夜的阴阳消长变化，对病情的发展亦有一定的影响。一般疾病，大多是白天病情较轻，夜晚较重。这是由于早晨、中午、黄昏、夜半，人体的阳气存在着生、长、收、藏的变化，因而病情亦随之而有旦慧、昼安、夕加、夜甚的变化。
（3）自然环境对诊断防治的影响 中医学要求在临床诊断疾病时，必须运用四诊方法，把疾病的原因、部位、性质，结合四时气候、地方水土、生活习惯、性情好恶、体质强弱、年龄性别、职业特点等，综合研究，才能做出正确的诊断结论。
中医学在养生防病中，要顺应四时气候变化的规律，“法于四时”“四气调神”“春夏养阳，秋冬养阴”，与自然环境保持协调统一，使精神内守，形体强壮。在气候变化剧烈或急骤时，要“虚邪贼风，避之有时”，防止病邪侵犯人体而发病。在治疗疾病时，要做到“必先岁气，无伐天和”，充分了解气候变化的规律，并根据不同的气候和地理特点来考虑治疗用药。
2.人和社会环境的统一性 人生活在错综复杂的社会环境中，不可避免地会受到社会政治、经济、文化、法律、生活方式、人际关系等多方面因素的干扰。社会的变迁、安定与动荡，以及个人地位的转换、经济条件的变化等，都直接或间接地影响着人体的健康与疾病。因此，中医学非常重视人与社会环境的和谐统一。
（1）社会环境对人体生理的影响 一般来说，良好的社会环境、有力的社会支持、融洽的人际关系，可使人精神振奋，勇于进取，有利于身心健康；而不利的社会环境，可使人精神压抑，或紧张、恐惧，从而影响心身机能，危害心身健康。政治、经济地位较高，易使人骄傲、霸道、目空一切；较低者则使人产生自卑心理和颓丧情绪，从而影响人体脏腑机能和气血的流通。
（2）社会环境对人体病理的影响 社会地位、经济状况的剧烈变化，突发事件的产生，常可导致人的精神、情志的不稳定，从而影响人体脏腑精气的机能而导致某些身心疾病的发生，也可常使某些原发疾病如胸痹心痛、眩晕、肝病、中风、消渴等恶化，甚至死亡。因此，社会安定，人的生活有规律，抵抗力强，人们生病较少较轻，寿命也较长；社会动乱，人的生活不规律，抵抗力下降，各种疾病都容易发生，人们生病较多较重，死亡率也高。
（3）社会环境与疾病防治的关系 由于社会环境的改变主要通过影响人体的精神情志而对人体产生影响，因此预防和治疗疾病时，必须充分考虑到社会因素对人体心身机能的影响，创造良好的社会氛围，维持心身健康，促进疾病向好的方向转化。
辨证论治，是中医学认识疾病和治疗疾病的基本原则，包括辨证和论治两个阶段，辨证是论治的依据和前提，论治是检验辨证正确与否的手段和方法。辨证论治，主要在于分析和辨别证候，确定治疗原则和方法，是理论和实践紧密结合的集中体现。
1.病、症、证的区别 病，即疾病。指致病邪气作用于人体，人体正气与之抗争而引起机体的阴阳失调、脏腑组织损伤、生理功能障碍的生命异常过程。疾病是有一定的病因、发病形式、病机、发展规律和转归的一种完整的过程。具体表现为若干特定的症状、体征，以及疾病某阶段的相应的证。如感冒、痢疾、疟疾、麻疹、哮喘和中风等都属于疾病。
症，即症状和体征的总称，是疾病过程中表现出的个别、孤立的现象，可以是病人异常的主观感觉或行为表现，如恶寒发热、恶心呕吐、烦躁易怒等症状，也可以是医生检查病人时发现的异常征象，如舌苔、脉象等体征。症是疾病的现象而不是本质。
证，是疾病过程中一定阶段的病因、病位、病性、病势及邪正关系等的综合反应状态。一般有一组相对固定的、有内在联系的、能揭示疾病某一阶段或某一类型病理本质的症状和体征构成。证能够动态反映疾病的阶段性本质，因而它比疾病和症状能更全面、正确的揭示疾病的本质，中医学将其作为确定治法、处方遣药的依据。如风寒表证、心血虚证、肝阳上亢证等都属于证的范畴。
