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汤显祖认真并虔诚地学道、学佛，还都拜了名师，他的著作都受到道佛的明显影响。《牡丹亭》也不例外，剧中写及宗教文化和神秘文化之处很多，剧中诸人对此皆深信不疑。除了奇异的梦幻之外，《牡丹亭》主要描写了以下内容：
杜宝虽然是儒家的信徒，他对神秘文化也很相信，尤其是因果报应。第五出《延师》杜宝自赞“为政多阴德”，竟然好人没有好报，连儿子也不生一个。阴德，指做善事而不为人知。古代人认为，积阴德的人将来子孙会发达。典出《汉书·丙吉传》：“臣闻有阴德者，比飨其乐，以及子孙。”《汉书》又记载汉代东海小吏于公，治狱清廉，拯救无辜，后来他的儿子于定国（？—前40）也是一个清官能吏，于汉宣帝时官至丞相。
第二十出《悼殇》杜宝对夫人哀叹：“夫人，不是你坐孤辰把子宿嚣，则是我坐公堂冤业报。”他相信八字命理和报应之说。
第十六出《诘病》杜宝听到夫人相请，他上场时说：“肘后印嫌金带重，掌中珠怕玉盘轻。”前句说年老倦于为官，后句怕女儿养不大。他与夫人商议女儿病情时，批评夫人平时太娇惯女儿，所以女儿的心理忍受力就差：“则是你为母呵，真珠不放在掌中擎，因此娇花不奈这心头病。”
古代直到民国时期，不少人家，忧心于子女因多病多灾而养不大的，多到庙里去为孩子拜一个继父或师父。前者例如当代著名篆刻家韩天衡
，后者例如鲁迅的“我的第一个师父”。
甄氏坚信宗教的力量。她与丈夫商议女儿病情时，哀叹：“无官一身轻，有子万事足。”我看老相公则为往来使客，把女儿病都不瞧。好伤怀也。接着决定：一边叫石道姑禳解，一边教陈教授下药。知他效验如何？正是：“世间只有娘怜女，天下能无卜与医。”
她还坚信冲喜可以解灾，第十八出《诊祟》，春香报告丽娘：“老夫人要替小姐冲喜。”丽娘说：“信他冲的个甚喜？到的年时，敢犯杀花园内？”
杜丽娘不是不信冲喜，而是针对自己的病乃梦中姻缘无法实现而起，不是一般的疾病，深知无法化解。她也非常相信神秘文化的，例如算命。
判官询问花神时，花神证明杜丽娘的供词，是梦见秀才，偶尔落花惊醒。判官立即怀疑：“敢便是你花神假充秀才，迷误人家女子？”判官也相信人世间会有妖魔鬼怪作祟害人。
第三十二出《冥誓》杜丽娘正要说破自己是鬼魂，柳梦梅说：“不是人间，这是花月之妖。”
第二十七出《魂游》，本出是正面描写，可知作者对此坚信不疑：鬼魂可在夜间出现和行动。
第三十出《欢挠》柳梦梅问杜丽娘鬼魂：“你来的脚踪儿恁轻，是怎的？”这是古代人们认为鬼魂无身有形，行动轻捷飘摇，故云。
第三十三出《秘议》，石道姑听柳梦梅介绍自己与杜丽娘鬼魂的恋爱经历，不禁吃惊相问。“（净）既是秀才娘子，可曾会他来？（生）便是这红梅院，做楚阳台，偏倍了你。（净）是那一夜？（生）是前宵你们不做美。（净惊介）秀才着鬼了。难道，难道。（生）你不信时，显个神通你看。取笔来点的他主儿会动。（净）有这事？笔在此。（生点介）看俺点石为人，靠夫作主。你瞧，你瞧。（净惊介）奇哉，奇哉。主儿真个会动也。小姐呵！”
石道姑也认为柳梦梅与杜丽娘鬼魂幽会是“着鬼”了，但柳梦梅为了说服石道姑开棺，就显示神通给她看：笔点灵牌上的字，主儿竟然动了起来，不由石道姑不信。
第四十八出《遇母》，夫人看到爱女的鬼魂也怕极，以为她是活现了，急叫春香：“有随身纸钱，快丢，快丢。”古人信鬼，旅行必带纸钱，用以祭奠路遇之鬼魂，以求一路平安。春香虽然辗转逃生，仍然不忘随身携带纸钱，故能招之即来，及时运用。
杜丽娘的鬼魂向东岳夫人稽首，请求：“魆魆地投明（证明）证明，好替俺朗朗的超生注生（两词同义）。”超度、重新投生，都是佛教理念，作者正面描写杜丽娘相信这个佛教理念，也在一定程度上代表着汤显祖本人的信念。
第四十四出《急难》，杜丽娘上场首曲首句即唱：“晓妆台圆梦鹊声高。”圆梦鹊声高，喜鹊鸣声喳喳，好像是为我圆梦卜吉。古代人们认为喜鹊是一种吉祥之鸟，听到鹊声，意味着有好事到来。圆梦，解说梦中之事，附会于人，以推测凶吉。
占卜、算命、测字，是小说、戏曲最为常见的，《牡丹亭》牵涉的例子也多。
第十八出《诊祟》，陈最良奉杜宝之命，为杜丽娘诊脉，临别时，丽娘问他：“师父且自在，送不得你了。可曾把俺八字推算么？”陈最良回答：“算来要过中秋好。”
第二十出《悼殇》，杜丽娘在中秋之夜，对春香说：“听的陈师父替我推命，要过中秋。”陈最良为杜丽娘推命，说她中秋节后要死亡。丽娘牢记此言，认为中秋即将应验，她果然在这一天命归黄泉。
第二十三出《冥判》是游戏之作，汤显祖明知无所谓民间流传甚或相信的阴司有判官审理鬼魂的事实，他用神秘浪漫主义手法虚构这个场面，为杜丽娘的复活这个规定情节服务。其中不少细节描写，充溢着神秘文化的信仰。例如杜丽娘说自己梦见一秀才，甚是多情；梦醒后题诗一首：“不在梅边在柳边”。判官说：“谁曾挂圆梦招牌？谁和你拆字道白？”拆字道白，又称测字、相字，古代的一种占卜方法。术士让求卜者任意举出一个字，然后予以分合增减，根据求着提出的疑问而随机应变地解释，以定吉凶。判官也信算命占卜。
第三十九出《如杭》，杜丽娘复活后，和柳梦梅刚到杭州，就闻知各路秀才，都急赴考场，杜丽娘要柳梦梅只索快行，赶去赴考，并把酒送行，柳梦梅说：“夫荣妻贵，八字安排”，意思是说富贵是命定的。八字，古人出生的年、月、日、时，均用干支表示，称为八字，认为人的一生命运，和出生的八字有关。
学者一般对此类描写都做否定性批判，并因此而批评汤显祖有时代局限等。这样的批评是不正确的。不要说汤显祖相信此类神秘文化，当代名家名作（其中有多部荣获茅盾文学奖的长篇小说）也多正面描写此类内容
，这不是“封建迷信”一个恶谥可以批倒和抹杀的，我们需要反复、深入探讨才能理清其中的含义和意义。