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中医学是在中国传统文化的土壤中萌生、成长并得以普及的传统生命科学，是具有鲜明东方文化特色的民族医学。由于“医学思想的形成、发展和演变，绝大多数情况下受掣于整个社会的文化生态环境，常是特定的社会文化思潮影响着医学观念和医学理论”。中医学与古代哲学、儒家文化、道家文化、佛教文化、数术文化等多种文化形态相互碰撞，彼此交融渗透，互为影响，最终成为独具特色而又优势突出的传统医学体系。
中医药文化，其内涵是以中华传统文化为母体，中医学对生命、健康、疾病、生死等问题的解读，包含着中国传统文化的价值观念、独特的认知思维方式、人文精神和医德伦理等特点。以先秦文化为根基的《黄帝内经》，更是集中地反映这一风格。生命议题是人类文化不能回避的中心问题，与《黄帝内经》同时代的诸子百家对此都有过深入的思考。《黄帝内经》与先秦两汉诸家，都把人置身于“天地人一体”的整体系统中来加以考察。在天人关系上，二者有惊人的相似之处：儒家有《中庸》“（人性）可以赞天地之化育”而“与天地参”之论。《孟子》由此提出“性天相通”说。《左传》载有“民受天地之中以生”之论。道家有《老子》“人法地，地法天，天法道，道法自然”之说。《庄子》进而提出“天人一也”，认为“天地与我并生，而万物与我为一”。而《黄帝内经》基于“天人相应”的观点，认为“人以天地之气生，四时之法成”“人与天地相参，与日月相应也”。表现在世界观上，《周易》有天地人“三才之道”，儒家有天时、地利、人和“三才观”，道家有道、天、地、人“四大”说；而《黄帝内经》则有“上知天文，下知地理，中知人事”的医学要求，并构建了“四时五脏阴阳”体系。
气是中国古代哲学的核心概念。《黄帝内经》之气主要指宇宙的本原、构成万物的基本元素，与道家之说基本一致；但“正气存内，邪不可干”之说显然又是受到了儒家的影响，其人体“正气”与《孟子》“浩然之气”有某种内在必然联系。气作为本原又如何化生万物，《易经》认为“阴阳二气感应，万物化生”；《老子》认为“道生一，一生二，二生三，三生万物”；《列子》认为“有形生于无形，有形化为无形”；《淮南子》认为“阴阳和，则万物生矣”；《论衡》认为“天地合气，万物自生”；而《黄帝内经》也认为“在天为气，在地成形，形气相感而化生万物”“天地气交，万物华实”。在结合阴阳阐明气生万物的原理上，二者表现出了高度的一致性。具体到人，《庄子》曰“人之生，气之聚也。聚则为生，散则为死”；《管子》曰“有气则生，无气则死，生者以其气”；而《黄帝内经》也认为“天地合气，命之曰人”“人以天地之气生”“生气通天”。在生命起源的哲学解读上，二者同样表现出高度的一致性。比较而言，《黄帝内经》与道家更为一致；但《灵枢·寿夭刚柔》篇对人体阴阳刚柔不同体质类型的讨论，又与董仲舒“气禀人性论”颇相接近。
思维方式是文化的深层本质，《黄帝内经》运用整体系统思维、取象比类思维、辩证思维、灵感思维对人体的生命、健康与疾病的规律作了解读，充分展示了中华传统文化的独特魅力。其“天人相应”“五脏一体”之系统思维，五脏与四时五方相协同，构成人与自然内外相应的五行模式，与诸子百家思维高度统一。其“候之所始，道之所生”之意象思维，系以时间象为本位，秉承了《易传》“立象以尽意”之思维。其“藏象”一词即是从外“象”把握内“藏”本质之意，明显打上了“以表知里”思维的烙印。其“智者察同，愚者察异”“揆度奇恒”之比类思维，既含有孔子“正名”别异之意，更与墨家、稷下学宫和《荀子》注重从实践去概括“类”相一致。其“人生有形，不离阴阳”“动而不已”之辩证思维，既源于《老子》“万物负阴而抱阳”“反者道之动”的启示，更源自《易传》“一阴一阳之谓道”“变动不居”的高度概括。其“慧然独悟”“昭然独明”“若风吹云”之灵感思维，显然接纳了道家“虚静体道”的无念体验；而其“以意和之”“藏之心意，合于心精”的直觉思维，则是对儒家“志意心悟”之有念领悟的继承。《黄帝内经》对人体运行周身之气的认识，有来自呼吸之气、饮食谷气的启示，也有茹毛饮血时代生物蒸腾热气的感悟，还有源于导引、气功之丹田运气之类的体悟。
