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男性生殖器分为内生殖器和外生殖器。男性内生殖器包括睾丸、输精管道和附属腺体。睾丸是产生男性生殖细胞（精子）和分泌男性激素的生殖腺；输精管道是输送精子并将其排出体外的管道，包括附睾、输精管和射精管等；附属腺体有精囊腺和前列腺。它们的分泌物与精子共同组成精液，并对精子具有营养和促进其活力的作用。男性外生殖器包括阴茎和阴囊。
睾丸位于阴囊内，左右各一。形态呈扁卵圆形，表面光滑，分为内、外侧面，前、后缘和上、下端。后缘有血管、神经和淋巴管出入。
睾丸表面有一层坚厚的致密结缔组织膜，称为睾丸白膜。睾丸后缘的白膜增厚，伸入睾丸内部并发出一些小隔，呈放射状展开，将睾丸实质分隔为许多锥形的睾丸小叶。每一睾丸小叶由精曲小管盘曲而成。各小叶中的精曲小管在接近睾丸后缘处互相交织成网，并从网发出12～15条睾丸输出小管，穿出睾丸后缘的上部，进入附睾头部。精曲小管的上皮是精子发生的部位。精曲小管之间的结缔组织内有分泌男性激素的细胞，称为间质细胞。
睾丸的功能是生成精子和产生雄激素。精子由睾丸内曲细精管中的精母细胞产生。雄激素由睾丸曲细精管之间的间质细胞分泌。当雄性激素进入血液后，大部分与蛋白质结合，少部分呈游离状态。雄性激素转变为17－酮类固醇，由尿中排出。雄激素含量在青春期前很低，青春期后迅速升高，80岁以后含量明显下降。
睾丸产生的雄激素有如下生理作用：刺激雄性附性器官的发育并维持其成熟状态。若切除睾丸，则前列腺、精囊、阴茎均萎缩；刺激雄性副性征的出现，并维持其正常的状态。男性喉结突出、声音低沉、胡须以及毛发分布等特点，都是在雄激素作用下发生的，若在青春期前切除睾丸，则男性副性征将逐渐退化；高浓度的雄激素能刺激曲细精管产生精子；维持正常的性欲；促进蛋白质合成特别是肌肉以及生殖器官的蛋白质合成，减少尿氮排出，因而能促进生长发育；能抑制黄体生成素分泌，刺激红细胞生成。
睾丸活动的调节一方面受下丘脑——腺垂体调节，另一方面受雄激素在血中浓度的反馈调节。来自环境的刺激通过中枢神经系统到达下丘脑，下丘脑接受了神经系统其他部位传来的信息，经单胺神经元汇集于下丘脑促性腺激素，刺激促性腺激素释放激素。激素经垂体门脉系统运送到腺垂体，促进腺垂体分泌促卵泡刺激素和黄体生成素的释放。促卵泡刺激素和黄体生成素进入血液，随循环到达睾丸。前者作用于曲细精管，促进精子生成。后者作用于间质细胞，刺激间质细胞发育并分泌睾酮。当血中睾酮浓度升高，下丘脑腺垂体区神经细胞即发生抑制，激素分泌减少，进而黄体生成素分泌减少，当血中睾酮浓度降低时，激素分泌增多，而黄体生成素分泌随之增加。通过这种反馈抑制，使血中睾酮浓度稳定在一定水平。此外，支持细胞分泌的抑制素，亦能抑制腺垂体分泌卵泡刺激素。
附睾紧贴睾丸的上端和后缘。可分三部：上端膨大称为附睾头；中间扁圆，称附睾体；下端较细，称附睾尾。
附睾表面有一层白膜。附睾头由睾丸输出小管弯曲蟠绕而成，各输出小管的末端汇入一条附睾管。附睾管很长，向下方迂回曲折，构成附睾体和附睾尾。附睾管的末端向后上方弯曲，则成为输精管。
附睾有贮存精子的作用，还分泌液体供给精子营养，促进精子继续发育成熟，并增强其活力。附睾为男性生殖器结核病前发处，在病变部位往往出现硬结。
输精管是附睾的直接延续，长约5cm。输精管行程较长，沿睾丸后缘及附睾内侧上升，参与组成精索。此段在进入腹股沟管浅环以前，位置比较表浅，容易触及，呈圆索状，具有一定的坚实感，常为施行输精管结扎术的部位。输精管经腹股沟管进入盆腔，立弯向内下方，经输尿管末段的前上方至膀胱底部，两侧输精管逐渐接近，其末端与精囊腺排泄管会合。
射精管，由输精管末端与精囊腺排泄管汇合而成。从前列腺底穿入前列腺，末端开口于尿道前列腺部。
前列腺位于膀胱与尿生殖器之间，包绕尿道根部。其形状和大小均似前后稍扁的梨子。上端宽大，下端尖细，体的后面较平坦，贴近直肠，可经直肠指诊触及。前列腺由腺组织、平滑肌和结缔组织构成。前列腺的排泄管细小，数目较多，均开口于尿道前列腺部的后壁。
小儿前列腺很小，性成熟期迅速生长。老年人腺组织逐渐退化，常见腺内结缔组织增生，形成前列腺肥大，可压迫尿道，引起排尿困难。
阴囊为一皮肤囊袋，位于阴茎后下方。阴囊壁由皮肤和肉膜组成。肉膜是阴囊的浅筋膜，含有平滑肌纤维，可随外界温度的变化而舒缩，以调节阴囊内的温度，有利于精子的生长发育。在正中线，肉膜向深部发出将阴囊腔分为左、右两部，容纳睾丸和附睾等。
阴茎分为头、体和根三部分。阴茎头的前端有矢状位的尿道外口。阴茎头与阴茎体交接处缩窄，称为阴茎颈，临床称冠状沟。
阴茎主要由两个阴茎海绵体和一个尿道海绵体构成，外面包有筋膜和皮肤。阴茎海绵体左、右各一，互相紧密结合，并列于阴茎的背侧部。前端嵌入阴茎头底面的凹陷内，后端成为左右阴茎脚，附着于耻骨弓。尿道海绵体呈细长圆柱形，位于两个阴茎海绵体的腹侧，有尿道贯穿其中，前端显著扩大成阴茎头，后端稍扩大成尿道球。