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早在中国周代（前1066—前221）以前，古人对人体的躯体官窍、骨骼、内脏已经有所认识。《内经》中不但论及古代解剖活动，而且对内脏的大小、坚脆以及容量，血管的长短、血液的清浊，骨骼的长短、粗细等做了详细记述。同时，还记录有针刺误伤重要脏器发生医疗事故的后果等。《内经》所记载脏器组织名称多基于形态结构，脏器组织的机能及其与外在生命现象的宏观联系，凡显而易见的，均与现代人体解剖学基本相同。经过比较不难发现，《内经》与《希氏文集》在对解剖的认知上存在一定差异。《希氏文集》介绍的解剖知识大多与动物有关，即借助动物解剖推知人体；而《内经》则是直接解剖人的尸体，观察并测量其相关数据。相比之下，《内经》更加直观真实。
对于心血管系统和血液循环的论述，《内经》有着丰富的记载，这些都是世界医学史上最早谈到的。如《素问·六节藏象论》指出：全身的血液都依靠心脏的推动。《素问·痿论》指出：心脏主持全身的血管。正确认识到心脏与血管的紧密关系，认识到心脏为生命之本，是血液运行的中心。《素问·举痛论》更进一步指出：全身的血液是不断流动的，而且是循环往复的。这是世界医学史上最早对血液循环的正确记载。对血管和血液的功能，《灵枢·本脏》说：血管既作为血液运行的管道，又承担着运送营养物质到全身筋骨、关节、肌肉、内脏等各部分，使其得以进行正常的活动。《素问·五脏生成》还具体说到：眼睛得到血液就能视物，双足得到血液就能走路，手掌得到血液就能紧握，手指得到血液就能摄取。更明确地说明了血液对各部发挥其正常功能所起的重要作用。《内经》虽然没有把动脉和静脉区别出来，但已认识到有两种不同血液的存在，而且已发现有血清的存在。在《灵枢·血络论》说：血液在流出体外时有时会呈现出喷射的状态。这显然是对动脉血的描述。同篇又说：血液在流出体外时血量不大，颜色偏黑而且比较稠浊。这显然是对静脉血的描述。同篇还说：血液流出体外后，有一部分质地清稀，就像是清水一样。这显然是对血清的描述。这些记载表明《内经》对于血液循环现象的认识已经比较具体，而当时希波克拉底还没有观察到血液是在流动着的。公元前3世纪亚历山大拉的挨拉西斯屈那塔斯（Era-sistratus）才提出血液流动的概念。公元2世纪罗马的盖伦（Galen）对于血液的认识，也只停留在血流像潮流一样，并不知道血流是循环的。盖伦这一学说在欧洲统治了一千多年。相比而言，《内经》对于血液循环的发现，无疑是最早的。
《内经》系统总结了经络学说，并将针灸疗法广泛运用于各种疾病的治疗当中，从而被认为是中国古代的“第五大发明”。《内经》问世以前，这些经验的累积和理论的片断颇为零星，尚未形成系统。发展到《内经》时代才形成了包括正经、奇经、经别、别络、经筋、皮部等内外连属的经络系统，经络成为人体内传送信息而又与自然密切相联的网络，而且针灸疗法也成为《内经》中治疗疾病的主要手段。目前，针灸疗法除广泛用于治疗常见病外，还用于治疗肿瘤、不孕症、肥胖症、艾滋病等疑难杂症，并在世界范围内得到重点关注，成为中医众多自然疗法的代表，也是中医学理论中最具特色的部分。
切脉的方法，在扁鹊时代（前5世纪上半期）就早已发明了，遗憾的是缺少具体的脉象名称。《内经》中讲到脉象的地方很多，特别是《素问》的《脉要精微论》和《平人气象论》。在《素问·脉要精微论》中记载有长短、大小、紧软、疾徐、虚实、浮沉、滑涩多种脉象。在《素问·平人气象论》中叙述了用健康人的呼吸来测定脉搏迟速的方法。用呼吸作时间尺度来测量患者的脉搏迟速，这呼吸必须是健康者才行。在没有精细时间尺度的战国时代，居然能将健康人的呼吸和患者的脉搏这两种毫不相干的现象联系起来，用它作为测定脉搏迟速的标准，无疑是一项伟大发明！在欧洲，公元前4世纪中期希腊的普拉查哥拉斯（Praxagoras）才仅发现有脉在搏动；后来到了公元前4世纪末期希腊的赫罗菲罗斯（Herophilos）发明用水钟（与中国的铜壶滴漏相似）测定脉搏迟速。而《内经》直接采用呼吸测定脉搏的方法，则要比用水钟更为便捷。
《灵枢·四时气》记载了迄今为止最早做腹腔穿刺手术的纪录。对于水肿患者可以在腹壁上用一种大针穿刺，然后套进一个筒针，放入腹腔，把其中的水都放出来。这样腹壁就会比较紧实了。这段记载虽然比较笼统，显得不够具体，但其中所谈到的是用针穿刺放水，这是毫无疑问的。早在公元前数个世纪，就已经做这种放水手术，可以算是最早的记录。这个手术过程，符合现代放腹水术的基本要求。
世界上最早的自我锻炼方法，应是中国古代的导引术了。这种方法是通过控制呼吸，使呼吸变得柔和而缓慢，排出对身体有害的物质，吸入新鲜的空气，精神意识入静；同时模仿熊、鸟等动物的动作，使肢体柔和，不使筋骨肌肉僵化，因为僵化了的肢体是衰老的表现。据传说，彭祖就是由于长期进行导引锻炼才获得长寿的。据《素问·异法方宜论》记载，在中原地区，人们常常患有下肢无力的痿证，以及受寒和发热之类的病证，多采用包括导引在内的方法来治疗。