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作为中医学第一经典，《内经》在中国医学史上具有无可替代的作用。它不仅构建了中医学的理论体系，奠定了临床各科的理论基础，主导着中医学的基本发展方向，而且成为后世学术流派发展的不竭源泉，其价值主要有以下5个方面。
《内经》是中医理论体系的奠基之作。《内经》问世之前，医学处于感性认识和经验积累的阶段，没有形成系统的理论。春秋战国时期，“诸子蜂起，百家争鸣”，哲学思想活跃，《内经》吸收了当时先进的哲学思想以及古代科学技术，结合长期积累的医疗经验，确立了以脏腑经络气血为核心的独具特色的医学理论体系。
《内经》问世以后，中医学不断发展，形成了各家学派，理论和技术日臻成熟与完善。诸如东汉名医张仲景、唐代名医孙思邈、金元四大家（刘完素、张从正、李东垣、朱震亨）以及明代的温补学派（张介宾、薛立斋）、明清时成熟的温病学派（叶桂、薛生白、吴鞠通、王孟英）等，从其学术渊源来看，都是对《内经》理论的完善与发展，都没有脱离《内经》学术体系的框架。《内经》所阐述的中医学理论至今仍然具有重要的实践价值，是把握人体生理功能，分析病理变化，指导临床诊断、治疗和预防的规矩绳墨。
在中国古代哲学思想的影响下，《内经》以中国传统文化为根基，形成了完全不同于西医学的中医思维方法，主要有整体思维、哲学思维、意象思维和动态思维。整体思维，是以普遍联系、相互制约的观点看待世界及一切事物的思维方式。《内经》注重整体，重视人与自然、社会的整体协调，确立了“生物-社会-心理”医学模式，将人与生存环境的和谐、人体心身的和谐视为健康的基本标准，并贯穿于疾病的防治和延年益寿理论与实践之中，对医学贡献极大。哲学思维，主要是指对阴阳五行学说的运用。“阴阳”“五行”观念的出现可以看成是中国哲学形成和开拓的主要标志之一。“阴阳”和“五行”的概念一经产生，就成为中国哲学的基本范畴，并对中医学产生了重要作用。《内经》用阴阳五行学说分析人的生理病理过程，探究疾病产生的病因病机，以及指导临床诊断和治疗过程。意象思维，是指运用带有感性、形象、直观的概念、符号表达事物的抽象意义，通过体悟，综合把握事物的意蕴、内涵、相互联系和运动变化规律的思维方式。藏象学说就是在这种思维方式的参与下形成的，并成为中医学理论的核心。作为中医学理论之源，《内经》阐述的中医特有的思维方法在中医学发展中具有不可替代的指导作用，从而主导着中医学的发展方向，无论是在学术研究，还是在医疗实践方面，对于医学科学都有重要价值。动态思维，是指在观察分析研究处理问题时，注重事物的运动变化规律的思维方法。中国古代哲学不但阐释了自然界、人类社会、人的生命是一个系统联系、协调完整的统一整体，而且进一步揭示了宇宙间的一切事物都处于永恒的运动、变化和发展中。《内经》把人体生命过程看成是气的“升降出入”的运动过程，并把建立在此基础上的阴阳对立统一的动态平衡作为健康和治疗的目标。人体的阴阳二气存在对立、转化、资生和制约的关系，始终处于彼此消长的不断运动变化状态；五行之中存在相生相克的关系，且生中有克，克中有生，构成一个能量交流、功能制约的藏象模型，即人体生命模型。
《内经》的内容以医学为主而涉及多学科知识，包括哲学、天文学、地理学、历法学、生物学、物候学、气象学、农事学、数学、心理学、社会学等多学科的研究成果，这些内容与医学相互渗透，深刻地影响着医学的研究方法和学术内涵。《内经》知识体系汇集了中国古代科学文化的优秀成果，是对中国古代生命科学成果的全面总结，堪称中国古代的百科全书。中医学与哲学和其他自然科学之间的互相联系、互相渗透，推动了医学理论的形成和不断创新，成为中医理论体系整体发展和生命活力的的重要保障。同时，《内经》也是多学科研究医学的典范，这种多学科研究的形式，一方面反映了古代科学尚未精确分化的特点，另一方面也说明了医学科学与其他自然及人文学科之间的密切联系，说明了中医学学术体系是一个开放的体系。这种学科间的联系、渗透、融合，正是产生新学说、新理论的重要途径。这就是为什么《内经》所确立的理论原则至今还有强大生命力的根本原因。现代新兴的某些边缘学科如医学气象学、时间医学、社会医学、医学心理学等之所以常常可以在古老的经典中找到若干雏形，其道理盖出于此。