事实上，中国古代哲学对中医学理论的形成起着重要的奠基作用，三大主流文化儒、道、释对中医学的产生和发展产生深远的影响，不同时期的学术精华如先秦诸子、汉代经学、魏晋玄学、隋唐释道、宋明理学、清代朴学等也都为中医学发展提供过启示和动力。同时，中医学是最具活力和最具代表性的中国传统文化，是中国传统文化的重要组成部分，中医学的发展和进步反过来又促进了中国传统文化的发展和进步。在长期的历史发展过程中，中医学与中国传统文化呈现出互化、互生的互动关系。
中国传统文化博大精深，在长期历史进程中，儒、道、佛三者鼎足而立，在政治、经济、文化、科技及社会生活、风俗习惯等各个领域，无不打上其深刻的烙印。作为传统文化和科学技术一个重要方面的中医学，也不例外。中医学是人类早年时代思维的结晶，在自然哲学思想和人文道德哲学思想的指导下，古代科学家依据实践经验，采用直观、思辨和猜测的方法研究人体及人与自然的联系和本质，呈现出综合性、整体性和模糊性的特征。道家的“道法自然”“全性保真”，儒家的“天人合一”“贵和尚中”，佛教的“慈悲博爱”“直觉顿悟”等思想和观点，对中医学理论体系的影响极为重要。中医学就是在儒、道、佛三家共同指导和作用下形成和发展起来的。从空间上看，三家思想共同构建了中医基础理论体系。这个空间结构是：道家、儒家思想构成中医学的世界观、生命观、认识论、方法论等基本问题，佛家所含有丰富的医学思想则在一定程度上补充了中医理论体系；从时间上看，可以分为两个阶段：第一个阶段是战国至汉初之际，是中医学理论形成和奠基时期，中医学深受道家思想学术影响，道家思想成为中医学的指导思想。这一阶段主要是以“道”入医阶段，即道医阶段；第二个阶段是从汉武帝时直至清代，儒家学说成为中国社会的主导思想，儒家思想自然成为中医学的指导思想。这一阶段主要是援“儒”入医，即儒医阶段。在援“儒”入医的过程中，儒道佛三种文化相互融合。历代著名的医家，持三教合一之论，非儒即道，非道即佛，非儒、非道、非佛者几乎没有。从医家的世界观、人生观、价值观，到中医学的生理、病理、病因、病机、药理和防病愈疾的治则、治法无不打上儒道佛思想烙印；从重要性上看，儒家是官方文化，道家是本土文化，佛家是外来文化。中医在道文化的基础上（道学为体），吸收了佛的思想（释学为用），在儒家思想的指导下（儒学为魂），建立了中医博大精深的严密体系。中医学“以道为体”，主要是指以道家的世界观、方法论和认识论为指导，在中医经典著作《黄帝内经》中达到充分体现；中医学“以儒为魂”，主要是指中医学坚持以儒家思想为指导思想，来构建中医理论体系，并解决了中医“话语权”问题；中医学“以释为用”，主要是指佛家的“医方明”包括医论、医术、方药、卫生保健、咒禁等对中医学产生过或多或少的影响，所以，佛家学说成为中医学有力的补充。
中医学深深植根于中国传统文化的土壤之中，是具体的社会历史文化条件的产物，与每一时期的社会历史文化发展状况有着密切的联系，每一时期的历史文化对中医学的产生、孕育和发展产生不同的影响。中医学的出现、存在、发展或衰微，均有客观必然性，其奥秘就隐藏在具体的历史文化背景之中。我们要想真正地认识中医学自身发展规律和真正把握其精髓，必须从具体的历史文化出发，进行考察和比较分析。
1.春秋秦汉时期我国出现了历史上第一次文化高峰——中医学理论体系的孕育与奠基
