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版本学乃研究各种版本的内容、纸张墨色、刀法字体、刻印源流等各个方面错综复杂现象之规律的学科。我们必须认识到，“对于版本各个方面的探索所认识的规律，是古籍版本鉴定的根据，古籍版本鉴定则是以这些规律的认识为武器去实际运用。规律的探索是根，实际的运用是果。”
鉴于古籍版本鉴定在版本学体系里所处致用之位置，因而必然要求版本学家能够总结出一些版本鉴定的基本方法。孙从添《藏书纪要·鉴别》云：“鉴别宋刻本，须看纸色、罗纹、墨气、字划、行款、忌讳字、单边、末后卷数不刻末行、随文隔行刻。……若果南、北宋刻本，纸质罗纹不同，字画刻手古劲而雅，墨气香淡、纸色荃润，展卷便有惊人之处，所谓墨香纸润，秀雅古劲。”
可见，至有清一代，古籍版本鉴定方法已然比较完备，概而言之，几乎囊括了从纸张墨色、装帧、版式、行款、字体等外在形制，到序跋、讳字、牌记、刻工等内在证据，乃至藏书印等旁证材料三大方面。尤其重要的是，清儒不仅能娴熟运用多重证据，而且在鉴定过程中往往还不是单一的运用某一种方法，而是多管齐下、多种方式融会贯通，体现出超迈前贤的高超鉴定水准。
20世纪以来，版本学研究之重大突破，应该是厘清了版本的发展演变，从而找到了各个时期、地区以至官刻、家刻、坊刻的特征，最终使版本鉴定真正成为一门科学。学术界普遍认为，最早最系统的版本学专著为近代版本目录学家叶德辉之《书林清话》，“所以绍往哲之书，开后学之派别”
，该书对版本学进行了全面的探讨与总结，甚至有些学者认为它是版本学形成的标志，但是毋庸讳言的是其“目录学无正确参考书，重要新奇的材料，非目验无以征信”
之论过于绝对，而且由于叶氏的主观臆断，甚至将个人好恶掺杂于学术著作之中，所以该书明显存在着博识有余而邃密不足的弊病。我们认为，真正将版本学推向科学道路的应该是王国维所撰《五代两宋监本考》和《两浙古刊本考》，它第一次廓清了五代两宋国子监本及宋元浙江刻书的历史面貌，勾画出了当时书籍刊刻的主流与支流的大体轮廓。正如赵万里先生所云：“总之，吾人今日得知世所谓三朝版或邋遢本之前后史实，及南北宋胄监与元之西湖书院、明之国子监之因果关系，皆此书之力也。学者欲明南北宋官刊书之经过，读此书及《两浙古刊本考》，则思过半矣。”
遗憾的是，它仍然缺乏系统性。赵万里先生载于《文物参考资料》1952年第四期之《中国印本书籍发展史》，则真正开启了系统地讲述版本发展演变之先河，不唯如此，真正能从方法论意义上对版本鉴定加以总结与提升并使其成为一门科学者也首推赵万里先生。
赵万里先生之版本学研究，素以重视“比较法”而著称，甚至视其为版本学研究的基本方法，乃至最终标举出“比较版本学”这一专有称谓。“本来，审定版本的方法，到近几年才慢慢地利用比较版本学，确定了几条客观的原则。目的不仅要解决时间问题，连空间部分也有长足的进步。这和研究青铜器时代的方法差不多，以前以为汉器的，现在说不定把它提升为战国时六国的器；以前以为是商器的，现在会把它降到宗周后期或初期。材料越来越多，方法越来越新，前人不合科学的结论，终会有动摇的一日。研究书本时代，不过其中一端罢了。”
20世纪50年代，在讨论中古纸质写本文献年代考订时，赵万里先生再次具体阐述了这种方法，“（对）敦煌、新疆等地发现的古写本进行研究时，可根据书体、纸页的变化，以有明确年号者为尺度，比较衡量，初步掌握发展规律，进而联系实际，从感性进入到理性认识。”
赵先生所言之“以有明确年号者为尺度”，实类似于青铜器研究中的“标准器断代法”。至此，我们不难看出，赵万里先生的“比较法”已成为可操作、有理据的研究方法，它不仅为版本学研究开辟出一条新的路径，而且应该是中国现当代版本学发展史上最值得重视的一次理论总结。延及《中国古籍善本书目》编撰时期，顾廷龙先生亦在持续倡导“用对比的方法鉴别版本”
。可见，只有进入现当代时期，古籍版本鉴定才真正成为一门科学。
校雠学涵盖的三个部分，实三位一体，无论先后，版本学为目录学之先河，而校勘学又与版本学相辅而行。就版本鉴定而言，亦是如此，“眼力精熟，须具丰富的经验；考究确切，又要精细的校勘；查考明白，更离不了目录的知识。这才是真正的赏鉴，而迥不同于骨董和玩物。”
需要特别注意的是，鉴于进入现当代以后版本学才真正成为一门独立的学科，此前它作为古人基本的学术素养，虽然被广泛运用到学术研究之中，但大多数学者只视其为一种工具、一种辅助性的学术方法，并不是他们研究的重点和归宿，因此才必然导致研究路数与宗旨的差异，出现了所谓校雠派版本学家与赏鉴派版本学家。我们认为，前者实质上大多只是视版本学为工具的校勘学家，而后者的研究重点和归宿才是版本学，反映到古籍版本鉴定方法上，自然就有了两种不同的路数，前者提倡从内容上掌握资料依据，后者着眼于从形式上考究时代风格。事实上，这两种方法并非厚此薄彼，而是强调轻重之别。毫无疑问的是，这里就必须解决一个鉴定程序的问题。我们必须承认，当鉴定一种古籍时，首要的是用赏鉴派版本学家的方法，从字体、纸张、版式的特征来判断其刻印时代，同时参考书名、著辑者、校订人的衔名，以为旁证。太多的古籍版本鉴定实践证明，赏鉴派将古籍作为实物来研究，重视眼力的鉴定方法，更为实用与有效，否则我们无法想象人们如何完成原刻与翻刻、活字与雕版、原本与影印的鉴定。以清光绪二十七年（1901）富文书局石印本《天演论》为例，其清末雕版影刻本，全书无一字增删，字体惟妙惟肖，连封面“光绪辛丑仲春富文书局石印”和卷末“后学庐江吴保初、门人南昌熊师复覆校上石”字样都照刻了下来，如果我们不能认真观察到版面有多处断版痕迹，永远也不可能通过校勘看出它是刻本而非石印。
诚如顾廷龙先生所言，“鉴别一本古书，首先看它的字体，其次看它的墨色和纸质。从不同字体和不同的风格，可以初步判断它的时代。”