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科学诊断乡村振兴对土地要素保障需求与现行土地制度供给之间的矛盾，明确乡村振兴对现行土地使用制度的挑战，是土地使用制度创新的基础。在乡村振兴的“产业兴旺、生态宜居、乡风文明、治理有效、生活富裕”总体目标中，与土地要素保障关系最直接的是产业兴旺和生态宜居，产业兴旺离不开产业用地的支撑，生态宜居同样离不开农村建设用地的科学有效配置。当前，乡村振兴对现行土地使用制度的挑战主要表现在以下几方面。
乡村振兴是一个典型的系统工程，要求科学规划，综合统筹，特别是统筹好区域土地资源。如产业用地配置，不仅在内容上要满足产业融合的需求，为优化农业产业体系、生产体系、经营体系提供用地保障，还要与促进就业、生态宜居的村庄生活环境建设融为一体。村土地利用规划作为统筹区域基础设施建设与产业布局、居民点体系建设的“蓝图”，是统筹区域土地资源配置的依据 ［14］ 。
然而，中国的村土地利用规划却长期滞后，虽然随着新农村建设目标的提出，近十年来各地积极开展了村土地利用规划的探索 ［15］ ，2017年原国土资源部印发《关于有序开展村土地利用规划编制工作的指导意见》，鼓励在有条件的地区开展村土地利用规划编制工作，同年共青团中央、原国土资源部启动了全国村土地利用规划编制志愿服务活动，引导青年大学生积极投身村土地利用规划志愿服务。但村土地利用规划总体上还处于起步阶段，其编制水平难以满足社会发展的需求 ［16］ ，特别是存在“千村一面”的规划现象，不能很好地针对各地独具特色的自然资源、区位条件与人文环境进行规划，导致规划的可操作性不强，缺乏生命力而难以发挥应有的调控作用。以当前的土地整治为例，由于缺乏村土地利用规划的统筹与引导，高标准农田建设、“空心村”改造、城乡建设用地增减挂钩试点、农村生活环境整治等专项土地整治各自为战，不仅没有形成优化区域土地利用结构、提升土地利用效益的合力，反而常出现相互掣肘的局面，导致“1＋1＜2”的现象。
农村一二三产业的融合发展，实现新常态下现代农业转型升级，是产业兴旺的内在需求 ［17 18］ 。产业融合，不仅是纵向加工链的延伸，实现农业生产由规模扩张向产品增值转变，还包括横向服务链与功能链的拓展，如迅速兴起的农文旅一体化就是功能链的拓展，机械收割专业服务与农产品电商就是服务链的拓展。相应地，催生出大量的农村新产业新业态，这些新产业新业态用地打破了常规一二三产业的用地分类，表现出土地功能复合和农用地、建设用地、未利用地的混合利用，从而对现行单一产业设置的用途管制带来了挑战，比如：互联网配送、物联网管理、产品展示与品鉴、休闲观光休息等相关配套服务设施需要建设，使农业用途与非农用途、经营性建设用地与农业设施用地交织在一起；休闲农业与乡村旅游业很可能依托永久基本农田来发展，还有“虾稻”“蟹稻”“鳖稻”“鳝稻”等各种稻田生态综合种养模式，都有可能会对耕地耕作层造成影响，这与基本农田保护条例对农田用途严格限制的要求相左；对农村建设用地，管理上分为公益性建设用地、经营性建设用地和农村宅基地三类，但在现行的土地利用规划中却没有对应的用途管制划分。
尽管2014年原国土资源部、原农业部联合下发《关于进一步支持设施农业健康发展的通知》，对设施农用地使用监管作出了明确规定，2017年原国土资源部、国家发展改革委联合下发《关于深入推进农业供给侧结构性改革做好农村产业融合发展用地保障工作的通知》，进一步明确提出“探索建立农业农村发展用地保障机制”，扩大了设施农用地范围，将农业生产的配套设施由“规模化粮食生产”延伸为“规模经营必须兴建”范畴，积极支持农产品冷链、初加工、休闲采摘、仓储等设施建设，重点支持乡村旅游养老等产业和农村三产融合发展。但由于缺乏可操作性强的具体落实细则，难以满足现实中设施农业项目分布零散、量多面广、个体性强的需要，特别是对一些设施农用地如养殖用地是否破坏耕作层、设施地面是否硬化等方面，缺少认定的技术标准和规程；对一些附属设施和配套设施建设，只有对用地规模和比例的要求，没有对建筑物方面的限定标准。
