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从楚云儿那里回来之后，石越紧接着就引起了四月份的一场风暴。因为唐棣等人还没来得及接到朝廷的任命，这也让他们在这场风暴中依旧担任着助手的角色。
熙宁三年的四月，本来应当是一个春暖花开的季节，但是从另一个角度来看，这个季节却也是个多事的季节。在朝廷中，王安石开始了对御史台异议分子的大清洗，自御史中丞以下，一大批台谏官员被皇帝赶出了朝廷。而在民间，刚刚出版《论语正义》、拒绝赴茂材制科考试的石越，再次刊发了惊世之作——《疑古文尚书伪作论》。
这本书的内容，是石越凭出色的记忆，综合了阎若璩《古文尚书疏证》和惠栋《古文尚书考》的考据，证明东晋梅本《古文尚书》是晋人伪作。不仅如此，在书中，石越更是直接攻击《今文尚书》除了《西周书》之外，也全部是后人伪作。《尚书》作为儒家最重要的经典之一，在学术层面受到了石越最猛烈的挑战！
这就是石越和唐棣等人自《论语正义》之后一直在做的事情之一。
本来在北宋的时代，今古文《尚书》并没有分开，一直合在一起出版，要到朱熹时才开始慢慢怀疑到今古文《尚书》，把今古文《尚书》分开来讲。此时石越直接攻击《古文尚书》是一部伪作，而《今文尚书》则大部分是战国人写的伪书，如何可以不引起轩然大波？士林顿时一片哗然。
石越费尽心思写出这本书并公开刊发的目的，除了是要进一步确立自己在学术上的地位之外；就是想要颠覆当时人们对上古三代的认知，关于三代最原始的资料出自于《尚书》，一旦《尚书》的真实性被质疑，那么其权威必然大大下降，而石越便可以借机重新解释经典，构建一个新的上古三代；而且，在宋代的学者们已经开始对传统的经典不再盲目信任，并且提出种种质疑之时，石越的这部著作，无疑会极大的鼓舞这业已出现萌芽的思潮——既然《尚书》都有问题，还有什么不能被怀疑？
如果说《论语正义》刊印之后，是赞扬远远多过批评的话；那么《疑古文尚书伪作论》一问世，首先便是让许多人目瞪口呆，舆论几乎是短暂性失声。而等到最初的惊愕之后，留给众人的，便是一种复杂的心情。石越考证之细致精确，让《古文尚书》之伪几乎成为一种无法辩驳的事实，士林也只能平静的接受。但是对《今文尚书》的质疑，却未免有证据不足之嫌。一时间批评的声音都是针对《今文尚书》部分而来，其中攻击得最卖力的，便是陈元凤。只不过他的反驳，完全是对石越人品的责难，在学术上实在没有太多的意义。而石越对《今文尚书》某些部分是否伪作，并未给出定论，这些反对的声音没有引来石越的辩护，反而引来了不少著名学者的辩护。
《疑古文尚书伪作论》的刊印，真正引发了一次学术大讨论，其直接结果就是朝廷明示天下，从此考试不再考《古文尚书》！至于今文经与古文经的战火，由此重新点燃，这却是石越所始料未及的。
四月的风暴并非仅此而已。
四月下旬，石越第一部真正意义上自己创作的作品《三代之治》出版。
这本书全文不到五万字，是一部乌托邦式的著作，以复兴上古三代（尧、舜、禹）的名义，讲叙了一个理想化的世界，包括社会、文化、政治制度等等诸方面的内容。石越与苏东坡所谈的民主议会的思想，便反映在这本书中。其中心思想无非是天子是受命于民，而非受命于天，得民意者方能治天下，又指出天子最可倚重的，不是士大夫，而是老百姓……
“石越通过攻击《尚书》的真实性，先空洞化对三代的记载，然后对上古三代进行自己的解释，借三代的名义抢占对儒家经典的制高点，再辅以对儒家经典的重新解释，完成对儒家学说内部的改革”——这是后世对石越种种行为的解释。当时的宋代，在文化上实际上和汉武帝时代的情形非常相像，经学经过两晋之变，在唐代复兴，却又慢慢让位于诗赋，五代士风沦丧，可以说在宋代迟早要有一种新的学说来占领思想界的王座，这是一种客观需要。所以先有所谓的“古文运动”，然后有王安石的《三经新义》，最后有朱熹完成的理学……群雄逐鹿，最后理学捷足高登，主导中国数百年的思想史。此时石越的作为，不过趁古文运动已到最后的辉煌，正准备完成它对晚唐以来艳丽的文风最后一击，而“王学”尚未问世，理学影响未大之际，趁虚而入，以一系列的新说，加入到这场争夺思想界王座的竞争之中。
