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征服印度后，在居鲁士的视野里便只剩下巴比伦王国了。巴比伦王国控制着中东地区最肥沃的土地，它的富有让人羡慕不已，巴比伦城是当时世界上最大的城市，那里有奇迹般的空中花园，有美轮美奂的通天塔。而且巴比伦人原是米底亚王国的盟国，现在又与埃及结成了反波斯的同盟。居鲁士不能容忍一个富有的反波斯的巴比伦王国的存在，现在他已征服了东西部广大地区，波斯人已成为了“亚洲的统治者”，踌躇满志的居鲁士决定征服巴比伦。
而此时的巴比伦已是江河日下，虽拥有广大的地盘，但只是徒有虚表，其内部的重重矛盾使得它根本无法与蒸蒸日上的波斯相抗衡，更何况波斯拥有居鲁士这样伟才大略的人物。前538年，居鲁士率大军进攻两河流域，10月，波斯、巴比伦在底格里斯河西的亚述古城奥庇斯展开大战，巴比伦的军队遭到败绩，整个巴比伦已无心抵抗。10月13日，居鲁士的波斯军队进入了巴比伦城，他们没有遇到任何抵抗。不久，巴比伦王国的末王郡波尼德也被俘，巴比伦王国灭亡，两河流域的历史从此便掀开了新的一页。
居鲁士在短短的10余年时间里，通过军事征服，建立了一个庞大的帝国，在不停的征服中，居鲁士显示了他的军事天才，同时，他还是一个卓越的仁慈的政治家。居鲁士并非一味地靠武力征讨而创建其帝国，他不喜欢极为残忍的征服，尤不像亚述帝国那样的以烧杀掳掠为能事。居鲁士常表现得极为宽厚，他尊重被征服地区的宗教和风俗，从不把波斯的宗教强加于被征服的地区。居鲁士征服巴比伦后，在新年里，他遵照巴比伦的习俗，握住马都克神像的手，显示他是巴比伦正统的王者。他把巴比伦王掳掠到巴比伦城的神像又都送还原地，由此而受到各地僧侣的欢迎。在征服巴比他后，居鲁士释放了“巴比伦之囚”，使被囚禁的四万多名犹太人重归故里，允许犹太人在耶路撒冷重建圣殿，居鲁士的这一决策意义实在重大，影响也足够深远，没有居鲁士的开释，犹太人作为一个独立的民族有可能就会消失。
居鲁士的宽大政策或许有其政治上的目的，但这不会减损他的伟大，他由此获得极大声望，以至于叙利亚人和腓尼基人都对他表示效忠，希腊人虽然视居鲁士的波斯为最大敌人，但他们对居鲁士还是充满了崇敬之情。