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旗舰是一个统称，任何实际起到指挥作用的舰艇都可以称做旗舰。但一般而言，一个舰队中只有一条主要旗舰（即舰队指挥官长期乘坐的舰艇），同时也会指定某些舰艇为预备旗舰，以应对一些特殊情况。同时对于大舰队而言，可能下辖几个分舰队，因而除了总旗舰外，每个分舰队也都有对应的旗舰进行指挥。
旗舰的设置旗舰（指挥舰）有两种设置方法：一种是常年固定一艘舰艇为旗舰。如美国海军几个舰队的旗舰基本上是固定的，第二舰队的旗舰是“惠特尼山”号（LCC－20）两栖指挥舰；第三舰队的旗舰是“科罗纳多”号（AGF－11）运输舰；第六舰队的旗舰是“贝尔内普”号（CG－26）导弹巡洋舰；第七舰队的旗舰是“蓝岭”号（LCC－19）两栖指挥舰；中东部队的旗舰是“拉萨尔”号（AGF－3）运输舰。
另一种方法是根据当时情况，临时指定舰只担任旗舰。旗舰（指挥舰）顾名思义要承担海上作战的组织指挥任务，有较高的要求，不是什么舰船都可担任的。旗舰是根据舰队、编队在海上作战指挥任务的要求，进行专门设计建造的。
一般来讲，旗舰由于要担任较复杂的海上作战指挥任务，所以该舰要比其他舰船有着更加完备的观察通讯器材。如果不是专门设计建造的舰船，要担任旗舰，就必须进行一些必要的改装，使其适应指挥的要求。
