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无罪推定曾经在我国备受争议，其实它早已是一项为现代法治国家普遍认可和确立的刑事诉讼原则。以时间顺序来梳理一下这一原则在我国立法与司法制度中的发展过程，颇具意义。我国1979年的《刑事诉讼法》最早肯定了由无罪推定原则所引申的证明责任的分配规则，
虽然本法没有明确规定无罪推定原则，但倒推可得出暗含其中的意思，司法可做出扩大解释。十年后的1989年11月4日，最高人民法院在《关于一审判决宣告无罪的公诉案件如何适用法律问题的批复》中指出：“对于因主要事实不清、证据不足、经多次退查后，检察院仍未查清犯罪事实，法院自己调查也无法查证清楚，不能认定被告人有罪的，可在判决书中说明情况后，直接宣告无罪。”这就比较明确地揭示了无罪推定的含义。在以后的立法中，1996年的《刑事诉讼法》第12条规定“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”，该规定被多数人认为是吸收了无罪推定原则中的众多合理因素，并得到了其精髓。与此相应，1996年的《刑事诉讼法》明确规定“法庭在证据不足、不能认定被告人有罪时，应当做出无罪判决”，即疑罪从无。
不仅仅有基本规定，还有引申性的表述，综合起来完善并立体化了这一原则。2012年的《刑事诉讼法》沿袭了上述规定，并且更加精准地表述出来。权威学者认为，三项引申性规则源于无罪推定，即证明责任由控诉方承担（关于持有型犯罪有争议，如巨额财产来源不明罪、持有毒品罪等）、疑罪从无（疑罪从轻）和被指控人的沉默权。但是，疑罪从无原则从纸面落实到实践却非常困难。
当今刑事诉讼理论中占主导地位的是“不枉不纵”观念，俗称“既不冤枉一个好人，也不放走一个坏人”，即避免对无辜者定罪、确保对有罪者定罪。惩罚犯罪与保障人权、程序公正与实体公正在一般情况下可以并重，这也是我们的美好理想，问题是在两种价值取向发生冲突的情况下，如何平衡？第一，逻辑上言，矛盾的并重是否真的存在？总要有一优先，有一次之，即必须做出选择，即便英国曾发生倾向实体公正的情况，但其是一例外，大多案件中还是倾向于程序公正，两者必须选择其一时，不可同时兼有，或许正如一夫一妻制，配偶只能有一个，面对众多候选人只能取其一。第二，法治就是法律至高无上，给人明确的价值观及导向，人的操作才具有可能性，如果两个并重容易出现同案不同判的结果，有可能失去公平与公正，况且公平与公正的内涵因时代不同内容也不同。“不枉不纵”是人们的理想，操作上的标准一直存在偏差。只是单一地以司法裁判的结果来衡量，从而得出刑事司法制度优劣的结论，容易忽视程序这样一个过程（这一过程或枉或纵），当案件事实无法被证明时，即便是犯罪嫌疑人所为，也只能选择纵。将“不枉”和“不纵”放在同等重要的位置上加以考虑是可行的，但结果却做不到两者兼顾。表面上看，这种观念不偏不倚，符合中国人的思维与折中的做事方式，但在司法实践中却容易陷入宁枉毋纵的结局。历史带给我们的重刑主义，观念上的“重打击轻保护”的思想，操作中的“重实体轻程序”的法律文化，都有可能导致“不纵”，而少了“不枉”，两者简单并重地共存基本不可能，它们是“熊掌”或“鱼翅”的关系，不可兼得。在案件的证明标准远远没达到时，司法人员从现有的证据判断案件就是犯罪嫌疑人所为，在起诉阶段“诉”还是“不诉”，争议不断，但“诉”与“不诉”不可能同时存在，只能单项选择。在司法实践中，当案件面临罪疑的状态时，法院也必须做出选择，不可能“从有”又“从无”，矛盾无法调和。“宁可错放，也不可错判”
的观点明确做出了选择，即人民法院应当做出“从无”的判决，这样一种选择是为了让无辜者获得保护，避免造成冤假错案，换言之，疑罪从无可有效阻止错案的发生。
无罪推定是在国家司法模式下必须遵循的基本原则，而刑事和解是加害人主动认罪，在没有经过审判机关宣布有罪之前就已经承认自己的犯罪事实，请求被害人原谅，并做出赔偿损失、赔礼道歉等替代刑罚的刑事责任承担方式。刑事和解与“正当程序”之间，表面看来，两者是一对矛盾，依本书观点，两者不在一个法律体系框架内，不像“从有”还是“从无”那样必须二选一，刑事和解与无罪推定原则是不同话语体系中的内容，各有领地，相互没有碰撞与摩擦。
