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旗舰并不是一成不变的。通常来说，指挥官都会选择舰队中最优秀的舰艇作为自己的座舰。但是也有例外，比如原旗舰因故维修，或者战斗中原旗舰受创过重不能再但当原有职责，这是舰队指挥官一般会按计划或就进选择舰艇作为旗舰——登舰并升起自己的旗帜，保证战斗继续顺利进行。如果指挥官因故不能指挥，则按照原定计划顺次由相关军官升旗指挥。
在著名的日德兰海战中，德方舰队司令莱茵哈特·舍尔就曾几度更换旗舰进行指挥。而在更早的中日甲午海战中，清朝舰队却因为开战初期失去指挥而混乱异常，很难说这和战斗的最后结局是否有着直接的关系。