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水是人们生产和生活中不可缺少的物质，水环境的质量直接影响人们的身体健康。由于水是自然环境中迁移、循环的重要介质，人类活动产生的污染物很大一部分以水溶液的形式排入，所以，化学物质易于进入水体，并产生以下危害：
1.在一些地区的水中，由于某种微量元素过多或缺乏，会引起生物地球化学性疾病，也就是我们说的地方病。能够引起人和动物地方病的微量元素主要有钴、镍、氟、砷、铜、硼、钼、铝、碘、锌等。有些地区的水、粮食作物缺碘，生活在这个地区的人都会得碘缺乏病（俗称粗脖子）；长期生活在水含氟量高的地区，人们会患地方性氟中毒，表现为满嘴黄牙、黑牙、烂牙和弯腰驼背。
2.当饮水中的有害物质超过容许浓度时，人饮用后就可能产生急性和慢性中毒，如氰化物在水中含量过高时，人饮用后就会产生急性中毒；环境污染常是有害物质浓度高，长期饮用该环境的水，人群中产生慢性中毒。
3.我国台湾省西南沿海地区，皮肤癌发病率与饮水中的砷有关；长期饮用江水的哈尔滨居民中胃肠道恶性肿瘤明显比饮用地下水的居民多；还有些水中含甲基汞、西维田、敌枯双等，饮用后使胎儿发育异常而出现先天性畸形；饮水中含有氯化甲烷、溴代甲烷、溴仿、氯丹等，饮用后发生不孕、流产、死胎、畸胎等。
4.公害病也是环境污染造成的地区性中毒性疾病，如日本水俣湾附近由于受到水俣化肥厂排出的甲基汞污染而发生的“水俣病”。病人四肢麻木、运动失调、语言和听力障碍，肢体痉挛、麻痹、意识障碍，甚至死亡。
5.病菌、病毒可随人畜粪便、污水及其他污物进入水中，引起肠道传染病。