作为中国医学史上影响最大的鸿篇巨帙，《内经》内容广博独特，堪称中国传统文化的经典名著，现代国学研究者也将《内经》当作一部重要典籍学习参考。《内经》不但建立中医药理论体系与思维方法，而且具有无以比拟的中医药文化价值，开启了中医药文化素质培养的先河。《内经》所包含的中医药学原理、观念、范畴与概念，具有普遍的适用性与恒定性，是形成中医药文化素养的基础。《内经》不属于某一按学科逻辑程序或学生学习程序划分的单一学科的范畴，具有很强的综合性，完全对应中医药学的整体特性。通过对《内经》的学习，可以提高学医者的综合能力，而这一能力正是构成学医者中医药文化素质的要素。《内经》尽管是古代文言文，却包含有丰富的高品位理论的完美表达，学医者通过阅读《内经》，有利于加强思维与语言的联系，提高储存和传递中医药学知识的能力。这些能力就是最终形成学医者中医药文化素质的有力保障。
《内经》所阐述的医学理论是分析人体生理病理，指导疾病诊断、防治的重要武器，至今仍然具有重要的实践价值。古人以兵家之道比喻医家治病之理，故可将《内经》称为医家临证的“军事著作”。
以阴阳为例，阴阳学说属于中国古代哲学的范畴，《内经》将其引进医学领域，用以阐释人体生命活动过程和现象中相互对立而又统一的两个方面，指导对疾病病理的认识和诊治、预防。如《素问·阴阳应象大论》中用阴阳盛衰分析病理变化；诊断疾病首先要判断其阴阳属性；治疗疾病须以阴阳为根本，需根据阴阳之关系进行论治并设计针刺方法等众多技术；以阴阳学说来认识药食对人体产生作用的机理，临床可根据药食气味阴阳的偏胜来调节人体阴阳之偏胜偏衰；《素问·上古天真论》中的效法自然阴阳消长变化规律的重要养生法则，《灵枢·本神》中的调节阴阳是许多养生技巧的关键所在。
再以藏象为例，藏象学说是《内经》医学理论的核心，其以五脏为中心，通过阴阳五行和经络，将五腑、五体、五窍、五华、五神、五志、五时、五味、五色、五音、五声等联系起来，构建成五脏系统，形成一个表里相合、内外相关的整体，用以说明人体的生理功能和病理变化。《素问·调经论》将五脏作为归纳、分类疾病的核心；《素问》的《咳论》《痹论》《痿论》《风论》等篇章，将脏腑作为咳、痹、痿、风等疾病证候分类的纲要，从而奠定了脏腑分证的纲领。现代中医临床的基本辨证方法——脏腑辨证即肇端于此。
另外，除了医学基本理论和指导思想，《内经》还记载了多种病证，并对热病、疟疾、咳嗽、风病、痹病、痿病、厥病等的病因病机、临床表现和治疗方法做了专题讨论，对现代临床仍有重要的指导意义。如《素问·咳论》提出：五脏六腑功能失常都能直接或间接地引发咳嗽，并不是只有肺脏。《素问·痿论》提出：治疗痿证可以考虑从阳明经入手，以及《素问·痹论》对痹证病因、发病、病机、分类、预后与治则治法的论述，至今仍为临床所遵循。值得提出的是，《内经》虽然没有明确提出“辨证论治”一词，但其病机十九条示人以审机论治的典范，具体病证的脏腑分证、六经分证的方法，正是“辨证论治”理论及方法的学术源泉。
在治疗方面，《内经》倡导的因人、因时、因地制宜及因势利导、治病求本、同病异治、异病同治、标本缓急、补虚泻实、寒热温冷、预防与早治等原则，一直为后世医家所遵循。在治法方面，除了针灸和药治外，还广及精神疗法、按摩、导引、药熨、渍浴等方法。这些疗法体现了天人一体的整体观念，具有毒副作用小的优点，因而成为现代自然疗法的主流。