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在中国的春秋战国时期，随着思想领域日渐活跃和自然科学不断进步，古人开始以理性的思维方式来认识物质世界，巫术迷信等有神论思想日渐衰落。由于受到这种唯物论的影响，反对迷信鬼神的倾向，在《内经》中表现得非常强烈。如《素问·五脏别论》明确写道：对于迷信鬼神的人，是无法和他谈论医学道理的；对于恐惧针刺的人，是难以和他沟通操作技巧的。另外，《灵枢·贼风》中谈到：有些人既没有受到外邪侵袭，也没有精神上的恐惧、惊吓等刺激，却突然发病。这主要是侵入人体的病因当时变化细微，以致看不见、听不到，所以很像是鬼神作祟，实际上并非鬼神。无独有偶，这种不信鬼神的观点，在《希氏文集》中也有体现。例如《论圣病》就明确指出：癫痫和其他疾病一样，也具有自然原因，并非鬼神作祟。
《内经》认为人与自然息息相关，自然界的运动变化无时无刻不对人体发生影响。《素问·宝命全形论》指出：人和宇宙万物一样，是禀受天地之气而生、按照四时的法则而生长。人生天地之间，必须要依赖天地的运动和滋养才能生存。人的内环境必须与自然界这个外环境相协调、相一致，这就要求人对自然环境有很强的适应性。《灵枢·五癃津液别》已经发现汗水的排泄与体温、尿液三者存在关系，即天气炎热时，汗出得多借以散热；天气寒冷时，汗出得少，所以尿液会多。这显然是水液代谢方面对外环境的适应。人与自然这种相参相应的关系在《内经》中随处可见。无论是生理还是病理，无论是养生预防还是诊断与治疗，都离不开这种理论的指导。《内经》重视季节和疾病的关系，在《希氏文集·论瘟疫》中，希氏指出肺炎、胸膜炎、疟疾、痢疾等都属于夏季流行病。《内经》重视环境与患者乃至地域和疾病的关系，在《希氏文集·论空气、水和地区》中，希氏建议医生在进入陌生区域时，首先应当了解当地的气候、土壤、水质、居民的生活习俗等。
在防治疾病方面，《内经》和《希氏文集》共有一个很宝贵的思想，那就是认为各种疾病没有完全不可以防治的。《灵枢·九针十二原》用比喻方法说明了疾病的可治性。文中说疾病就好比身体被扎进了“刺儿”，好比皮肤沾上了“污渍”，好比绳子打成“结儿”，好比河道被淤泥所“阻塞”。而治疗就好比拔出扎进的刺儿，清洗干净身上的污渍，解开绳子的结儿，疏通开淤阻的河道一样。面对某些疾病一时之间束手无策时，主要是当时还未找到并掌握医治这种疾病的技术和办法。随着医学的发展进步，一旦掌握了新技术和更高明的办法，原以为是绝症的疾病也将有可能转变为可治之症了。
《内经》对于自然痊愈机能非常重视，如《素问·热论》就记载有热病“七日向愈”的说法。在《希氏文集·论瘟疫》中有同样的看法。希氏认为自然有治疗疾病的能力，它无需乎教导，就能做它应当做的事。希氏还着重不要妨碍自然的治疗过程。希氏认为医师的任务，是和自然合作，来帮助自然，这样才可以治愈疾病。