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本书使用的资料主要包括东华三院档案、政府档案，以及中英文报纸与期刊等等。需要指出的是，在这些资料中，因为记录者的差异，那些没有话语权的主体显然缺乏表达声音的渠道。因此，遗憾的是，在本书考察的中西医互动关系中，相对于政府、西医医生和董事局来说，作为弱势群体的中医医生和华人患者，它们的声音是微弱的甚至是失语的，很多时候只能通过西医医生或董事局才能得以表达。正因如此，这种表达或多或少地带有某种扭曲，也在一定程度上令本书对于中西医关系的分析不够全面。当然，在个别统计资料上，不同机构提供的资料可能有所差异，但总体上不会影响对相关问题的分析结果。以下对这三种资料做一简单介绍。
关于东华三院档案，该院文物馆已经做了相当详细的分类，
主要包括征信录、董事局会议纪录、政府公函（华民政务司来函）、致政府书函和院务报告书等资料，
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而这五种也是本书使用的主要资料。
征信录（annual report）主要记录医院每年的收支情况、捐款善长芳名、医院留医与门诊数、种痘人次、入院患者死亡碑号以及资遣难民数量等，当然个别年份还附有医院历届总理、值理、协理和永远顾问名单以及医院相关条例和规定。在东华三院征信录当中，现存最早的一卷是1873年，最晚的是1935年，其中东华医院共有44卷，广华医院共有21卷，另外广华医院及东华东院征信录（联名）共有4卷，东华医院及东华东院征信录（联名）共有2卷，倡建广华医院征信录共有1卷。
董事局会议纪录（minutes of board meetings）主要记载历次董事局会议的相关讨论议题。该纪录除了登记与会人员名单之外，所有讨论议题内容和与会人员的意见都尽量如实记载。与政府档案不同，这些资料最能反映董事局总理在相关议题上的独立观点，可弥补在涉及医院改革问题上只能看到的政府方面的片面意见，可用以审视董事局与港英政府之间的复杂关系。现存最早的董事局会议纪录可以追溯到1903年，其后每年都有一卷记录，到1941年为止共有39卷。
政府公函即华民政务司来函（letters from the Registrar General/Secretary for Chinese Affairs），
主要是政府方面发给东华的相关函件，这些函件内容涉及东华服务的各个方面。而作为答复政府来函或主动向政府表达意见，东华方面也会向华民政务司署去函，这部分函件被归类为致政府书函（letters to the Secretary for Chinese Affairs）。前者主要涵盖1911～1937年（1912年缺失）的各种来函，而后者主要包括1918～1926年和1935～1941年的相关函件。
院务报告书（annual report）同征信录一样也主要记载医院每年的财政状况和相关服务，不过其格式与征信录有很大差异，征信录主要通过条目的方式列举各项记录与活动内容，而院务报告书的内容则更加详细，以文字叙述为主，而且中英文对照。在1941年之前，文物馆共收藏8份院务报告书，时间涵盖1929～1935年和1940年。
根据《东华三院文物馆文献年份表》所示，除上述几种资料之外，还有其他各种相关文献，不过因为它们不是本书重点的使用资料，这里便不予详细介绍。
因为东华与政府之间的紧密关系，政府相关档案也会记录有关东华的活动，当然，其中也包括大量针对东华的相关评论，这部分资料成为理解政府如何看待东华的重要文本。
作为研究香港管治历史最为重要的档案之一，英国殖民地部档案（British Colonial Office Records，C.O.）和外交部档案（British Foreign Office Records，F.O.）中包括诸多涉及东华事务的相关档案。前者主要包括C.O.129，C.O.131和C.O.133，而后者主要涵盖F.O.17和F.O.228。
在这两类档案中，涉及东华议题的档案主要包括医院创建与开幕过程、医院董事局政治功能、医院财政状况、医院与1894年鼠疫危机以及东华医院改革等。当然，在这些档案中，政府不同部门发表的年度报告和涉及东华的调查报告也会添附其中，在某种意义上，它们可以说是政府档案中记录东华活动最为详细和集中的部分。
东华作为华人慈善组织与医疗机构的多重身份，其事务成为不同政府部门的关注对象，尤其是医务署（Medical Department）和总登记官司署（华民政务司署）的年度报告都会专门介绍东华的活动，其内容详细程度每年各有不同。
当然，这些年度报告连同其他涉及东华的相关报告和条例也会在不同的政府刊物和官方会议纪录中刊登和记载，比如《香港政府公报》（
Hong Kong Government Gazette
，又称《香港政府宪报》）、《香港立法局会议纪录》（
Hong Kong Sessional Papers
）、《香港立法局议事录》（
Hong Kong Hansard
）、《香港政府行政报告》（
Hong Kong Aministrative Reports
）和《香港蓝皮书》（
Hong Kong Blue Books
）等。
除上述年度报告之外，在涉及东华以及香港医疗与卫生事务的诸多调查委员会报告中，东华作为香港医疗卫生体系的重要组成部分，其服务与发展方向也是政府重要的考虑议题。在这些调查报告中，对于了解东华医院早期历史最为重要的报告首推上述提到的《1896年调查东华医院委员会报告书》，该报告长达200多页，除了三份调查委员会提交的主题报告之外，还附有证人证词，以及涉及义祠事件、医院创建缘起和医院改革方向的相关备忘录和来往函件。 [34]
中英文报纸与期刊是本书使用的另外一种重要资料，其中主要包括《德臣西报》（ China Mail ）、《孖剌西报》（ Hong Kong Daily Press ）、《士蔑西报》（ Hong Kong Telegraph ）、《香港周报》（ Hong Kong Weekly Press ）、《申报》、《华字日报》和《香港工商日报》等报纸；另外，也包括诸如《中国博医会报》（ China Medical Missionary Journal ，1907年更名为 China Medical Journal ）、《柳叶刀》（ The Lancet ）、《英国医学杂志》（ British Medical Journal ）、《热带医学杂志》（ Journal of Tropical Medicine ）、《美国医学科学杂志》（ American Journal of the Medical Sciences ）、《公共卫生报告》（ Public Health Reports ）与《约翰霍普金斯医院公报》（ Johns Hopkins Hospital Bulletin ）等期刊。 [35] 需要指出的是，在使用上述报纸资料进行分析的时候，必须注意区分中英文报纸对于东华相关报道和评论的不同态度。经过分析相关报道，可以发现由外国人主办的英文报纸对于东华的态度显得较为偏见和敌意，尤其在涉及东华三院的政治功能和医疗弊端等问题上，它们经常予以尖锐的批判和抨击。
上述几种是本书使用的主要资料，当然医院出版的各种编年史文献、医院刊物以及涉及东华的中外人士的回忆录也会在文中有所运用，限于篇幅，这里不做详细介绍。 [36]