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钟南山从英国带回了研究成果，也带回了国际一流科学研究者所应具备的严谨、踏实的研究作风和态度。一九八四年，他出任广州呼吸疾病研究所所长。一九八六年，他担任呼吸内科教授、硕士生导师。一九八七年，他出任广州医学院第一附属医院
院长。一九九二年，他担任广州医学院党委书记、院长，当选中共广州市委委员。一九九三年，当选第八届全国政协委员，担任博士生导师。一九九四年，他作为中国唯一的科学家代表，参与组织制定《全球哮喘防治战略》。
钟南山是位专业技术精湛的研究者，也是位视野开阔的管理者。他是研究所、医院的灵魂人物，影响着身边的研究人员，影响着单位的工作氛围、视野和方向。广州呼吸疾病研究所由最初只有三个人的小组发展为下设呼吸内科、胸外科、重症医学科、实验室等多个临床科室的研究所。广州呼吸疾病研究所专注于呼吸疾病的研究，坚持基础与临床的紧密结合，逐步发展成为一个集科研、医疗和人才培养于一体的呼吸病学专业基地。其中呼吸系统疾病危重症的监护与抢救是呼研所的特色专长，专业水平与影响力均在国内前列，其监护条件与设备、管理水平和抢救成功率接近国际领先水平，被中华医学会呼吸病学分会作为培训基地。一九九三年，广州呼吸疾病研究所经广东省教育厅正式批准建立省重点学科，一九九四年成立广东省呼吸疾病研究重点实验室。
“下一个目标，是将呼研所建成国家重点实验室。”广州呼吸疾病研究所在取得省重点实验室资格之后，钟南山如此表态。他说到做到，带领团队继续奔跑向前，向前！艰苦奋斗了十几年，钟南山的心愿终于实现。二〇〇七年，经科技部批准，由广州呼吸疾病研究所和中国科学院广州生物医药与健康研究院合作创建了呼吸疾病国家重点实验室，这个实验室是国内唯一的呼吸系统疾病国家重点实验室。
至二〇〇二年，钟南山担任广州医学院院长十年，广州医学院也取得了令人瞩目的发展成果：学院由原来的七个三级学科硕士点增加到二十五个三级学科、十一个二级学科硕士点；成立了广州市高校第一个博士点；科学研究也首次获得了国家最高级别的立项和资助。钟南山倡导“广医人精神”——艰苦创业、脚踏实地、开拓进取。他鼓励身边的人，少一点儿自卑感，多一点儿自信，承认落后但要不甘落后，多看到自己的长处，别总纠结于自己的短板，妄自菲薄，要敢于创新，敢于怀疑，敢于突破。他时时不忘为广医人鼓劲，他对广医人说，广医不大，并不一定要像那些先进的医学院校一样急于全面开展，但可以突破一点，打到全国去。广医人要有这个信心和志气。
对于医学人才的培养，钟南山提出了“丁字型”模式，这是人才培养的新方向，与大家普遍认同的人才培养的“金字塔”模式不同。“金字塔”模式重视基础，要求人才在基础层面层层打磨，而后逐渐成为某一领域的尖端人才。但钟南山认为，当代医学学科分类越来越细，培养人才若按“金字塔”模式，面面俱到打基础，势必耗费大量的精力与时间。他认为，人才培养到了研究生阶段，就该按“丁字型”模式，让人才直接深耕扎进某一专业领域，集中有限的时间与精力，专注学习研究，拥有拔尖的专长。倘若一个团队拥有诸多“丁字型”尖端人才，那么整个团队的实力也将得到提升。钟南山指导的研究生，就是按这个思路培养起来的。这些研究生各有专长，专业精尖。
一九九六年，世界卫生组织的专家来中国考察，对广州呼吸疾病研究所的评价是：你们的研究所是一流的，研究生也是一流的。
作为团队带头人，钟南山是威严而令人敬重的。他要求自己高效，也要求身边的团队成员高效。他对团队成员的要求严格，对待他们也很严厉，要求他们工作第一要快，第二要好。而他身边的人，并没有因为他的严厉而有微词，因为他以身作则。钟南山成为身边人的标杆与旗帜，众人信服他，也愿意跟从他，向他学习，向他靠拢。他影响了整个研究所的作风，他的严谨与高效，也成为整个研究所、整个医学院的工作风貌。