旗舰，亦称指挥舰，是海军舰队、海上舰艇编队的指挥所，或是舰队、编队指挥员所在的舰。旗舰的名称来自于一些外国海军指挥舰通常悬挂有该级指挥员的代旗（也称首长旗、司令旗）。
如美国海军上将旗为蓝底4颗白色五星；中将旗为3颗白色五星；少将旗为2颗白色五星；准将旗为1颗白色五星。在海上见到挂有代旗的军舰，就可知道该舰是哪一级军衔军官担任指挥员的旗舰。所以舰队或编队指挥官乘座的指挥舰称为旗舰。但是有些国家海军不设代旗制度，故称为指挥舰。 mL+COy4BEL/LLRa0wCs01YhzMD9RPpqOpBIXNDLvG3f4uB21jNZxR0QamDvwA+9m
