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在腧穴发展过程中，随着人们对它认识的不断深入，依据其分布特点﹑主治规律以及疾病在体表的反应等，将腧穴分为经穴﹑奇穴﹑阿是穴三大类。
凡归属于十二经脉与任﹑督二脉的腧穴，称为“十四经穴”，简称“经穴”。所有经穴都有具体的名称和固定的部位。这些腧穴都分布在十四经循行路线上，经穴的主治与所属经脉的循行分布关系密切，既能治疗经脉外行线上的病证，也能治疗经脉所连属的内在脏腑病证，临床应用十分广泛。
随着医疗实践的积累，经穴的数目经历了一个由少到多的过程。《灵枢·本输》详细记载了十一经脉（缺手少阴心经）五输穴的名称和具体部位，《灵枢·经脉》记载了十五络穴的名称和部位，这些穴位绝大多数都位于四肢肘膝以下，是经穴的重要内容；《素问·气穴论》则详细记载了头项和躯干部的经穴数目和名称。虽然《黄帝内经》中多次提到“三百六十五穴”以对应365天，但实际上记载有具体穴位名称者仅为160个左右。《针灸甲乙经》保存了东汉时期的腧穴专书《明堂孔穴针灸治要》的内容，经穴数目增加到349个。宋代《铜人腧穴针灸图经》将经穴增加到354个，明代《针灸大成》中记载的穴位则达到359个，清代《针灸逢源》一书共记载有361个穴位，即现在的十四经穴数目。经穴有单穴和双穴之分，任﹑督脉位于前后正中线上，为一名一穴；十二经脉左右对称分布，为一名双穴。在2006年9月18日发布的中华人民共和国国家标准（GB/T 12346—2006）《腧穴名称与定位》中，印堂穴由经外奇穴归至督脉（代码GV29），从而使经穴增加到362个。历代有代表性针灸医籍所载经穴数目，见表2-1。
表2-1 历代十四经穴数目发展简表
凡有具体名称和固定位置但尚未归入十四经的经验有效穴，统称为“经外奇穴”，简称“奇穴”。“奇”有奇异和奇特的意思。奇异是指奇穴的分布较为分散，大多数不在十四经脉循行线上；奇特是指一些奇穴对某些病证有奇特的疗效，如百劳穴治疗瘰疬﹑四缝穴治疗小儿疳积。
奇穴是在“阿是穴”的基础上发展起来的。历代文献对奇穴的记载很多，如《备急千金要方》载有187个奇穴，均散见于各类病证的治疗篇中。这些穴位的取法不同于经穴，所以人们把它们归属于奇穴。“奇穴”的名称首见于明代的《奇效良方》，该书列有“奇穴”专篇，收集了26个穴位。《针灸大成》始列“经外奇穴”一门，载有35个穴位。《类经图翼》也列有“奇俞类集”一篇，载有84个穴位。《针灸集成》汇集了144个奇穴。据《经外奇穴图谱》及其续集记载奇穴已达1595个。奇穴一般不在十四经脉循行线上，但也有例外，如崇骨﹑腰奇等穴，均位于督脉上。有些虽名为奇穴，其实就是经穴，如胞门﹑子户，实际就是水道穴；“四花穴”就是胆俞﹑膈俞左右四穴。有些奇穴是由多个点组合而成，如十宣﹑八风﹑八邪﹑华佗夹脊等。
阿是穴又称不定穴﹑天应穴﹑压痛点等。凡既无具体名称，又无固定位置，而是以压痛或其他反应点作为刺激的部位，统称为“阿是穴”。阿是穴多在病变附近，也可在远离病变处，多随疾病的发生而出现，随疾病痊愈而消失。
阿是穴因为没有具体的名称，位置也不固定，故也称为“不定穴”“天应穴”。溯本求源，这种取穴方法出自《黄帝内经》所说的“以痛为腧”，即压痛是确定阿是穴的主要依据，此外，还可能会有其他一些反应，如按压后症状减轻，或皮下有硬结并伴有压痛。