走资源节约型和环境友好型的乡村振兴之路，是新常态下应对日益严峻的资源与环境硬约束条件的必然选择。尽管中国对城市国有建设用地的节约集约利用制定了一系列政策，但由于农村土地使用制度建设远落后于城市，农村土地节约集约利用存在制度层面的土地供给不足、土地政策制定中的制度模糊、政策执行中的制度异化等突出问题 ［19］ ，这也是造成目前农地细碎化、农村建设用地大量闲置或低效利用的一个重要原因 ［20］ ，农村宅基地随着乡村居住人口的减少不降反增就是一个典型。而对农村土地环境友好利用，也并没有形成强制力的约束机制。以基本农田利用为例，尽管国家制定了严格的基本农田保护条例，对基本农田保护区制定了最严格的用途管制制度，对区内的耕地利用、耕作层保护作出了明确规定，基本农田转用要国务院审批，但由于缺乏环境友好利用的约束，农药化肥滥用现象难以遏制，有数据表明：1980—2015年，中国粮食单产水平提高了56％，而化肥投入量增长了225％；同期，德国、法国等发达国家粮食单产水平提高了51％～52％，而化肥投入量却减少了31％～47％ ［21］ 。我们在为用占全球8％左右的耕地面积养活全球超过21％人口而骄傲的同时，却不得不面对消耗超过了全球农药化肥总量三分之一的现实，农药化肥的滥用已是中国农业面源污染的最主要污染源，严重威胁着数量、质量与生态“三位一体”的耕地保护。
针对农村建设用地粗放利用的突出问题，多年来各地积极开展了城乡建设用地增减挂钩试点工作，以城乡用地结构调整为纽带，盘活了农村闲置建设用地，有效缓解了新增建设用地指标紧缺的矛盾，同时显化了农村土地资产价值，为乡村振兴和脱贫攻坚提供资金支持，但也因个别地方盲目大拆大建，导致农民被迫“洗脚上楼”，带来不少社会纠纷和不稳定因素，导致“增减挂钩”目前还停留在试点阶段。从效果来看，尽管“增减挂钩”能在一定程度上促进农村建设用地的节约集约利用，但在本质上并不能形成农村建设用地的节约集约利用机制。
随着社会的发展与技术的进步，特别是交通条件的改善，使乡村生产、生活半径迅速增大，社会分工协作范围不断扩大，且农民生计的分化导致农业生产已不再是农村的最主要功能，子女教育、非农就业环境、医疗保障等社会服务成为农村社会的需求，而生活基础设施配套的人口聚集规模内在需求，导致“迁村并点”已成为当前农村社会发展的一个潮流，传统的“沿路而建、临水而居、依田而住”散乱的农村宅基地布局已不利于乡村振兴的需求。我们调研发现，一些自然村在新农村建设中推行“三改（改水、改厕、改路）”，但由于居住人口不断减少，逐渐成为“空心村”，硬化的道路反而增加了拆旧成本。而现行法律层面强调“宅基地仅限于本村集体经济组织成员使用”的农村建设用地管理制度已成为“迁村并点”的主要制度约束，对于非本村集体经济组织成员在“迁村并点”中如何获得宅基地？如何维持宅基地制度在保障农民的基本居住条件与农村社会稳定方面具有的特定福利性功能？如何协调农村宅基地使用的“公平”与“效率”？如何减少“迁村并点”中的用地成本？以及如何统筹安排乡村公益建设用地？目前均已成为建设生态宜居村庄的一项重要课题。
2014年年底，中办、国办发文启动了农村土地征收、集体经营性建设用地入市、宅基地制度改革试点，在全国33个试点县（市、区）推开，经过3年多来的改革探索，在农村建设用地管理制度建设中取得很多成功经验，其中宅基地制度改革，在保障农民“户有所居”用地、增加农民财产性收入、推动乡村治理体系建设方面成效明显 ［4］ 。但由于缺乏农村居民点体系规划，宅基地制度改革并没有很好紧扣“迁村并点”的农村发展潮流，不少宅基地使用制度改革仅限于本村集体经济组织内部，导致闲置宅基地的盘活空间受限。