春秋战国时期，中国分裂为为数众多的诸侯国，社会处于大变革和大动荡时期，这种社会背景为“文化英雄”们提供了施展才华的舞台，各种学说、学派、思想纷纷出现，在思想学术方面呈现空前繁荣，出现了诸子蜂起，百家争鸣的社会局面。秦汉时期，形成了强盛的秦汉王朝，政治军事上的大统一，必然要求其政治文化思想、礼仪、法规的趋同，乃至“车同轨，书同文”。于是，综合百家，兼收并蓄成为秦汉文化的一个显著特点。春秋战国“诸子百家”产生的历史背景及其学术氛围，包容会通的文化特质，乃至秦汉统一强国的气概，促成了中国人类历史出现了第一次文化科学高峰，民族文化得到了大融合、大发展，科学认识也有了很大提高，产生出辉煌文化成果，中国哲学达到了一个震古烁今的高峰。辉煌的文化成果，理想的文化环境，开拓了人们的视野，促进了各个学科的相互渗透，出现了人类文明史上第一次大综合思潮的鼎盛时期，医学大家们以多学科、大跨度、大综合、开放兼容的大科学姿态和海纳百川的胸襟，不失时机地接受了诸家的先进思想，以中国古代的整体论、有机论自然观为指导，以气阴阳五行学说为根本方法论，整合古代文化多学科知识，总结人体生命现象及疾病防治的经验知识，对各个医学观点、学派和研究成果进行综合和统一，构筑了以气血、阴阳、五行学说为纲领的藏象、经络、精气血津液、病因、病机、证候辨证、治疗原则、预防养生等思维模型为基本范畴的核心理论。形成了以《黄帝内经》《难经》《伤寒杂病论》《神农本草经》等四大经典著作为标志的中医学基本理论体系。这一体系，被人们称作“原创中医学体系”。原创中医学体系的形成，标志着中医学第一次科学革命的完成，是中国医学史上的第一次高峰。
2.魏晋至隋唐时期出现民族文化大融合——中医学分化融合和临床发展 魏晋南北朝时期的民族大融合，隋唐统一王朝空前强盛的社会环境，我国历史上出现了又一个思想解放的时代。各种学说同时并兴，带来了社会思想和学术文化的相对自由及多元化。玄学的兴起，佛教的兴盛，道教的风行成为这一时期学术文化的显著特点。玄学的兴起，给两汉以来僵化的儒学以新的解释，从而推动了中国古代思辩哲学的发展，提高了中医抽象思维的水平，为中医学学科分化和临床各科迅速发展提供了理论思维的支撑；佛教自东汉时从印度传入中国，到南北朝时逐渐盛行。到了唐代，统治阶级出于需要，又大力加以提倡，在文学艺术、哲学思想等上层建筑的各个方面，无不蒙上了浓厚的佛教色彩。佛教的盛行与传播，对中医学产生深远的影响，一方面，佛学作为精神现象学，从根本上深化了中医学；另一方面，佛教作为外来文化，在传入中国的过程中，将国外的文明带到中国，中医学融合了来自印度等国外医药学的基本理论、药物以及符与咒禁等医药知识成为当时世界医学中心，为丰富隋唐时期的医药文化做出了贡献，并对这一阶段及唐以后的中医学发展，产生了深远的影响。道家思想在这一时期也很有相当的势力，当时很多名医也都热衷于养生、炼丹、采药、求仙，所以，该时期出现了大批养生、炼丹、服食、房中术等类的著作。
3.宋元明清时期出现理学思想争鸣 —— 中医学学术流派峰起 《四库全书总目提要》有云：“儒之门户分于宋，医之门户分于金元。”这句话蕴含着理学与医学之间的内在联系。“儒之门户分于宋”，是指儒学至西汉武帝时与阴阳学合流形成新儒学，至北宋儒学又与释道合流或称三教合一，生成更新的儒学。更新的儒学即为理学，理学不但在理论上较孔孟学说精致系统，而且在探讨问题的广度和深度上都超过了前人的水平。理学成为一个博大精深的思想体系，受到统治者们的极力提倡和维护，宋代理学是我国文化思想史上继战国诸子百家之后的又一高峰，这一高峰一直持续到元明清之际。这一时期，由于理学家们对当时哲学界争论的理、气、性、命、心、情、道、器等根本问题，提出了不同解答，形成了理学的不同学派。理学思想的争鸣，打破了汉代“独尊儒术”以来对儒学述而不作的局面，开启了学术讨论的风气，客观上起到了解放思想、活跃学术的作用。哲学是社会思想的主导，哲学上的思想解放往往是科学技术领域思想解放的先声，儒分于前，医分于后，符合这种规律。