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经络系统密切联系周身的组织和脏器，在生理功能和病理变化方面都起着重要的作用。现将经络的作用和经络学说的临床应用分述如下。
经络在生理﹑病理和疾病的防治等方面具有重要作用。其能决死生，是因为经络具有联系人体内外，起着运行气血的作用；其能处百病，是因为经络具有抗御病邪，反映证候的作用；其能调虚实，是因为经络具有传导感应的作用。
人体的五脏六腑﹑四肢百骸﹑五官九窍﹑皮肉筋骨等组织器官之所以能保持相对的协调与统一，完成正常的生理活动，是依靠经络系统的联络沟通而实现的。由于十二经脉及其分支纵横交错，入里出表，通上达下，联系了脏腑器官，奇经八脉沟通于十二经之间，经筋皮部联结了肢体筋肉皮肤，从而使人体的各脏腑组织器官有机地联系起来。脏腑居于内，肢节居于外，其间是通过经络系统相联系。
人体的各个脏腑组织器官均需要气血的温养濡润，才能发挥正常作用。气血必须依赖经络的传注，才能输布全身，以濡润全身各脏腑组织器官，维持机体的正常功能。如营气之和调于五脏，洒陈于六腑，这就为五脏藏精﹑六腑传化的功能活动提供了物质条件。经络具有运行气血﹑协调阴阳和营养全身的作用。
在疾病的情况下，经络具有抗御病邪﹑反映证候的作用。经络中，孙络的分布范围很广，最先接触到病邪。当疾病侵犯时，孙络和卫气发挥了重要的抗御作用。在正虚邪乘的情况下，经络又是病邪传注的途径。当体表受到病邪侵犯时，可通过经络由表及里，由浅入深。经络是外邪从皮毛腠理内传于脏腑的传变途径。此外，经络也是脏腑之间﹑脏腑与体表组织器官之间相互影响的渠道。如心热移于小肠，肝病影响到胃，胃病影响到脾等，这是脏腑病变通过经络传注而相互影响的结果。
针灸防病治病，是基于经络具有传导感应和调整虚实的作用。针刺中的得气和气行现象都是经络传导感应的功能表现。人身经络之气发于周身腧穴，针刺操作的主要关键在于调气，所谓“刺之要，气至而有效”。当经络或内脏功能失调时，通过针灸等刺激体表的一定穴位，经络可以将其治疗性刺激传导到有关的部位和脏腑，以发挥其调节人体脏腑气血的功能，从而使阴阳平复，达到治疗疾病的目的。
经络学说在临床上的应用，主要表现在诊断和治疗两方面。
1.经络辨证 是以经络学说为理论依据，对患者所反映的症状﹑体征进行综合分析，以判断病属何经，并进而确定发病原因﹑病变性质及病机的一种辨证方法。由于经络有一定的循行部位和脏腑属络，它可以反映经络本身及所属脏腑的病证，因而在临床上，根据疾病所出现的症状，结合经脉循行的部位及所联系的脏腑，作为辨证归经的依据。如头痛，痛在前额部多与阳明经有关，痛在侧头部多与少阳经有关，痛在后头部多与太阳经有关，痛在颠顶部多与厥阴经有关。另外，临床上还可以根据所出现的证候进行辨证归经。如咳嗽﹑鼻流清涕﹑胸痛﹑上肢内侧前沿痛等，与手太阴肺经有关。
2.经络望诊 是通过观察经络所过部位皮表所发生的各种异常改变来诊断疾病的方法。经络望诊要注意观察全身经络穴位的色泽﹑形态变化，如皮肤的皱缩﹑隆陷﹑松弛，以及颜色的变异﹑光泽的明晦﹑色素的沉着和斑疹的有无等。诊察络脉所表现的各种不同颜色，是诊断不同病证的重要依据之一。
3.经络腧穴按诊 是在经络腧穴部位上运用按压﹑触摸等方法来寻找异常变化，如压痛﹑麻木﹑硬结﹑条索状物﹑肿胀﹑凹陷等，借以诊断疾病的方法。这一诊法常可为针灸临床治疗提供选穴的直接依据。经络按诊的部位多为背俞穴，其次是胸腹部的募穴以及四肢的原穴﹑郄穴﹑合穴或阿是穴等。
4.经络腧穴电测定 是利用经络穴位测定仪检测经络腧穴部位的电学参数，借以判断各经气血之盛衰的方法。测定内容主要包括经络穴位皮肤的电阻或电位。由于人体腧穴具有低电阻特性，并且还受疾病等因素的影响而发生变化，因此，测定这些变化对于诊断经络脏腑疾病和选取治疗穴位都有重要的参考价值。
1.指导针灸治疗 针灸临床选穴一般是在明确辨证的基础上，除选用局部腧穴外，通常以循经取穴为主，即某一经络或脏腑有病，便选用该经或脏腑的所属经络或相应经脉的腧穴来治疗。例如上病下取，下病上取，中病旁取，左右交叉取以及前后对取等。如胃痛循经选取足三里﹑梁丘；胁痛循经选取阳陵泉﹑太冲；前额阳明头痛，循经选取上肢的合谷穴和下肢的内庭穴等。《四总穴歌》说：“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，面口合谷收。”这就是循经取穴的很好说明。此外，根据皮部与经络脏腑的密切联系，临床上常用皮肤针叩刺皮肤﹑皮内针埋藏皮内来治疗脏腑经脉的病证；根据“菀陈则除之”的原则，临床上常使用刺络出血的方法来治疗一些常见病，如目赤肿痛刺太阳出血，咽喉肿痛刺少商出血，急性腰扭伤刺委中出血等；经筋的病候多表现为拘挛﹑抽搐等症，治疗多局部取穴等。这些都是经络理论在针灸临床上的应用。
2.指导药物归经 药物按其主治性能归入某经或某几经，简称药物归经，它是在分经辨证的基础上发展起来的。因病证可以分经，主治某些病证的药物也就成为某经或某几经之药。此外，中医各科药物的临床应用也有很多是以经络特殊联系的原理为依据的，如目病有时可以不治目而用补肝的方法，因为肝脉上通于目；口舌生疮，可清泄小肠，是根据心与小肠为表里，心火上炎，可以导火下行，两经经脉有密切的联系。