无罪推定意味着未经法院审判，任何单位或个人不能对他人贴以罪犯的标签。与此相反，在刑事和解中，从案件一开始进入程序，只要加害人自己承认了犯罪事实，提供某些犯罪证据，他就是罪人。前提一样，即相同或相似犯罪事实的情况下，一个是程序中的无罪人，一个是程序中的有罪人，尤其是在共同犯罪中，两个责任等同的人只因为一个愿意刑事和解另一个不愿意刑事和解而要面临不同的责任承担与履行。这不仅仅挑战无罪推定原则，而且挑战刑法中的罪刑法定原则、罪责刑相适应原则、法律面前人人平等原则，其对上述原则的公然违背昭然若揭。在刑事和解中，根本没有严格证明这样一引申规则，它不需要这一规则，它更不需要无罪推定原则，因为在和解程序中，只要犯罪人认罪，其就是事实上的犯罪人，省却了公安司法人员进一步调查、收集证据来加以证明的程序。而按照以无罪推定原则为前提的证据法的要求，必须有完整的证据链条对应因果关系才能证明犯罪，口供与其他证据结合在一起，以形成符合证明标准的证据链条；如果没有被告人的口供，其他的物证、书证等形成的完整证据链条足以证明被告人的行为构成犯罪的，也可以依法认定其罪行。另外，在刑事和解中，对抗制度下的辩护原则也颇有“添足”之感，因为和解中的加害人是认罪，即诉说自己的罪行而不是为自己辩护，如果在和解程序中，犯罪人为自己的罪行辩护，不认罪不悔罪，还请律师为自己做无罪辩护或罪轻辩护，那样很可能被视为在和解的诚意上存在瑕疵。和解程序需要律师的参与，但不是为加害人辩护无罪或罪轻，而是阐明法条含义，分析双方利害关系，促成和解的达成。律师的角色也应当以减少对抗增加合作为目标，他们分别站在当事人的立场上并通过合作来澄清事实、解决纷争、互利互惠。
我们阐述过三种司法模式
，“加害人—被害人和解”模式不在传统刑事诉讼程序的层面进行，它实际上开启的是恢复性司法模式，从根本上不同于以国家为垄断司法的刑事诉讼的解纷模式。人们出于惯性思维，常常以已知衡量未知，以现有的逻辑层次按部就班地套用在新生事物上。传统的刑事程序设计，是以“诉讼”为主要参照。但“诉讼”不是“程序”的全部，它只是一种解决犯罪问题的程序或方法，却让不了解其他程序的人误以为“诉讼”与“程序”等同。其实，刑事诉讼程序不是唯一，也不是全部，在任何社会形态中都还有其他辅助方法可以解决犯罪问题，无论刑事诉讼程序的作用与效果如何，在历史上的进步意义有多大，它都是社会发展到一定阶段的产物，是主要的基本的程序，但绝不是唯一。恢复性司法模式不同于传统国家司法的“诉讼”模式，基本颠覆了既有的、以诉讼为基础的程序观念。我们不能在传统的国家司法的诉讼框架内论证、把握刑事和解，如果那样，它与正当程序之间的对立或许会永远存在。
无罪推定原则的宗旨在于，在整个追诉犯罪确立犯罪人刑事责任的过程中，立法与司法都在保障犯罪嫌疑人的基本人权不受公权力的侵犯。比如，出现在法庭上接受审判的被告人，在出庭前可以申请穿自己的衣服，而不穿号服，这是基于无罪推定原则所做出的巨大改变。当初不成文的做法是让被告人在看守所里穿号服，主要目的是区分在押人员和民警，以方便管理，提高效率，世界各国大体如此。无罪推定原则的另一附带功能是将实质的证明责任分配给公诉一方，像巨额财产来源不明等罪名，是不是举证责任倒置？不是。
检察机关有证据证明被告人有巨额财产，还得通过正当途径证明被告人的合法收入及两者之间的差额。其实这就是控方履行了举证责任。被告人只行使举证权利，《刑事诉讼法》第49条规定控方承担举证责任。举证责任是指证明被告人有罪的举证责任，只能由控方承担，其他人不能承担。
显然，只有在刑事诉讼的过程中，人权保障、证明责任分配等才能充分发挥其机能与效用。在和解程序中也不存在严格的证明观念，或者说证明的对象、内容等有所不同。在某种意义上，证明只有在争议中、对抗中才有必要，即在双方面红耳赤各执一词、案件事实被描摹得模糊不清时，才需要证明案件事实到底是什么；而在一种协商性的纠纷解决程序中，证明已无必要性。因为，协商与和解不用证明什么，双方当事人所面对的是犯罪嫌疑人认可的、无可争议的犯罪事实，只需他们对解决问题的基本面达成共识，签订协议即可。证明在国家司法模式里之所以备受重视，是因为正式定罪涉及刑法规定的生命、自由、财产、资格的剥夺，那是每一个人的最基本权利，因而必须慎之又慎。但是，在刑事和解中，虽然也有诉讼意义上的正式定罪问题，但在证明要求上降低许多，关键是加害人直言犯罪事实，主动承认自己的所作所为。起点不同，所做的证明自然不同，甚至不需要司法机关去证明，也就不存在无罪推定。即只要达成刑事和解，就已不需要用无罪推定这一原则来保护犯罪嫌疑人的合法权益，而应在和解程序中贯彻刑事司法的另一原则即人道主义原则。