“医之门户分于金元”，这句话的完整意义应是从金元时期肇始，至清代西学东渐前，医家普遍接受的理学思想的指导，援引理学思想作为各自学说的哲学论据，医学出现了百花齐放、百家争鸣的局面。理学对中医学的渗透，促进了中医学术思想的活跃、学派间的争鸣，促使中医理论上的突破性进展，从医学理论到医疗实践达到了鼎盛时期。从金元至明清，医学领域诸家峰起，金元时期，形成了以刘完素为代表的河间学派，以张元素为代表的易水学派，以李杲为代表的补土派，以张从正为代表的攻邪派，以朱震亨为代表的养阴派等学术流派，刘完素、张从正、李杲、朱震亨被誉为“金元四大家”。金元医家的创新，丰富了中医学理论，使医学发展出现了新局面和新形势。直至明清，这种学术争鸣的风气仍然延续不衰。继金元各派之后，明代又出现了温补派、命门派以及颇具地域人文特色的新安医学派等。
恩格斯说：“不管自然科学家采取什么态度，他们还是得受哲学的支配。”中医学是一门古老的自然科学，它的产生和发展也同样受着当时最前沿的哲学思想的影响和支配。中医作为一项技术性很强的实践活动，如果没有哲学的指导，医疗实践积累的经验只能是一大堆零散的素材。中国传统哲学是中华文化的灵魂，是中医学理论体系的根本指导思想，是贯穿中医学理论体系的主线，是中医学进一步完善、丰富、发展和创新的基础。无论从中医理论的构建，还是从中医理论发展上看，中国古代哲学不仅为中医理论提供世界观、认识论和方法论指导，也为中医学的创立和发展提供了直接的理论指导和智慧启迪，成为中医学的说理工具，更重要的是它已经渗透到中医理论体系之中，成为中医理论体系不可或缺的重要组成部分。可以说，中医理论上的每一次重大突破和临床疗效的每一次重大进展都离不开中国传统哲学的指导。
在中医理论形成之初，古代医家直接将古代哲学的气、阴阳、五行等理论范畴移植到中医理论之中，阐释和说明人体生命、健康与疾病防治等一系列医学问题，它们在中医理论中不但直接起着思维方式方法的作用，为中医理论的构建提供理论框架和逻辑方式，而且还成为中医理论的基础概念，起着直接规范其他中医概念和整个中医理论的作用，直接成为中医思辨的理论基础和治则。“元气论”作为一种自然观和生命观，奠定了中医理论体系的本体论基石；阴阳学说和五行学说作为方法论，为中医理论体系的构建提供了基本方法。不仅如此，随着中医学的发展，“气-阴阳-五行”还成了中医学最基本的思维模式。“气-阴阳-五行”这一思维模式注重考察事物的整体功能、动态结构、相互关系，即把事物、世界看作有机的整体进行宏观把握。中医坚持这种整体观思维模式，以自然整体状态的人的生命现象为研究对象，在对生命与疾病的认知过程中，完全遵循自然整体的认识论原则，这也是中医的基本特征之一。离开了中国传统哲学思想的指导，中医学理论体系的完整性就被破坏，就失去了中医的根本和精髓，中医就不成为中医，而只是一堆松散的原始经验。“一引其纲，万目皆张。”中国传统哲学思想就是中医学的纲，只有在这个纲的统领下，中医学的实践才组成了完整的体系。
文化与具体科学门类之间的互动和相互促进是科学发展的基本轨迹。中国传统文化与中医学之间也不例外。中医学既受到中国传统文化的影响，同时也在理论和实践上丰富和发展了中国传统文化。
哲学是时代的精华，是思想理论的结晶。中国传统哲学在形成之初，不断地从各种社会实践活动中汲取营养，将实践活动中产生的经验上升到理论的高度，进而结晶成为哲学理论。中医学是发生较早的人类实践活动，可以说有了人类就有了医学实践活动。中医学作为人类初期的自然科学实践活动，不断为古代哲学提供总结概括的材料，成为古代哲学发展的重要实践基础。中医学是最具活力的传统医疗实践活动，在其长期历史发展过程中，为中国古代哲学提供了最可靠的实践空间，如气、阴阳、五行在最初的古代哲学著作中只是抽象的代名词，中医学的气学说、阴阳学说和五行学说则成为其最可靠的实践基础；中医学关于养心、养性等养生保健思想为儒、道、佛等哲学思想的形成和发展提供了客观理论依据；中医高尚的医德修养为传播和践行传统伦理、道德观念做出了表率；中医学浩如烟海的文献极大丰富了中华文库，许多医疗记录成为古代经、史、子、集的重要资料，或成为古代文学的丰富素材；中医学的理论和实践还为民俗文化提供可靠的理论依据；广大中医在认识和解决医学问题的思维实践中，为传承传统思维模式做出了贡献。
