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为了进一步协调民族关系、妥善处理民族团结问题，1999年，云南在全国率先实施了民族团结目标管理责任制，建立了民族团结稳定工作的长效机制，对民族团结工作进行规范管理。
民族团结目标管理责任制是云南省维护民族团结、边疆稳定的一项重要机制保障。这项制度以责任制的形式，将涉及民族团结、边疆稳定的各项工作任务进行量化，分解到各级党政部门的相关单位和组织中，通过每年逐级签订《民族团结稳定目标管理责任书》的方式，按照“党政动手，各尽其责，依靠群众，化解矛盾，维护稳定，做到小事不出村，不出厂矿，大事不出乡镇，矛盾不上交”的原则，坚持“团结、教育、疏导、化解”的方针，层层落实到各级党政组织和基层组织，采取目标管理、逐级考核、标准量化、百分考评的方式进行量化考核。年初签订责任制，年内进行检查督促，年末考核并兑现奖惩。其目的在于通过“属地管理、分级负责”“谁主管、谁负责”的原则认真抓落实，力争把矛盾解决在基层，处理在萌芽状态。
民族团结目标管理责任制，是一套严密而科学的目标管理体系。整套制度包括目标的制定、目标的展开、目标的传递、目标的实现、目标的考核，五大目标管理过程。目标的制定，包括总体目标、工作方针和具体措施的制定；目标的展开，包括各级民族工作部门围绕总目标，结合当地具体情况层层细化和完善，从而形成一整套的目标体系；目标的传递，包括目标要求的层层分解以及目标责任的逐级落实；目标的实现，包括事件发生前的预案，事件发生后的正确处理和及时上报；目标的考核，包括对目标实施过程中的督查，阶段性的科学考核以及合理的激励手段。而这些目标管理过程又通过领导、宣教、示范、反馈、协调、预警、应对、督查、考核、激励十个机制来加以实现。
目标管理责任制的内容，在实践中不断完善。这一制度开始实施时，目标管理的基本要求和主要考核内容包括积极争取党委、政府对民族工作的领导，把民族工作纳入党委、政府的议事日程；在辖区内全面签订责任书；认真开展马克思主义民族观、党的民族政策和民族法律法规的宣传教育；主动采取措施，积极协调、化解、排查、调处影响民族团结的矛盾纠纷；加强调查研究，不断总结经验等。
在实践中，结合民族工作的时代律动，目标管理责任被不断赋予了新的内涵。例如，2010年，根据形势需要，责任书中增加了认真落实中央和云南省委藏区工作会议精神情况、认真做好新疆籍务工人员的管理服务、认真进行民族团结进步创建活动、认真开展城市民族工作、认真开展民族关系分析暨团结稳定形式、每年召开民族工作会议等内容和评价指标。
考核指标体系与时俱进，不断完善，保证了目标管理责任制的生机和活力，使这一制度更具针对性和实效性。
责任书签订的范围，在实践中不断延伸。1999年，目标管理责任书仅在民委系统中签订，当年省民委仅与16个地、州民委签订了责任书。之后，逐步延伸。截至2010年6月，民族团结目标管理责任制已覆盖云南省所有16个州（市）、129个县（市、区），全省全部1335个乡（镇）、9929个村（居）委会和社区，以及205个企业、33个农场、1890个宗教活动场所、920个其他活动场所，共签订责任书14312份。
形成了上下左右、方方面面配合，齐抓共管，“横向到边、纵向到底”的系统化、网络化的工作格局。
民族团结目标管理责任制这一量化管理、分级负责、分层落实民族团结工作目标的崭新的工作机制，强化了基层自觉做好民族团结工作的意识，加强了各有关部门之间的联系和合作，使各类影响民族团结、社会稳定的矛盾纠纷和隐患得到及时排查调处，在实施不长的时间内就取得了显著的成效，民族地区各类影响民族团结的矛盾纠纷呈现减少的良好态势。以红河哈尼族自治州为例，仅在2002年，这个州的民族工作部门就调处或参与调处矛盾纠纷164件，涉及人数8065人，比上年减少94件，下降率达36.43%，人数减少3332人，下降率为29.24%。从云南省的情况来看，全省民委系统仅2009年一年，就排查调处各类矛盾纠纷隐患89件，涉及群众48646人，
有力地维护了云南的民族团结和社会稳定。
民族团结目标管理责任制的实施，是云南民族工作适应社会主义市场经济发展的一次创新，是云南民族工作应对云南民族地区在市场经济大潮的冲击和震荡下，因经济利益调整而引发的各种新、旧矛盾不断增多，影响民族团结的突发事件、群体性事件频频出现的情况，而进行的一次重大变革。它把现代公共管理中的相关理论与云南民族工作的实际相结合，形成了制度化、规范化、科学化的民族团结系统管理工程。使传统的民族团结工作方式实现了从被动到主动的转变，从局部分散运作状态到网络化系统化运行状态的转变，从单一工作职能向综合性工作职能的转变。
民族团结目标管理责任制实施十多年来，在预防、处理影响民族团结的矛盾纠纷过程中发挥了巨大的作用，改变了过去一些地方在民族团结稳定工作方面平时过问少、研究少，遇有问题时相互推诿，上交矛盾等种种弊端，显示出了勃勃的生机与活力，成为云南做好民族工作、维护民族团结、维护边疆稳定的重要保障机制，有力地巩固了云南的民族团结。民族团结目标管理责任制的实施，使云南民族自治地方成为全国最稳定的地区之一，进一步巩固发展了云南各民族平等、团结、互助的社会主义民族关系。