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家畜粪便可传染人畜共患的疾病，如绦虫病、布氏杆菌病、炭疽、钩端螺旋病、口蹄疫等；家畜棚圈的空气中还含有大量的灰尘、飞沫和致病菌，容易传播肺结核、猪气喘病、流感等疾病。
农村家畜棚禽圈的选择，如是天井式院落，可把棚圈设在东西厢房的南面墙角；如是前庭后院式，设在后院，尽量远离居室的下风向。前院式设在西厢房南侧。因此，人畜不但要分居，而且要正确选择建家畜家禽栅圈的位置；并且距水源应不少于30米。棚圈建在朝南方向，可达到冬暖夏凉的目的；每天要清扫棚圈一次，保持通风干燥。
有些农村，习惯于家畜家禽放养，很不卫生，要改变这种状况。