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女性生殖器畸形可分为 3 类：一类是先天性畸形；一类是内分泌的畸形；还有一类是不明原因的畸形。
先天性生殖器畸形，是指“中肾管”与“中肾旁管”的发育愈合不良，发生种种程度的不完整，终于形成种种反常的子宫与阴道。生殖器与泌尿组织除了膀胱之外，都同时由尿生殖嵴发展而来，在尿生殖嵴中，形成两个导管：一个是中肾管；另一个是中肾旁管。生殖始基亦在此嵴上形成的，它在正常的时候分化为卵巢或睾丸。原始生殖素可继续成为细精管，如果是男女两型发育，都有继续趋势，可形成卵巢模样的睾丸，有生殖索偏重于睾丸结构的特质，长留在卵巢会形成巢男胚瘤。
中肾旁管组织早期实心索向尾端生长，而不变成导管，就会渐成“无阴道状态”。处女膜，平时留有一孔，但如果是一个完整膜，就形成无孔处女膜。无孔处女膜，在青春期以前是不易注意或发现的，常要等到月经来潮之后，发生阴道血肿、子宫血肿、输卵管血肿才被发现的。