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二〇〇三年四月二十六日，中央电视台《面对面》节目播出记者与钟南山院士的访谈录，引起全国人民的广泛关注。在这期访谈节目中，钟南山坦诚回答了“非典”来袭时的心理状态、自己的情绪与信念，自己与医务同人的所作所为所想，以及面临的挑战与克服的重重困难，还有探究病原体、尝试国际协作的曲折与艰辛，坦言自己发声纠正“控制”与提出“遏制”的原因。在访谈中，面对记者提出的尖锐问题，钟南山坦荡地回答：“我们搞好自己的业务，以及做好疾病防治，这个本身就是我们最大的政治。你在你的岗位上，你能够做得最好，这就是最大的政治。”钟南山的真诚与担当，令人民大众深受触动。他仗义执言，一身正气，不计个人得失，坚持真理，在中国人心中树立起抗击“非典”的勇士形象。
二〇〇三年四月二十九日，钟南山随国务院总理到泰国出席中国——东盟领导人关于非典型肺炎问题的特别会议。随行的钟南山接受记者采访，以坦诚、专业的态度为中国发声，获得国际好评。此后，钟南山以传递中国抗击“非典”的真实、正面形象为己任，一旦国家需要他在国际上发声，他哪怕再疲惫也从不推托。他咬牙坚持着，国内“非典”战场上依旧有他忙碌的身影，而在国外十多个国家和地区，也有他马不停蹄的身影。二〇〇三年，国际临床医学权威杂志《柳叶刀》刊发了钟南山和其团队研究人员合著的论文《在广东出现的非典型病原体》。这篇论文，是以钟南山为代表的中国医务研究人员为人类抗击疫病贡献的宝贵文献。
“非典”期间，钟南山孜孜以求，为找到真正的病原体忍辱负重，寻求多方协作；他以事实为据，不明哲保身，坚持“病毒”说；他突破常规，在实践基础上大胆开创新疗法，尝试以皮质激素控制病情；他在危急关头挺身而出，主动请缨，说出真相；他为中国发声，维护中国形象。“非典”后期，钟南山继续进行艰苦的探索，寻找病毒宿主；二〇〇四年他在“非典”重袭谣言四起之时，以正义、求实的形象，击破谣言，再次获得人民大众的信服，“非典”战役完美收官。他是中国当之无愧的抗击“非典”的勇士与功臣。《人民日报》二〇〇三年四月二十一日刊登的《站在抗击“非典”最前沿》一文中，对钟南山有以下评述：“历史不会忘记为防治‘非典’无私无畏、勇于奉献的医务人员，也不会忘记钟南山——这位中国医疗界的杰出代表，站在抗击非典型肺炎最前沿的科学家……在抗击‘非典’的搏杀中，钟南山院士用他大无畏的献身精神、实事求是的科学精神、拯救生命于死神的博爱精神，告诉了我们，什么是医生的天职。”
荣誉接踵而来，二〇〇三年，钟南山当选全国先进工作者并荣获全国五一劳动奖章、中国医师协会“中国医师奖”，还被评为全国卫生系统抗击“非典”先进个人、全国防治非典型肺炎优秀科技工作者、CCTV感动中国十大人物，担任世界卫生组织全球慢性呼吸疾病医学顾问；二〇〇四年荣获卫生系统最高行政奖励“白求恩奖章”；二〇〇六年获中国呼吸医师奖；二〇〇七年荣获全国道德模范（敬业贡献奖）、全国十大科技英才，并被英国爱丁堡大学授予荣誉博士学位。二〇〇九年，他入选“新中国成立60年以来100位感动中国人物”。评委会对钟南山的评语是：在抗击“非典”时，他以实事求是的态度、勇往直前的大无畏精神，主动请缨收治危重病人，全力以赴地精心制定医疗方案，以医者的妙手仁心挽救生命，显示出了科学家治学严谨的作风与高度的责任感。在关系到抗击“非典”成败的重大问题上，他能置自身荣辱得失于度外，力排众议，坚守科学家的良知。