应当指出，并不是只有在阿是穴处才有压痛，当经络或其所属脏腑发生病变时，相关的经穴或奇穴也会出现压痛，这些部位出现压痛对诊断病证和准确取穴有重要意义，如奇穴中的阑尾穴﹑胆囊穴等，都是以所在部位的压痛或特殊反应作为取穴依据的。除位于病灶局部外，很多阿是穴往往分布在经络循行线上或经穴的附近，如牙痛常在手阳明大肠经循行线上有压痛点及条索状结节；腰腿痛多在肾俞周围出现压痛点等。取穴时也要遵循“以痛为输”的原则，如果压痛点与经穴位置相符合，则针刺经穴，如果不相符合则针刺压痛处。
十四经穴和奇穴都有具体的名称，腧穴名称是针灸学名词术语的重要组成部分。每一个腧穴命名都有其深刻的含义，正如《千金翼方》指出：“凡诸孔穴，名不徒设，皆有深意。”因此了解腧穴的命名意义，有助于我们熟悉腧穴的部位﹑功能和主治。腧穴名称释义所涉及的知识面比较广泛，包括天文﹑地理﹑哲学﹑音律以及中医基础理论等。
现将十四经腧穴的命名择要分类说明如下。
1.以天文学上日月星辰而命名 如上星﹑华盖﹑太乙﹑太白﹑天枢﹑太阳﹑紫宫﹑璇玑﹑日月等。
2.以自然界的地理形象而命名 如山﹑陵﹑丘﹑墟﹑谷﹑溪﹑沟﹑渎﹑海﹑池﹑泽﹑泉﹑渠﹑渊等。如承山﹑大陵﹑阴陵泉﹑阳陵泉﹑外丘﹑丘墟﹑曲池﹑合谷﹑小海﹑后溪﹑太溪﹑水泉﹑支沟﹑四渎等。此类命名多见于四肢部的腧穴。
3.以街、道、冲、处、市、廊而命名 如气街﹑水道﹑关冲﹑五处﹑风市﹑步廊等。
1.参照动、植物而命名 如鱼际﹑鸠尾﹑鱼腰﹑犊鼻﹑伏兔﹑攒竹﹑口禾髎等。
2.以用具物品而命名 如大杼﹑地机﹑颊车﹑缺盆﹑天鼎﹑悬钟等。
3.以建筑物类而命名 如巨阙﹑幽门﹑梁门﹑关门﹑期门﹑章门﹑京门，还有玉堂﹑中庭﹑紫宫﹑俞府﹑中府﹑气舍﹑库房以及气户﹑膺窗﹑天窗﹑天突﹑扶突﹑水突等穴。此类命名多见于前胸及上腹部的穴。
1.以腧穴所在的体表部位而命名
（1）以“天”字命名的穴多位于身之上部，如天突﹑天容﹑天窗﹑天牖﹑天顶等，天溪﹑天宗﹑通天﹑天池﹑天泉﹑天冲等。部位最低的是天枢穴，喻天地间之枢纽。
（2）以“地”字命名的穴多位于身之下部，如地机﹑地五会（地仓穴例外，此言地之物之仓库）。
（3）以“阳”字命名的穴多位于身之外侧和背腰部，如阳陵泉﹑阳交﹑阳丘﹑阳溪﹑阳谷﹑跗阳﹑阳池﹑腰阳关﹑至阳等。
（4）以“阴”字命名的穴多居身之内侧，如阴市﹑阴陵泉﹑阴包﹑阴交﹑阴谷﹑阴郄等。
2.以腧穴所在的解剖部位而命名
（1）以大体解剖名称而命名 如会阴﹑腕骨﹑曲骨﹑巨骨﹑乳中﹑乳根﹑耳门﹑京骨﹑束骨﹑兑端等。
（2）以脏腑解剖名称而命名 如六脏俞穴有心俞﹑肺俞﹑脾俞﹑肝俞﹑肾俞和厥阴俞；六腑俞穴有胃俞﹑胆俞﹑大肠俞﹑膀胱俞和三焦俞。俞穴皆为足太阳膀胱经经穴。
3.以人体生理功能而命名 如筋缩﹑魂门与肝有关，命门﹑志室与肾有关，魄门﹑神堂﹑神道﹑阳刚﹑胃仓﹑意舍等腧穴的命名皆与相应的脏腑的生理功能有关。此类腧穴多为足太阳膀胱经经穴和督脉经穴。
4.以经络、气血的关系而命名 如三阴交﹑三阳络﹑至阳﹑至阴；气户﹑气穴﹑气冲﹑气海；血海。
5.以腧穴的治疗作用而命名 如迎香﹑水道﹑水分﹑睛明﹑光明﹑听宫﹑听会等。