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《内经》特别注重患者体质的差异。由于个体的体质不同，个体容易得的疾病也不同。由于各人的体质不同，治疗方法也理当不同。它还将人的体质分为各种类型，每一种类型的人各有他容易患得的疾病，有分为五种类型的，有分为二十五种类型的。在《希氏文集·论人的本性》中可以找到类似的分类。希氏从液体学说出发，把人分为多血质、黏液质、黄胆质、黑胆质四种类型。《希氏文集·论圣病》中还提到白皮肤、宽肩膀的人容易患肺痨。
《内经》对于某些疾病的敏锐观察和细致描述。尽管《内经》没有给疾病下定义，却对健康有了定义。根据健康定义，可以推测出疾病为何。《灵枢·终始》说：能够适应外界环境，机体内部保持和谐，就是健康。反向理解，如果不能适应外界环境，机体内部不够和谐，就是疾病。可见，疾病是生命的自然过程之一，并不神秘。《内经》对于疾病的命名，除疟疾名称和现代的疟疾相同外，其余大多只是症状以及症状群的名称，这些名称在当时就认为是疾病。随着疾病种类日益繁多，为了提纲挈领，执简驭繁，客观地要求疾病系统化，于是便发生了疾病分类的要求。五脏在当时被认为是人身体内的纲领，所以《内经》的疾病分类主要是依照五脏来分的。例如热、咳、疟、风、痹、胀等病都是按五脏分类的，这和现代医学按系统分类一样。由于当时水平所限，只能凭直觉作为分类标准。例如热的分类，是按照痛的部位和某脏某经相接近而分类的，有胁满痛的就叫作肝热，有心痛的就叫作心热，有腰痛的就叫作肾热。《内经》中，除了按照五脏分类之外，还有按照六腑分类的，有按照筋、脉、肉、皮、骨等分类的，有按照三阴三阳经脉分类的。《内经》中凡是将疾病按五脏分类的这一部分篇章，无疑是公元前的作品，至迟不会晚于公元前1世纪。在欧洲，将疾病按器官分类是从公元2世纪罗马的盖伦（Galen）开始的（盖伦与中国医圣张仲景生活年代相当）。
《内经》所载治疗方法种类繁多，包括砭石、针刺、毒药、灸焫、导引行气、按摩、熨引、汤液醪醴等。在这些方法中，占主导地位的是针刺疗法。针刺疗法的原则是补虚泻实：泻有余，补不足。针刺疗法所谓补泻，虽然是指操作方法，并非真的补泻，但是这些语句意味着某种精神，即在与疾病状态相反的前提下着手治疗。这种对抗治疗在针刺以外的其他疗法中仍然适用。《素问·刺热》中记载有治疗热病时，给患者多喝凉水，移至低温之处，脱掉厚重衣服，使患者体温下降的治法。这和现代治疗高热采用冷敷的原则完全一致，这也是在相反的基础上着手的。《素问·至真要大论》中提到的“寒者热之，热者寒之”，“燥者濡之，急者缓之”都属于对抗治疗。在《希氏文集·箴言》中有同样的记载，认为“多余的应当减去，缺少的应当补足，凡是疾病都应当用相反的治疗”。《希氏文集·论风》中有类似的话：“充满的应以排空治疗，排空的应以充满治疗。一言以蔽之，正面可以治疗反面，因为医疗就是补充和消除：减其多余，补其不足。”
《内经》虽然没有提出食物疗法这一名词，但是它特别注重食物对于保持健康和治疗疾病的作用。《素问·脏气法时论》说：“毒药攻邪。五谷为养，五果为助，五畜为益，五菜为充。气味合而服之，以补精益气。”这显然是讲食物疗法的。在《内经》中，食物疗法主要是以五味的形式提出来的。虽然讲得比较笼统，但这毕竟是食物疗法的初始。在《希氏文集》的《论古代医学》和《论急性病》等篇中都可以看到类似的说法。
《内经》对于疾病预后是非常重视的。《素问·疏五过论》说：治病时既要了解疾病的整个过程，尤其是要明确疾病的后果。这显然是在关心疾病的预后。因为医生的责任之一就是判断预后。在《希氏文集》专门设有《论预后》，从中可以发现相同看法。希氏强调对于医师最重要的是培养预见能力。