中医学深深地根植于中国传统文化的土壤之中，在萌生、形成和发展的过程中，不断汲取当时的哲学、文学、数学、历史、地理、天文、军事学等多种自然和人文学科知识，成为传统文化不可分割的一个重要组成部分和载体，集中体现了中国传统科学文化和人文文化、科学精神和人文精神。
中医学从多角度、多层面、多形式地承载着中华民族的认识方法、思维模式、价值取向、伦理观念等，中华民族对宇宙结构、自然现象、生命形成、人生价值的认识，以及在天文、地理、历法、音乐、绘画、语言文字等方面的成果都在中医中得到体现。所以，中医学“上极天文，下穷地纪，中悉人事，大而阴阳变化，小而草木昆虫、音律象数之肇端，脏腑经络之曲折”，三教九流，无所不包容，可谓是中国传统文化的一个缩影，是中国传统文化的最杰出代表。中医学的特色就是中华传统文化的特色，中医学的思维方式就是中华传统文化的思维方式。如今，古代天文、历法、算术、水利技术等，现在已基本不用，大都消失在人们日常生活的视野之外，在很多学科领域，我们的思维模式再也不是传统的思维模式了，唯有中医对这种思维模式保留得比较完整，它是中国传统文化中在应用科技层面上唯一保存至今，并以其巨大活力不断发挥重要作用的活化石。古代天文、历法中很多失传的东西，有赖于中医学保存了下来。从这个意义上讲，中医是中国优秀传统文化的载体。中医学在千年之旅中是既变又不变，变的是与时俱进的诸多学派和无数医家的学术和经验，不变的是中华优秀文化的核心内涵，她凝聚了中国传统文化精华，蕴含着丰富的哲学思想和人文精神，是中国传统文化的结晶，是中华民族的文化符号，是开启中华文明的钥匙，是中国文化软实力的重要体现。中医是“以术载道”的国学，此“道”包括道家之“道”，儒家之“道”，释家之“道”，乃至诸子百家之“道”，是中华文化之道。如今，中医药已经从中国走向世界，成为广及五洲四海的桥梁和纽带，是中国传统文化复兴和发展的标志。
中医学既是生命科学，也是文化宝库，中医学的发展同样也促进了中国传统文化发展，主要表现在两个方面：一是中医学理论和实践的发展深化了中国传统文化思想。中医学在形成和发展的过程中，不断地借助于中国古代哲学的气、阴阳、五行等基本范畴和概念来构筑自己的概念体系和理论体系。但运用于中医理论体系的概念范畴已经有别于中国传统哲学概念范畴，是经过医家创造性地改造和发挥，赋予了医学自身的特有内容，是对中国传统哲学概念范畴的进一步充实、丰富和创造性的发展。如“气”不再是表示由“道”“太极”“理”产生的无形之物，而是借以说明人体生命的本质和动力；“五行”已经不再是五种物质资料，而是作为一种系统整体思想的符号。“阴阳”也不再仅仅表示天地、阴晴、寒暑、水火、男女、君臣、夫妇的概念了，而是相互对立、互根、消长、转化医学理论范畴。如《黄帝内经》用阴阳五行搭建了人体生理的联系，在以阴阳五行作为方法论来构建医学思想的同时，推动了阴阳五行学说的发展和完善。二是中医学理论和实践的发展为中国传统文化提供理论上的启迪。中国传统文化在长期的历史进程中，不断从中医学中汲取了丰富的思想营养，并获得有益启示。中国传统文化三大流派儒、道、佛均在不同意义和程度上借鉴或采纳了中医学。历代大儒及其编定、注疏、撰著的典籍或多或少地论及医药，他们是引医论儒，即以借助医药理论与实践来阐扬、论证儒理。同样，道士也引医论道，僧人也引医论佛。儒道佛不失时机地从中医学理论与实践获得智慧和启发，以期充实、完善、宣扬自身。