在《三代之治》的序言之中，石越提出来“复古、朴实、求是”三原则，继承古文运动的精神，他公开说三代无书，汉人之文风最合三代的精神，文章应当学西汉；而做人或为文，都应当讲究朴实无华，不应当追求浮华的东西，文景之世，皇帝诏书如同白话，最值赞赏；三代尧舜禹，汉代文景，没有皇帝给自己加尊号，他们的令名照样传之于后，石越因此大胆的在文中呼吁皇帝不要给加自己那种长而无实的尊号——这一点其实是谋定而后动，赵顼对于加尊号的确是没有什么兴趣，终其一生，没给自己加过什么尊号；石越又提出来做事要讲证据，重事实……
《三代之治》一经出版，几天之内就被抢购一空，汴京城的读书人睁大眼睛想看看石越的新作，桑氏印书馆几乎没有停工的时候。而之后引起的议论，更加超过了《疑古文尚书伪作论》，毕竟后者是一部考证的书，真正能从中间找出问题来辩难的，都是比较高明的人物；而《三代之治》则主要是一部空想理想社会的书，但凡空想，只要是人，便可品评一下得失。
“自古以来，君为天、臣为地，君为乾、臣为坤，子明所谓议会，以士绅百姓议论官府，以黎庶与九五为一体，似有混乱阴阳乾坤之嫌？”王安礼谨慎的问道。
石越随手画了一个太极图，交给王安礼，微笑不答。王安礼看一了会，突然开怀大笑：“原来如此，妙，妙。”
唐棣等人面面相觑，不知道他们闹什么玄虚，柴贵谊忍不住悄悄问桑充国，众人之中，以桑充国与石越相处时日最多，对石越的学说了解最深。桑充国微笑道：“阴阳一体，方为宇宙。世间至道，极阴便是阳，极阳便是阴。九五之尊为极阳，黎庶百姓则为极阴，二者表面看来相距悬殊，实则一体。”
“子明在《三代之治》中倡议天下普设学校，立图书馆，欲使天下人皆得读书识字。然则自古士农工商，各有所事，此天命也，子明欲使人人皆为士，可得乎？”苏轼虽然是杰出之辈，脑子里却未免还是有那些等级观念。
“在下闻孔子曰：有教无类。未闻孔子以士农工商而有教与不教之别矣。且士者，本出于农也，故有耕读之家。工、商之间，亦未必无贤者，陶朱贾人也，傅说工人也，二者非为不贤。君以为工商不得读书乎？以为读书不可以为工商乎？”石越悠然答道。
……
《三代之治》自问世之后，其中称赞者固然不少，但是众人多多少少都有一些不以为然之处，所以问难辩论便成了家常便饭。其中对《三代之治》持最激烈意见的人，竟认为这本书是无稽之谈，荒诞不经，不过是《淮南子》之类的杂家之言，不能登大雅之堂。但是毕竟大部分的读书人，却多多少少对书中提出的理想社会很有兴趣，其中提出的“耕者有其田，居者有其屋”之类的理想，更是被大部分儒生认为这正是儒家经典所说的“大同之世”。普遍的质疑，还是集中在某些具体措施之上。
皇帝赵顼曾经很认真的问王安石：“石越《三代之治》，可以施之于世否？”
王安石正色答道：“此非臣所能知也。惟其中议论，颇有迂阔之处，其谓耕者有其田，自井田崩坏以来，历代无人能复之，如何能得耕者有其田？又谓广立学校，臣以为州县立学，已属不易，全国遍立，所费几何？此石越所未深思之故。然其意甚善，亦未必无可采之处。”
王安石这还是持平之论。有大臣在赵顼问到议会制时，愤愤不平的答道：“这是石越欲要离间君王与士大夫，其心实可诛。”弄得年轻的皇帝一脸愕然，说道：“不过论是非而已，何至于此？”
《三代之治》出版之后，新党们看到的，是一个包含着改革思想的年轻人慢慢崛起，虽然他已经通过曾布向王安石表明一种中立的态度，但是王安石并未十分介意，毕竟中立不是反对，他还是乐见这个难得一见的奇才诞生的——虽然反对派诸大臣对石越的举荐，依然让他很不快。
而在旧党一面，司马光等人欣赏石越的才学，赞赏他不愿当官的人品；苏轼则和石越有不错的私交；另一些元老大臣看重的，却是石越虽然身世不明，却一向以北方人自居——这些大臣们普遍相信——北方人比南方人要值得信任！况且石越又得到司马光等人的举荐，大家对他更无恶感。
所以无论新党旧党，并没有人想去阻挠皇帝新一轮的征召——虽然对于石越写在书中的某些观点，很多人是不以然甚至极度反对的。当然，这种情况也许不过是因为大家的精力都放到了朝廷中关于变法引发的政治斗争上去了，没有人愿意花时间来对付一个无足轻重的人物，以致莫名其妙的树敌。况且石越表现出的才学，也足够构成朝廷征召他的理由了。