2.病、症、证的联系 病、症、证三者既有区别又有联系，均统一体现于病理变化之中。病是正邪斗争、阴阳失调的连续的全过程；证则是疾病某阶段的病理变化本质的反应；而症状仅仅是疾病过程中的个别表象，是构成病和证的基本要素。证，通常以临床可被观察到的症状体征方式表现，但证又能将症状与疾病有机地联系起来，从而能够揭示症状与疾病之间的内在联系，有益于对疾病过程及其病变本质的深入认识与把握。
1.辨证论治的含义 辨证论治是中医学诊治疾病的基本理论与思维方法。根据中医理论，分析四诊获得的临床资料，明确病变的本质，拟定治则治法。
所谓辨证，是在认识疾病的过程中确定证候的思维和实践过程，即将四诊（望、闻、问、切）所收集的资料，包括症状和体征，运用中医学理论进行分析、综合，辨清疾病的原因、性质、部位，以及邪正之间的关系，概括、判断为某种性质的证候的过程。论治，则是在辨证思维得出证候诊断基础上，确定相应的治则和治法，选择适当的治疗手段和方法来处理疾病的思维和实践过程。通过辨证论治的实际效果，可以检验辨证论治的正确与否。辨证论治的过程，就是认识疾病和解决疾病的过程，辨证与论治是中医诊治疾病过程中相互联系不可分割的两个方面，是理论和实践相结合的体现，是指导中医临床理法方药具体运用的基本原则。
2.辨证与辨病的关系 辨证与辨病，都是认识疾病的思维过程。辨证是对证候种类的分析和辨认，辨病是对疾病种类的分析和辨认。辨病是为了从邪正斗争的角度把握疾病的总体规律；辨证是为了辨别在特定时空条件下疾病的病理本质，即确定证型，从而根据证候来确立治法，据法处方以治疗疾病。
辨证论治在临床中的运用是体现出能够辩证地看待病与证的关系。既注意到一种病可出现多种证候，又考虑到不同的病也可出现相同性质的证候，因而在诊治疾病时就有“同病异治”和“异病同治”两种方法。
同病异治，是指同一疾病，由于发病的时间、地域不同，或处于疾病的不同阶段，或患者的体质差异，可出现不同的证候，因而治法就不一样。以感冒病为例，感冒可表现为风寒、风热、风燥、气虚等不同的证候，所以就有辛温解表、辛凉解表、辛润解表、益气解表等相应的治法。又如在麻疹发病初期，麻疹未透，治宜发表透疹；疾病中期肺热壅盛，则常须清解肺热；疾病后期则多为余热未尽，肺胃阴伤，则又须以养阴清热为主。
异病同治，是指不同的疾病，在其发展过程中，由于出现了相同的病机和相同的证，因而也可采用相同的方法治疗。如久痢脱肛、子宫下垂是不同的病，但如果均表现为中气下陷证候，就都可以用补气升提的方法进行治疗。如痢疾和黄疸，是两种不同的疾病，但在发展过程中都可以表现为湿热证或寒湿证，就都可以采用清利湿热或温化寒湿的方法来治疗。
中医学的辨证论治、辨病论治、辨症论治是同时存在的。临床上绝大多数的疾病，在辨病之后必须辨证才能辨清疾病复杂的病理本质，才能确定治则治法。对于比较简单的疾病，如某些皮肤科疾病，如湿疹、水痘，外科的肠痈，内科的疟疾、痢疾等，可用一方一药治疗，即辨病论治。有时也可以针对单个症状进行处理，即辨症论治。辨证论治是中医学治病方法的主流，辨病论治、辨症论治是对辨证论治的补充。
辨证论治的精神实质就是“证同治亦同，证异治亦异”，也就是说中医治病更注重的是证的异同，其次才是病的异同。要发扬中医学的辨证论治的特色，提高临床诊治水平，提高辨证的准确率，必须坚持辨病与辨证相结合的诊治思路。
总之，整体观念和辨证论治是中医临床诊治疾病过程中两个重要的思维方法和诊治原则，整体观念贯穿于诊治过程的始终，辨证论治则要求从整体出发，因此，整体观念和辨证论治就构成中医学理论体系两个最基本特点。